TaKaRa定量PCR介绍教案.pptx
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1、会计学1TaKaRa定量定量PCR介绍介绍主主 要要 内内 容容Real Time PCRReal Time PCR基础知识基础知识12Real Time PCRReal Time PCR实验方法实验方法3Real Time PCRReal Time PCR解析方法解析方法4Real Time PCRReal Time PCR应用实例应用实例实时荧光定量实时荧光定量PCR介绍介绍2 2March29,2023March29,2023第1页/共81页Real Time PCRReal Time PCR基础知识基础知识1.Real Time PCR的用途及原理2.Real Time PCR的检测方
2、法Real Time PCRReal Time PCR基础知识基础知识1实时荧光定量实时荧光定量PCR介绍介绍3 3March29,2023March29,2023第2页/共81页Real Time PCR的用途的用途Real Time PCRReal Time PCRReal Time PCRReal Time PCR用途用途用途用途定性分析定性分析定性分析定性分析定量分析定量分析定量分析定量分析病毒及病原菌定量分析病毒及病原菌定量分析导入基因拷贝数解析导入基因拷贝数解析GMO定量检测定量检测差异显示结果验证差异显示结果验证基因芯片结果验证基因芯片结果验证siRNA效果确认效果确认mRNA表
3、达量分析表达量分析病毒及病原菌检测病毒及病原菌检测物种鉴定物种鉴定基因分型基因分型绝对定量绝对定量绝对定量绝对定量相对定量相对定量相对定量相对定量实时荧光定量实时荧光定量PCR介绍介绍4 4March29,2023March29,2023第3页/共81页Real Time PCRReal Time PCR的原理的原理 激发光激发光发射光发射光使用使用Real Time PCRReal Time PCR扩增装置实时监测扩增装置实时监测PCRPCR扩增产物并进行分析的方法。扩增产物并进行分析的方法。Real Time PCRReal Time PCRCtCt值值实时荧光定量实时荧光定量PCR介绍介
4、绍5 5March29,2023March29,2023第4页/共81页Real Time PCRReal Time PCR的原理的原理同一个样品重复同一个样品重复9696次次PCRPCR的扩增曲线的扩增曲线 CtCt值值实时荧光定量实时荧光定量PCR介绍介绍6 6March29,2023March29,2023第5页/共81页Real Time PCRReal Time PCR扩增过程中,每个反应管内的扩增过程中,每个反应管内的荧光信号值荧光信号值达到设定的达到设定的阈值阈值时所经历的循环数。时所经历的循环数。(C-C-代表代表CycleCycle,t-t-代表代表thresholdthre
5、shold)CtCt值概念值概念阈值阈值:在扩增曲线的:在扩增曲线的指数增长区域指数增长区域内适当位置上设定的内适当位置上设定的荧光检出界限。荧光检出界限。Real Time PCRReal Time PCR中的概念中的概念实时荧光定量实时荧光定量PCR介绍介绍7 7March29,2023March29,2023第6页/共81页 在在PCRPCR反应体系中加入荧光物质,并实时监测荧光信号积累的整个反应体系中加入荧光物质,并实时监测荧光信号积累的整个PCRPCR进程,进程,最后通过已知浓度的标准品制作的标准曲线对未知浓度的样品进行定量分析。最后通过已知浓度的标准品制作的标准曲线对未知浓度的样品
6、进行定量分析。Real Time PCRReal Time PCR的原理的原理实时荧光定量实时荧光定量PCR介绍介绍8 8March29,2023March29,2023第7页/共81页生产厂商生产厂商 仪器名称仪器名称 TaKaRaTaKaRa公司公司Thermal Cycler Dice TP800Thermal Cycler Dice TP800Applied BiosystemsApplied Biosystems公司公司ABI PRISM 7700ABI PRISM 7700、70007000、73007300、7900HT7900HT、7500Fast7500FastRocheRo
7、che公司公司LightCyclerLightCycler 2.0 2.0、LightCyclerLightCycler 480 480 CepheidCepheid公司公司Smart CyclerSmart Cycler、Smart Cycler IISmart Cycler II、Smart Cycler Smart Cycler TD TD Bio-RadBio-Rad公司公司iCycler iQiCycler iQ、iQ5 Real-Time PCR Detection SystemiQ5 Real-Time PCR Detection System Corbett ResearchC
8、orbett Research公司公司Rotor-gene2000Rotor-gene2000、Rotor-gene3000 Rotor-gene3000、Rotor-gene6000Rotor-gene6000 MJ ResearchMJ Research公司公司OpticonOpticon、MJ Mini CyclerMJ Mini Cycler、MiniOpticonMiniOpticonStratageneStratagene公司公司Mx4000Mx4000、Mx3000PMx3000P 、Mx3005PMx3005PTMTM杭州博日杭州博日LINE-GENE FQD-33ALINE-
9、GENE FQD-33A、LINE-GENE FQD-66ALINE-GENE FQD-66AReal Time PCRReal Time PCR检测系统检测系统-简介简介实时荧光定量实时荧光定量PCR介绍介绍March29,2023March29,2023第8页/共81页LightCycler 480 Rotor-gene6000 MiniOpticon Mx3005PTM LINE-GENE FQD-66A ABI PRISM 7500 iQ5 Real-Time PCR Detection System TaKaRa TP800实时荧光定量实时荧光定量PCR介绍介绍March29,202
10、3March29,2023第9页/共81页各公司各公司各公司各公司Real Time PCRReal Time PCRReal Time PCRReal Time PCR检测系统比较检测系统比较检测系统比较检测系统比较仪器名称仪器名称反应孔数反应孔数反应孔间反应孔间 独立性独立性检出通道检出通道升降温速度升降温速度TubeTubeROXROX荧光荧光校正功能校正功能TaKaRa Dice TP800TaKaRa Dice TP8009696无无2-42-4快快0.2ml0.2ml普通普通TubeTube无无ABI7000ABI70009696无无4 4快、慢两种快、慢两种0.2ml 80.2m
11、l 8联管、联管、专用专用CapCap有有ABI7500 FastABI7500 Fast5 5快快Light Cycler2.0Light Cycler2.03232无无6 6快快专用毛细玻璃管专用毛细玻璃管无无Light Cycler 480Light Cycler 48096 or 38496 or 3845 5快快专用板专用板Smart Cycler Smart Cycler 16(616)16(616)有有4 4快快专用、塑料石英专用、塑料石英无无Rotor-Gene 3000Rotor-Gene 300036(0.2ml)36(0.2ml)72(0.1ml)72(0.1ml)无无4
12、 4慢慢 0.2ml 0.2ml为普通为普通Tube,Tube,0.1ml0.1ml为专用为专用TubeTube无无MiniOpticonMiniOpticon4848无无2 2快快0.2ml0.2ml普通普通TubeTube无无iQ5 Real-Time PCRiQ5 Real-Time PCR Detection System Detection System 9696无无5 5快快0.2ml0.2ml普通普通TubeTube无无LINE-GENE LINE-GENE FQD-66AFQD-66A6666无无4 4快快0.2ml0.2ml普通普通TubeTube无无Mx3000PMx300
13、0P9696无无4 4慢慢0.2ml 80.2ml 8联管联管或单管或单管有有Mx3005PMx3005PTMTM5 5实时荧光定量实时荧光定量PCR介绍介绍March29,2023March29,2023第10页/共81页Real Time PCRReal Time PCR基础知识基础知识1.Real Time PCR的用途及原理2.Real Time PCR的检测方法Real Time PCRReal Time PCR基础知识基础知识1实时荧光定量实时荧光定量PCR介绍介绍1 12 2March29,2023March29,2023第11页/共81页TaqManProbeTaqManPro
14、beCyclingCyclingProbeProbeMolecularMolecularBeaconBeaconetc.SYBR SYBR SYBR SYBR Green IGreen IGreen IGreen I荧光染料嵌合法荧光染料嵌合法荧光探针法荧光探针法Real Time PCRReal Time PCR的检测方法的检测方法实时荧光定量实时荧光定量PCR介绍介绍1 13 3March29,2023March29,2023第12页/共81页荧光染料嵌合法(荧光染料嵌合法(SYBR Green ISYBR Green I)SYBR Green ISYBR Green I:是一种能结合于所
15、有:是一种能结合于所有dsDNAdsDNA双螺旋小沟区域的双螺旋小沟区域的 具有绿色激发波长的染料。具有绿色激发波长的染料。SYBR Green ISYBR Green ISYBR Green ISYBR Green I实时荧光定量实时荧光定量PCR介绍介绍1 14 4March29,2023March29,2023第13页/共81页Primer退退 火火 FFFFSYBR Green I 法法作用机理示意图作用机理示意图Pol.FPrimerPol.延延 伸伸 FFFFFFPrimer热变热变性性 FFFF实时荧光定量实时荧光定量PCR介绍介绍1 15 5March29,2023March2
16、9,2023第14页/共81页TaqManTaqMan法作用机理法作用机理TaqManTaqMan探针为一寡核苷酸,探针为一寡核苷酸,5 5 端标记一个报告基团(端标记一个报告基团(ReporterReporter),),3 3 端标记一个淬灭基团(端标记一个淬灭基团(QuencherQuencher)。)。RQ实时荧光定量实时荧光定量PCR介绍介绍1 16 6March29,2023March29,2023第15页/共81页RQPrimerRQPrimerRQPrimerPol.Pol.热变热变性性 退退 火火 延延 伸伸 TaqMan ProbeTaqMan Probe法原理示意图法原理示
17、意图 实时荧光定量实时荧光定量PCR介绍介绍1 17 7March29,2023March29,2023第16页/共81页CycleavePCRCycleavePCR法原理法原理 Cycling probeCycling probe为一寡核苷酸,一端标记一个荧光报告基为一寡核苷酸,一端标记一个荧光报告基团(团(ReporterReporter),一端标记一个荧光淬灭基团(),一端标记一个荧光淬灭基团(QuencherQuencher),),寡核苷酸为寡核苷酸为DNA/RNADNA/RNA杂合体。杂合体。RNase HQRNAR实时荧光定量实时荧光定量PCR介绍介绍1 18 8March29,2
18、023March29,2023第17页/共81页热变热变性性 PrimerQFPrimerPol.退退 火火 QFRNase HPrimerPol.延延 伸伸 QFCycleavePCRCycleavePCR法原理示意图法原理示意图 实时荧光定量实时荧光定量PCR介绍介绍1 19 9March29,2023March29,2023第18页/共81页 One-Step RT-PCR特异性高特异性高多重多重PCRPCR检出检出ProbeProbe设计要求高设计要求高 ProbeProbe法法 ProbeProbe合成费用高合成费用高SYBR Green I SYBR Green I 法与法与Pro
19、beProbe法比较法比较常用于常用于mRNAmRNA表达量分析等表达量分析等SYBR Green I SYBR Green I 法法 简便易行简便易行价格便宜价格便宜要求反应的特异性要求反应的特异性不能进行多重不能进行多重PCRPCR常用于常用于SNPSNP解析,病毒、病源菌检测解析,病毒、病源菌检测实时荧光定量实时荧光定量PCR介绍介绍2 20 0March29,2023March29,2023第19页/共81页主主 要要 内内 容容2Real Time PCR实验方法反转录反应反转录反应反转录反应反转录反应 O One Stepne Step和和Two Step RT-PCRTwo St
20、ep RT-PCR的选择的选择 RT Primer RT Primer的选择的选择 Total RNA Total RNA中中Genomic DNAGenomic DNA混入的对策混入的对策 Real Time PCR Real Time PCR引物及探针的设计引物及探针的设计 引物反应性确认引物反应性确认 PCR PCR条件优化顺序条件优化顺序Real Time PCRReal Time PCRReal Time PCRReal Time PCR反应反应反应反应实时荧光定量实时荧光定量PCR介绍介绍2 21 1March29,2023March29,2023第20页/共81页O One St
21、epne Step和和Two Step RT-PCRTwo Step RT-PCR的选择的选择Two-Step RT-PCRTwo-Step RT-PCRRNARNARTRT反应反应PCRPCR反反应应cDNAcDNAOne-Step RT-PCROne-Step RT-PCR实时荧光定量实时荧光定量PCR介绍介绍2 22 2March29,2023March29,2023第21页/共81页 Two-Step RT-PCRTwo-Step RT-PCR 高扩增效率高扩增效率cDNAcDNA使用更加灵活使用更加灵活更多更多RT PrimerRT Primer选择选择常用于常用于mRNAmRNA表
22、达量分析等表达量分析等 One-Step RT-PCR操作简便操作简便有效降低污染有效降低污染特异性特异性RT PrimerRT PrimerOne-Step RT-PCROne-Step RT-PCR 常用于病毒、病源菌检测等常用于病毒、病源菌检测等O One Stepne Step和和Two Step RT-PCRTwo Step RT-PCR的选择的选择实时荧光定量实时荧光定量PCR介绍介绍2 23 3March29,2023March29,2023第22页/共81页RTRT PrimerPrimer的选择的选择 Random PrimerRandom Primer Oligo dT P
23、rimerOligo dT Primer Gene Specific Primer Gene Specific PrimerRandom 6mer PrimerRandom 6mer PrimerGene Specific PrimerGene Specific PrimerOligo dT PrimerOligo dT PrimerPCR R-PrimerPCR R-PrimerPCR F-PrimerPCR F-Primer实时荧光定量实时荧光定量PCR介绍介绍2 24 4March29,2023March29,2023第23页/共81页目的片段在距目的片段在距Poly(A)Tail Po
24、ly(A)Tail 1.5 kbp 1.5 kbp 以内适用,以内适用,RTRT效率效率较高。较高。One Step RT-PCR One Step RT-PCR 只能使只能使用用Gene Specific PrimerGene Specific Primer,但不适用于复数基因的检但不适用于复数基因的检出。出。5 53 3Gene Specific PrimerGene Specific Primer目的片段目的片段R RF FAAAAAA5 53 3目的片段目的片段R RF F1,500 base1,500 baseOligo dT PrimerOligo dT PrimerRandomR
25、andom目的片段目的片段5 53 3R RF F目的片段在目的片段在mRNAmRNA任何位任何位置都能使用。通常置都能使用。通常mRNAmRNA表达量分析最适。表达量分析最适。Oligo dT PrimerOligo dT Primer5 53 3R RF FAAAAAA目的片段目的片段RandomRandom适用于适用于mRNAmRNA表达量分析,表达量分析,提升反应检测的灵敏度。提升反应检测的灵敏度。RTRT PrimerPrimer的选择的选择实时荧光定量实时荧光定量PCR介绍介绍2 25 5March29,2023March29,2023第24页/共81页Total RNATotal
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