用CLUSTAL和MEGA做系统发生树.pptx

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1、CLUSTAL能读取的数据格式把所有的序列放到一个文本文把所有的序列放到一个文本文档里，在序列名的前面加上档里，在序列名的前面加上#号号第1页/共32页第2页/共32页第3页/共32页第4页/共32页第5页/共32页第6页/共32页由于测序长短不一，需要选择一个对齐的位点，如上图的62号位点，同样的，末端也需要对齐第7页/共32页684位对齐第8页/共32页第9页/共32页第10页/共32页在目标序列所在的文件夹会生成两个文件，一个是ALN文件，另一个是dnd文件，以下的步骤我们需要aln文件第11页/共32页打开MEGA 4.1第12页/共32页先将aln文件转化成meg文件，MEGA4才能

2、处理。File Convert To MEGA Format第13页/共32页找到刚才生成的aln文件第14页/共32页第15页/共32页第16页/共32页第17页/共32页有时在转化好的MEGA文件下面会有一些星号，要把这些星号删除掉第18页/共32页保存第19页/共32页我保存到了桌面上接下来就要做树了，点击左侧的选项第20页/共32页第21页/共32页选择蛋白序列还是核酸序列，点击OK第22页/共32页选择是否是蛋白编码序列第23页/共32页选择核酸的类型，点击OK第24页/共32页这个窗口给出了好多这些序列的统计信息。可以看一下，关闭。第25页/共32页如图所示，从上面的选项可以选择自己需要做的树，为什么选择哪种树，要考虑好第26页/共32页第27页/共32页双击那些数字就可以编辑，将数字替换成物种的名字第28页/共32页最后将这个图拷贝到剪切板上，可以粘到Word上第29页/共32页粘到Word上的效果图第30页/共32页谢谢！第31页/共32页感谢您的观看！第32页/共32页