群体遗传与进化.pptx
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1、2023/3/29111.1 11.1 群体的遗传结构群体的遗传结构1、概念群体遗传学群体遗传学(populationgenetics):研究群体的:研究群体的遗传结构及其变化规律的遗传学分支学科遗传结构及其变化规律的遗传学分支学科。2、研究特点v以群体为基本研究单位;v用基因频率和基因型频率描述群体遗传结构;v采用数学和统计学的方法进行研究。第1页/共66页2023/3/292u3、研究目的 应用应用数学和统计学数学和统计学的方法来研究群体中的基因的方法来研究群体中的基因频频率、基因型频率、以及影响这些频率的率、基因型频率、以及影响这些频率的选择、突变、选择、突变、迁移、遗传漂变迁移、遗传漂
2、变等作用与遗传结构的关系,据此等作用与遗传结构的关系,据此来来探讨生物进化的机制探讨生物进化的机制。生物进化的过程实质上是群体中基因频率的演变生物进化的过程实质上是群体中基因频率的演变过程,所以过程,所以群体遗传学是生物进化群体遗传学是生物进化的理论基础的理论基础,生物进化机制的研究无疑也属于群体遗传研究的生物进化机制的研究无疑也属于群体遗传研究的范畴。范畴。第2页/共66页2023/3/293二、基本概念二、基本概念1、群体(、群体(population)指一群可以互相交配的指一群可以互相交配的许多个体繁育成的集群。又称孟德尔群体。许多个体繁育成的集群。又称孟德尔群体。群体可能是一个品系、一
3、个品种、一个变种、一个亚种、甚至一个物种所有个体的总和。2、基因库(、基因库(genepool)一个孟德尔群体所包一个孟德尔群体所包含的基因总数称为一个基因库。含的基因总数称为一个基因库。3、随机交配(、随机交配(randommating)指在有性繁殖指在有性繁殖的生物群中,一种性别的任何一个个体有同样的的生物群中,一种性别的任何一个个体有同样的机机会会会与其相反性别的个体交配的会与其相反性别的个体交配的方式。方式。第3页/共66页2023/3/294三、群体的遗传结构三、群体的遗传结构1、基因频率和基因型频率、基因频率和基因型频率u基因频率(基因频率(genefrequency):又叫等位基
4、因:又叫等位基因频率,指一个二倍体的某特定基因座上某一等频率,指一个二倍体的某特定基因座上某一等位基因占该座位等位基因总数的比率,即该等位基因占该座位等位基因总数的比率,即该等位基因在群体内出现的概率。位基因在群体内出现的概率。l基因频率是决定一个群体性质的基本因素。l当环境条件或遗传结构不变时,等位基因频率当环境条件或遗传结构不变时,等位基因频率在各世代不变,这是孟德尔群体的基因特征。在各世代不变,这是孟德尔群体的基因特征。第4页/共66页2023/3/295u如有100个个体组成的群体,有一对等位基因A、a。其中AA30个,Aa60个,aa10个。这样:A基因的频率=60%=0.6a基因的
5、频率=40%=0.4(或10.6=0.4)u说说明明一一个个群群体体中中任任何何一一个个位位点点上上全全部部等等位位基基因因的频率之和的频率之和=1或或100%。第5页/共66页2023/3/296u基因型频率(基因型频率(genotypefrequency):指群体):指群体中某特定基因型个体的数目占个体总数目的比中某特定基因型个体的数目占个体总数目的比率率。u如上述群体中,AA的基因型频率为30%,Aa基因型频率为60%,aa基因型频率为10%,30%+60%+10%=100%=1,即:一一个个群群体体中中,全全部部基基因因型型频频率率的的总总和和仍仍然然是是1或或100%。第6页/共66
6、页2023/3/297DHRn1/N+n2/N+n3/N=1等位基因等位基因A的频率为:的频率为:p=(2n1+n2)/2N=D1/2H同样,等位基因同样,等位基因a的频率为:的频率为:q=(2n3+n2)/2N=R1/2H p+q=D1/2H+R1/2H=DHR1eg2:人类群体中,常染色体上T/t基因决定苯硫脲(PTC)尝味能力不同,T对t不完全显性,表型与基因型是完全对应的。抽样调查1000人,如下:第7页/共66页2023/3/298表型基因型人数基因型频率Tt尝味者TT(n1)490D980味觉杂合体Tt(n2)420H420420味盲tt(n3)90R180总计1000140060
7、0解:解:D=n1/N=490/1000=0.49H=n2/N=420/1000=0.42R=n3/N=90/1000=0.09基因基因T在群体中的频率为在群体中的频率为:1400/2000=0.7t在群体中的的频率为在群体中的的频率为0.3p+q=0.3+0.7=1D+H+R=1第8页/共66页2023/3/29911.2Hardy-Weinberg定律定律一、遗传平衡定律一、遗传平衡定律二、平衡群体的一些性质二、平衡群体的一些性质三、遗传平衡定律的扩展三、遗传平衡定律的扩展第9页/共66页2023/3/2910一、遗传平衡定律一、遗传平衡定律群体遗传结构的变化遗传水平的进化突变和重组进化遗
8、传不改变基因频率1、遗传平衡定律、遗传平衡定律u英国数学家英国数学家Hardy和德国医生和德国医生Weinberg经过独经过独立的研究,于立的研究,于1908年分别发表了年分别发表了“基因平衡定基因平衡定律律”的论文,故称为的论文,故称为Hardy-Weinberg定律。定律。第10页/共66页2023/3/29111、遗传平衡定律的要点、遗传平衡定律的要点在随机交配的大群体中,若无其它因素的影在随机交配的大群体中,若无其它因素的影响,群体的基因频率始终保持不变。响,群体的基因频率始终保持不变。在在任任何何一一个个群群体体内内,基基因因型型频频率率如如果果是是不不平平衡衡的的,只只要要经经过过
9、一一代代随随机机交交配配,就就可可达达到到平平衡衡。如如果果平衡,可一代代保持下去。平衡,可一代代保持下去。在在平平衡衡状状态态下下,基基因因频频率率与与基基因因型型频频率率之之间间的的关系为:关系为:D=p2,H=2pq,R=q2。第11页/共66页2023/3/2912平衡群体需符合的条件平衡群体需符合的条件是无限大的有性繁殖群体;是无限大的有性繁殖群体;随机交配;随机交配;无突变、迁移、遗传漂变等作用;无突变、迁移、遗传漂变等作用;无任何形式的自然选择和人工选择。无任何形式的自然选择和人工选择。第12页/共66页2023/3/29132、定律的证明、定律的证明p假设某一群体中,在常染色体
10、上的某一基因座假设某一群体中,在常染色体上的某一基因座位上有两个等位基因位上有两个等位基因A和和a。F0基基因因型型基基因因 AA Aa aa A a频率频率D0H0R0p0q0 p0q01 AAD0p02AaH02p0q0aaR0q02零世代产生的配子,A或a,其频率为:AD01/2H0=p02(2p0q0)p02p0q0p0(p0q0)p0第13页/共66页2023/3/2914a=R01/2H0=q02(2p0q0)q02p0q0q0(p0q0)q0若该世代随机交配,则:若该世代随机交配,则:A(p0)a(q0)A(p0)AA(p02)Aa(p0q0)a(q0)Aa(p0q0)aa(q0
11、2)F1中AAD1=p02AaH1=2p0q0aaR1=q02F1产生的配子产生的配子A:p1=D1+H1/2=p0a:q1=H1/2+R1=q0F2F3Fn在哈温群体中,只要处于遗传平在哈温群体中,只要处于遗传平衡,基因频率世代相传不会改变。衡,基因频率世代相传不会改变。第14页/共66页2023/3/2915二、平衡群体的一些性质二、平衡群体的一些性质1、在一个二倍体的群体中,杂合子的比例(H=2pq)是当pq1/2时有最大值为0.5 pq1/2时,H有最大值2、H=2DRH2=4DR 可用于验证群体是否达到平衡。3、平衡群体中的AaAa交配的频率为AAaa交配频率的两倍 AaAa4p2q
12、2 AAaa2 DR 2p2q2第15页/共66页2023/3/2916雌体雌体雄体雄体AADAaHaaRAADD2HDDRAaHHDH2HRaaRDRHRR2第16页/共66页2023/3/29174、极限形式:如果一个基因(、极限形式:如果一个基因(q)的频率很低,)的频率很低,另一个等位基因另一个等位基因(p)的频率接近于的频率接近于1。DHR12q2q0 根据这个特性,估算隐性遗传病在群体中的发根据这个特性,估算隐性遗传病在群体中的发病率及杂合子频率。病率及杂合子频率。u例例如如:白白化化病病10000人人中中有有一一患患者者,问问携携带带者者的的概率是多少?概率是多少?aa=R=q(
13、a)=1/100 p=11/100=0.99 H=2pq=20.990.01=0.0198第17页/共66页2023/3/2918p检验群体是否Hardy-weinberg平衡?D=p2,H=2pq,R=q2H2=4DR 2检验例如:例如:MN血型。血型。抽抽样样420人人进进行行MN血血型型分分析析,其其中中M型型137人人,MN型型196人,人,N型型87人,问该群体是否平衡?人,问该群体是否平衡?p(LM)=(1372+196)/(4202)=0.56q(LN)=10.56=0.44 第18页/共66页2023/3/2919由基因频率可算出基因型频率:由基因频率可算出基因型频率:D=p2
14、=(0.56)2=0.314R=q2=(0.44)2=0.194H=2pq=20.560.44=0.493第19页/共66页2023/3/2920 2测验:LMLM LMLN LNLN 实得人数(O)13719687预期频率p2=0.314 2pq=0.493q2=0.194 预期数(e)0.314420=1320.493420=2070.194420=81d5 116 d2/e 0.19 0.58 0.44 2=()=0.19+0.58+0.44=1.21n=1(因为基因频率只有p、q两种)P0.05所以该群体符合遗传平衡。第20页/共66页2023/3/2921三、遗传平衡定律的扩展三、遗
15、传平衡定律的扩展1、复等位基因的平衡、复等位基因的平衡l设A位点有3个等位基因A1,A2,A3,其频率为p、q、r,且pqr1l在一个大的群体中,如果3个基因的基因频率和6种基因型频率符合下列关系,则认为平衡关系已经建立:(A1A2A3)2=A1A1A1A2A1A3A2A3A2A2A3A3p22pq2pr2qrq2r2D1H1H2H3D2D3第21页/共66页2023/3/2922由基因型频率基因频率 P=D1+1/2H1+1/2H2=p2+1/2(2pq+2pr)q=D2+1/2H1+1/2H3=q2+1/2(2pq+2qr)r=D3+1/2H2+1/2H3=r2+1/2(2pr+2qr)e
16、g:人类的人类的ABO血型受常染色体上的三个复等血型受常染色体上的三个复等位基因控制,位基因控制,IA,IB,i,频率分别为,频率分别为p、q、r,且,且pqr1。随机婚配下的表型与基因型如下表:随机婚配下的表型与基因型如下表:第22页/共66页2023/3/2923ABO血型血型血型ABABO基因型基因型IAIAIAiIBIBIBiIAIBii表型频率表型频率p2+2prq2+2qr2pqr2实测值实测值0.320.270.100.31分别计算分别计算pqr。i的基因频率的基因频率r20.31=0.556IA的基因频率的基因频率p=1(q+r)=1(B+O)=1q2+2qr+r2 p=1(B
17、+O)第23页/共66页2023/3/2924IB的基因频率的基因频率q=1(p+r)=1A+OIB的基因频率的基因频率q=10.32+0.31=0.21IA的基因频率的基因频率p=10.27+0.31=0.242、性连锁基因的平衡、性连锁基因的平衡(1)伴性遗传时,要区分)伴性遗传时,要区分同型配子同型配子性染色体和性染色体和异异型配子型配子的性染色体数目。的性染色体数目。u如如XY型性别决定时,假定只有一对等位基因在型性别决定时,假定只有一对等位基因在X染色体上遗传,在随机交配的条件下,达到平染色体上遗传,在随机交配的条件下,达到平衡时:衡时:第24页/共66页2023/3/2925l基因
18、型和频率可列表表示如下:基因型和频率可列表表示如下:基因型基因型频率频率基因型基因型频率频率XAXAp2XAYpXAXa2pqXaXaq2XaYqv雄性群体中,基因频率等于基因型频率。雄性群体中,基因频率等于基因型频率。v当性连锁基因处于平衡时,在雌雄两性中的当性连锁基因处于平衡时,在雌雄两性中的基因基因 频率频率是相等的。是相等的。第25页/共66页2023/3/2926 px=px x=p qx=qxx=qeg:在西欧男性人群中,色盲发生率为:在西欧男性人群中,色盲发生率为8,问女,问女性人群中的色盲发生率是多少性人群中的色盲发生率是多少?解:解:8,则,则q0.08那么那么色盲发生率为色
19、盲发生率为q2(0.08)2=0.64%(2)性连锁平衡不稳)性连锁平衡不稳u不会经一个世代达到平衡,而是以一种振荡的方不会经一个世代达到平衡,而是以一种振荡的方式快速的接近,经过若干世代达到平衡。式快速的接近,经过若干世代达到平衡。第26页/共66页2023/3/292711.3影响遗传平衡定律的因素影响遗传平衡定律的因素nHardy-Weinberg假设的群体只是理想群体。n许多因素影响Hardy-Weinberg遗传平衡,包括:突变、选择、迁移、遗传漂变(geneticdrift)、非随机交配等。第27页/共66页2023/3/2928一、基因突变一、基因突变p突变对群体遗传组成的作用为
20、为选择提供选择提供材料材料直接直接导致群体基因频率改变导致群体基因频率改变n假定一个基因座上有两个等位基因假定一个基因座上有两个等位基因A、a,每个世,每个世代每个配子从代每个配子从Aa的突变率为的突变率为u,aA的突变率的突变率为为v。A(p)a(q)uv u=x/nX是是n代中积累的突变体代中积累的突变体第28页/共66页2023/3/2929则则在某一世代中:在某一世代中:Aa的频率为pu(正突变压);aA的频率为qv(反突变压)。l突变压突变压(mutationpressure):突变所造成的群体:突变所造成的群体中基因频率改变的度量。中基因频率改变的度量。以一对基因为例:以一对基因为
21、例:零世代基因频率为:零世代基因频率为:一世代中基因频率减少:一世代中基因频率减少:则每一代都有则每一代都有pu的的Aa,有,有qv的的aAAavu第29页/共66页2023/3/2930u如果如果puqv,则,则a的频率增加;的频率增加;puqv,则,则A的频率增加;的频率增加;u若若pu=qv,则基因频率保持不变,群体达到新的则基因频率保持不变,群体达到新的平衡状态,此时群体的基因频率为:平衡状态,此时群体的基因频率为:例例1:u=110-6,v=510-7p=0.33q=0.67;例例2:u=v=110-6p=q=0.5v由于大多数基因突变频率很低由于大多数基因突变频率很低(10(10-
22、4-41010-7-7),因此突,因此突变压对基因频率的改变很小,需要经过很多世代。变压对基因频率的改变很小,需要经过很多世代。基因频率由突变率u和v决定第30页/共66页2023/3/2931二二 、选择、选择选择的作用选择的作用破坏群体的基因平衡,定向地改变群体的基因频率;破坏群体的基因平衡,定向地改变群体的基因频率;增加有利基因或有益基因的频率,从而改变物种类型。增加有利基因或有益基因的频率,从而改变物种类型。自然选择作用:是指不同的遗传变异体具有差别的自然选择作用:是指不同的遗传变异体具有差别的生活力和差别的生殖力。生活力和差别的生殖力。第31页/共66页2023/3/2932u适合度
23、(适合度(fitness)和选择系数)和选择系数(selectivecoefficient)适合度:指某一基因型与其它基因型比较时,能够成活和繁殖后代的相对能力,记为W。选择系数:指在选择的作用下降低的适合度,记为S,S=1W。uW为为一一个个相相对对值值,一一般般把把适适合合度度最最高高的的生生物物的的W=1。如在2425下,把野生型果蝇的生存率定为W=1,则焦刚毛为0.79,小翅为0.69。第32页/共66页2023/3/2933l适合度是指一种生物能生存并把它的基因传适合度是指一种生物能生存并把它的基因传给下一代的相对能力。给下一代的相对能力。eg:成鸟喂养幼鸟和独食的成鸟。成鸟喂养幼鸟
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