引物设计实例幻灯片.ppt

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1、引物设计实例引物设计实例第1页，共14页，编辑于2022年，星期六SPBamHIpcDNA3.1NR1Plasmid 1:Plasmid 2GFP第2页，共14页，编辑于2022年，星期六SPBamHI(GGATCC)pcDNA3.1NR1-1aGFP第3页，共14页，编辑于2022年，星期六 121 ggggctccta gagaacccgg gggcgcttga ccgcgcgcgg gcggcccgcg ggtcgtacat 181 cgcgaggtcg tcgcactcgc gcaacccaga gccaggcccg ctgtgcccgg agctcatgag 241 caccatgc

2、ac ctgctgacat tcgccctgct tttttcctgc tccttcgcc c gcgcggatcc 301 cgaccccaag atcgtcaaca tcggcgcggt gctgagcacg cgcaagcatg aacagatgtt 361 ccgcgaggca gtaaaccagg ccaataagcg acacggctct tggaagatac agctcaacgc 421 cacttctgtc acccacaagc ccaacgccat acagatggcc ctgtcagtgt gtgaggacct 481 catctctagc caggtctacg ctatc

3、ctagt tagccacccg cctactccca acgaccactt 541 cactcccacc cctgtctcct acacagctgg cttctacaga atccctgtcc tgggactgac 601 tacccgaatg tccatctact ctgacaagag tatccacctg agtttccttc gcacggtgcc 661 gccctactcc caccagtcca gcgtctggtt tgagatgatg cgagtctaca actggaacca 721 catcatcctg ctggtcagcg acgaccacga gggacgggca gcg

4、cagaagc gcttggagac 781 gttgctggag gaacgggagt ccaaggcaga gaaggtgctg cagtttgacc caggaaccaa NR1的编码序列的编码序列(4000bp)红色红色为信号肽,蓝色蓝色为BamHI酶切位点,下划线下划线标出酶切位点的阅读框 第4页，共14页，编辑于2022年，星期六ATGGTGAGCAAG GGCGAGGAGC TGTTCACCGG GGTGGTGCCC ATCCTGGTCG AGCTGGACGG CGACGTAAAC GGCCACAAGT TCAGCGTGTC CGGCGAGGGC GAGGGCGATG CCACC

5、TACGG CAAGCTGACC CTGAAGTTCA TCTGCACCAC CGGCAAGCTG CCCGTGCCCT GGCCCACCCT CGTGACCACC TTCGGCTACG GCCTGCAGTG CTTCGCCCGC TACCCCGACC ACATGAAGCA GCACGACTTC TTCAAGTCCG CCATGCCCGA AGGCTACGTC CAGGAGCGCA CCATCTTCTT CAAGGACGAC GGCAACTACA AGACCCGCGC CGAGGTGAAG TTCGAGGGCG ACACCCTGGT GAACCGCATC GAGCTGAAGG GCATCGAC

6、TT CAAGGAGGAC GGCAACATCC TGGGGCACAA GCTGGAGTAC AACTACAACA GCCACAACGT CTATATCATG GCCGACAAGC AGAAGAACGG CATCAAGGTG AACTTCAAGA TCCGCCACAA CATCGAGGAC GGCAGCGTGC AGCTCGCCGA CCACTACCAG CAGAACACCC CCATCGGCGA CGGCCCCGTG CTGCTGCCTAC CAGTCCGCCC TGAGCAAAGA CCCCAACGAG AAGCGCGATC ACATGGTCCT GCTGGAGTTC GTGACCGCCG

7、 CCGGGATCAC TCTCGGCATG GACGAGCTGT ACAAGTAAGFP序列(700bp)第5页，共14页，编辑于2022年，星期六引物要求PCR扩增GFPGFP两边添加BamHI酶切位点保证NR1的阅读框不改变第6页，共14页，编辑于2022年，星期六5 ATGGTGAGCAAGGGCGAGGAGC TCTCGGCATGGACGAGCTGTACAAGTAA 3 3 TACCACTCGTTCCCGCTCCTCGAGAGCCGTACCTGCTCGACATGTTCATT 5GFP序列5 ATGGTGAGCAAGGGCGAGGAGC TCTCGGCATGGACGAGCTGTACAA

8、GTAA 3 3 TACCACTCGTTCCCGCTCCTCGCGTACCTGCTCGACATGTTCATT 5Primer1:5ATGGTGAGCAAGGGCGAGGAGC.AGAGCCGTACCTGCTCGACATGTTCATT 5 Primer2Primer1:5 ATGGTGAGCAAGGGCGAGGAGC.Primer2:5 TTACTTGTACAGCTCGTCCATGCCGAGA.Primer1:5 ATGGTGAGCAAGGGCGAGGAGC.Primer2:5 CTTGTACAGCTCGTCCATGCCGAGA.第一步：扩增第一步：扩增GFP基本序列基本序列变性变性,引物复性引

9、物复性除掉了除掉了第7页，共14页，编辑于2022年，星期六第二步：GC比值；Tm值Primer1:5 ATGGTGAGCAAGGGCGAGGA.Primer2:5 CTTGTACAGCTCGTCCATGCCGAGA.Primer1:5 ATGGTGAGCAAGGGCGAGGA（GC:60%,Tm：64）Primer2:5 CTTGTACAGCTCGTCCATGCC（GC:57%,Tm：66）除掉了除掉了第8页，共14页，编辑于2022年，星期六第三步：酶切位点Primer1:5 ATGGTGAGCAAGGGCGAGGA（GC:60%,Tm：64）Primer2:5 CTTGTACAGCTCG

10、TCCATGCC（GC:57%,Tm：66）BamHI:ggatccPrimer1:5 ggatccATGGTGAGCAAGGGCGAGGA Primer2:5 ggatccCTTGTACAGCTCGTCCATGCC 第9页，共14页，编辑于2022年，星期六第四步：阅读框atgagcaccatgcacctgctgacattcgccctgcttttttcctgctccttcgcc cgc gcg gat ccc gaccccaag atcgtcaaca tcggcgcggt gctgagcacg cgcaagcatg aacagatgttccgcgaggca gtaaaccagg ccaata

11、agcg acacggctct tggaagatac agctcaacgccacttctgtc acccacaagc ccaacgccat acagatggcc ctgtcagtgt gtgaggacct.Primer1:5 ggatccATGGTGAGCAAGGGCGAGGANR1序列：序列：Primer1:5 ggatccTATGGTGAGCAAGGGCGAGGA增加了增加了第10页，共14页，编辑于2022年，星期六atgagcaccatgcacctgctgacattcgccctgcttttttcctgctccttcgcc cgc gcg gat ccc gaccccaag atcgtc

12、aaca tcggcgcggt gctgagcacg cgcaagcatg aacagatgttccgcgaggca gtaaaccagg ccaataagcg acacggctct tggaagatac agctcaacgccacttctgtc acccacaagc ccaacgccat acagatggcc ctgtcagtgt gtgaggacctNR1序列：序列：5 ATGGTGAGCAAGGGCGAGGAGC TCTCGGCATGGACGAGCTGTACAAGTAA 3 GFP序列cgc gcg gat ccTATGGTGAGCAAGGGCGAGGAGC TCTCGGCATGGACG

13、AGCTGTACAAG?ggat ccc gaccccaag atcgtcaaca tcggcgcggt gctgagcacg cgcaagcatg aacagatgttccgcgaggca gtaaaccagg ccaataagcg acacggctct tggaagatac agctcaacgccacttctgtc acccacaagc ccaacgccat acagatggcc ctgtcagtgt gtgaggacct插入插入GFP后的组合序列后的组合序列第11页，共14页，编辑于2022年，星期六Primer2:5 ggatccCTTGTACAGCTCGTCCATGCCPrimer2:5 gg atc cct CTTGTACAGCTCGTCCATGCC第12页，共14页，编辑于2022年，星期六第五步 保护序列Primer1:5 GCGGggatccTATGGTGAGCAAGGGCGAGGAPrimer2:5 GCGCggatccctCTTGTACAGCTCGTCCATGCC第13页，共14页，编辑于2022年，星期六第14页，共14页，编辑于2022年，星期六