真核生物基因组资料.pptx
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1、第三章第三章 真核生物基因组真核生物基因组 引言引言:真核生物基因组比较庞大,并且不同生物种间差异很大。真核生物基因组比较庞大,并且不同生物种间差异很大。例例如如,人人类类单单倍倍体体基基因因组组由由3.16x103.16x109 9bPbP组组成成,如如果果以以10001000个个碱碱基基编编码码一一种种蛋蛋白白质质来来计计算算,理理论论上上可可有有300300万万个个基基因因。但但实实际际上上只只有有很很少少部部分分(约约占占2 23 3)的的DNADNA序列用于编码蛋白质。基因总数大概序列用于编码蛋白质。基因总数大概3.53.5万个。万个。DNA的复性动力学研究:非编码区往往都是重复序列
2、。的复性动力学研究:非编码区往往都是重复序列。第1页/共48页第一节第一节 真核生物基因组特点真核生物基因组特点 1分为细胞核基因组与细胞质基因组:分为细胞核基因组与细胞质基因组:细细胞胞核核基基因因组组是是双双份份的的(二二倍倍体体,diploid)diploid),即即有有两份同源的基因组。两份同源的基因组。细胞质基因组可有许多拷贝。细胞质基因组可有许多拷贝。2真真核核细细胞胞基基因因转转录录产产物物为为单单顺顺反反子子:一一个个结结构构基基因因经经过转录和翻译生成一个过转录和翻译生成一个mRNAmRNA分子和一条多肽链。分子和一条多肽链。3 3细细胞胞核核基基因因组组存存在在重重复复序序
3、列列:重重复复次次数数可可达达百百万万次次以以上上,大大多多为为非非编编码码序序列列,因因此此基基因因组组中中不不编编码码的的区区域域多多于编码区域于编码区域。4大部分基因有内含子,所以基因是不连续的大部分基因有内含子,所以基因是不连续的。5真核生物基因组远远大于原核生物基因组,具有许多真核生物基因组远远大于原核生物基因组,具有许多复制起点,但每个复制子的长度较小。复制起点,但每个复制子的长度较小。第2页/共48页一、细胞核基因组与细胞质基因组一、细胞核基因组与细胞质基因组(一)细胞核基因组 细胞核基因组的DNADNA与蛋白质结合形成染色体(chromosome)(chromosome)。除配
4、子细胞外,体细胞有两个同源染色体,因此基因组有两份同源的基因组。染色体储存于细胞核内,是基因组遗传信息的载体。第3页/共48页第4页/共48页(二二)线粒体基因组线粒体基因组 1 1为双链环状超螺旋分子,类似于质粒。为双链环状超螺旋分子,类似于质粒。2 2mtDNAmtDNA的的复复制制属属于于半半保保留留复复制制,可可以以是是型型复复制制,或或滚滚环环复复制制,或或D D环环复复制制,由由线线粒粒体体DNADNA聚聚合合酶催化完成。酶催化完成。3 3线线粒粒体体基基因因组组主主要要编编码码与与生生物物氧氧化化有有关关的的一一些蛋白质和酶。些蛋白质和酶。4 4线粒体基因组可能还包括一些抗药性基
5、因。线粒体基因组可能还包括一些抗药性基因。5 5线线粒粒体体基基因因组组有有自自己己的的rRNArRNA、tRNAtRNA以以及及核核糖糖体体等等系系统统,因因此此线线粒粒体体本本身身的的一一些些蛋蛋白白质质基基因因也也可可以在线粒体内独立地进行表达。以在线粒体内独立地进行表达。6 6哺哺乳乳动动物物mtDNAmtDNA的的遗遗传传密密码码与与通通用用的的遗遗传传密密码有区别。码有区别。第5页/共48页二、单顺反子结构二、单顺反子结构 真核细胞结构基因为单顺反子真核细胞结构基因为单顺反子(monocistron)(monocistron),一个结构基因经过转,一个结构基因经过转录生成一个单顺反
6、子录生成一个单顺反子mRNAmRNA分子,翻译成一条多肽链。真核生物基本上没有操纵子分子,翻译成一条多肽链。真核生物基本上没有操纵子结构。结构。第6页/共48页三、断裂基因三、断裂基因 真核细胞基因组的大部分序列属于真核细胞基因组的大部分序列属于非编码区非编码区。编码区通常为。编码区通常为结构基因结构基因,结构基,结构基因不仅在两侧有非编码区,而且在基因内部也有许多不编码蛋白质的因不仅在两侧有非编码区,而且在基因内部也有许多不编码蛋白质的间隔序列间隔序列(intervening sequences)(intervening sequences),因此,真核细胞的基因大多由不连续的几个编码序,因
7、此,真核细胞的基因大多由不连续的几个编码序列所组成,称之为列所组成,称之为断裂基因断裂基因(split gene)(split gene)。第7页/共48页内含子内含子(intron)(intron):是是结结构构基基因因中中的的非非编编码码序序列列,往往往往与与编编码码序序列列呈呈间间隔隔排排列列。当当基基因因转转录录后后,在在mRNAmRNA的成熟过程中被剪切的成熟过程中被剪切(splicing)(splicing)。外显子外显子(exon)(exon):是是结结构构基基因因中中的的编编码码序序列列,往往往往被被内内含含子子所所间间隔隔,当当基基因因转转录录后后,mRNAmRNA在在成成熟
8、熟过过程程中中切切去去内内含含子子,外外显显子子才才被被拼拼接接成成完完整整的的序序列列,成成为为成成熟熟的的mRNAmRNA作作为为指指导导蛋白质合成的模板。蛋白质合成的模板。内含子与外显子的概念也是相对的内含子与外显子的概念也是相对的.间隔区间隔区DNADNA:真核生物基因之间存在编码空白区或转录的空白区,称之为真核生物基因之间存在编码空白区或转录的空白区,称之为间隔区间隔区DNA(spacer DNA)DNA(spacer DNA),这些序列往往在单拷贝的结构基因侧翼,并使结构基因彼此分,这些序列往往在单拷贝的结构基因侧翼,并使结构基因彼此分开,间隔区开,间隔区DNADNA也可以存在于也
9、可以存在于rDNArDNA区。区。第8页/共48页第9页/共48页四、重复序列四、重复序列 根据复性动力学将真核生物基因组根据复性动力学将真核生物基因组DNADNA的重复序列分为三类:的重复序列分为三类:(一一)高度重复序列高度重复序列:重复频率达百万重复频率达百万(10(106 6)以上。以上。碱基组成的复杂度很低,因此其复性速率很快。碱基组成的复杂度很低,因此其复性速率很快。(二二)中度重复序列中度重复序列:重复数十至数万次重复数十至数万次(10(105 5)。(三三)低度重复序列低度重复序列:只出现一次或数次只出现一次或数次,复性速度很慢。复性速度很慢。第10页/共48页(一一)高度重复
10、序列高度重复序列 1.1.反向反向(倒位倒位)重复序列重复序列 复性速度极快,又称零时复性部分。由两个相同顺序的互补拷贝在同一DNADNA链上反向排列而成。复性时,链内碱基配对而呈现发夹式或“+”字形结构。重复序列之间没有间隔的又称之为回文(Palindrome)(Palindrome)结构。2.2.卫星卫星DNADNA(satellite DNA)(satellite DNA)重复单位一般由2 2 10bp10bp组成,且成串排列。因碱基组成不同于其他部分,用等密度梯度离心法可与主体DNADNA分开,故称为卫星DNADNA或随体DNADNA。3.3.卫星卫星DNADNA(-satellite
11、(-satellite DNA)DNA)由较复杂的重复单位所组成,灵长类所独有。第11页/共48页卫星DNADNA或随体DNADNA(Satellite DNA)因碱基组成不同于其他部分,用等密度梯度离心法可将卫星DNADNA与主体DNADNA分开。CsCl等密度梯度离心等密度梯度离心第12页/共48页高度重复顺序的主要功能:高度重复顺序的主要功能:参与复制水平的调节参与复制水平的调节参与基因表达的调控参与基因表达的调控参参与与转转位位作作用用:几乎所有转位因子的末端都包含反向重复序列,可以形成回文结构,既能连接非同源的基因,又可以被参与转位的特异酶所识别;与与进进化化有有关关:具有种属特异性
12、,但相近种属又有相似性;与与个个体体特特征征有有关关:同一种属中不同个体的高度重复序列的重复次数不一样,这可以作为每个个体的特征,即DNA指纹;与与染染色色体体减减数数分分裂裂时时染染色色体体配配对对有有关关:卫星DNA成簇分布在染色体着丝粒附近,同源染色体之间的联会可能依赖于具有染色体专一性的特定卫星DNA序列。第13页/共48页(二二)中度重复序列中度重复序列 重复数十至数万次(105)的重复序列短分散重复片段短分散重复片段 Alu Alu 家族:是哺乳动物基因组中含量最丰富的一种中度重复序列家族.hinfhinf 家族:(略)长分散重复片段长分散重复片段 KpnKpn I I家族 组蛋白
13、基因 超基因:一个基因簇中含有几百个功能相关的基因,这样的基因簇称为超基因。如人类主要组织相容性抗原复合体HLAHLA和免疫球蛋白重链与轻链基因。第14页/共48页中度重复顺序的主要功能中度重复顺序的主要功能 中度重复序列大多不编码蛋白质。有些中度重复序列则是编码蛋白质或rRNArRNA的结构基因:如HLAHLA基因、rRNArRNA基因、tRNAtRNA基因、组蛋白基因、免疫球蛋白基因等。中度重复序列一般具有种属特异性。第15页/共48页(三三)低度重复序列低度重复序列 在单倍体基因组中只出现一次或数次,因而复性速度很慢。低度重复序列在人类基因组中占6060-65-65。低度重复序列中储存了
14、巨大的遗传信息,编码各种不同功能的蛋白质。低度重复序列的两侧往往为散在分布的重复序列。第16页/共48页五、多基因家族与假基因五、多基因家族与假基因(一一)多基因家族多基因家族 多多基基因因家家族族(multigene family)是是指指由由某某一一祖祖先先基基因因经经过过重重复复和和变变异异所所产产生生的的一一组组基基因因。如组蛋白基因家族、珠蛋白基因家族。(二二)假基因假基因 在多基因家族中,某些成员并不产在多基因家族中,某些成员并不产生有功能的基因产物,这些基因称为假生有功能的基因产物,这些基因称为假基因基因(pseudo gene)。第17页/共48页六、多态性六、多态性 1不不同
15、同种种类类的的真真核核生生物物体体内内,基基因因组组DNA结结构构存存在在着着相当大的差异;相当大的差异;2同同种种生生物物的的不不同同个个体体之之间间,基基因因组组DNA序序列列也也存存在在差异。差异。限限 制制 性性 核核 酸酸 内内 切切 酶酶 片片 段段 长长 度度 多多 态态 性性(restriction fragment length polymorphism,RFLP):基因组中某个基因在同种生物的不同个体中,同时和经常存在两种或两种以上的变异型,以至于用某种限制性核酸内切酶消化基因组的某段序列时,会呈现不同的消化片段,形成生物群体的多态性,这种多态性称为限制性核酸内切酶片段长度
16、多态性。RFLP分为两种类型:分为两种类型:点多态性、较大的顺序变化点多态性、较大的顺序变化 第18页/共48页 限制性核酸内切酶片段长度多态性第19页/共48页七、基因重叠七、基因重叠(gene overlapping)所谓基因重叠,就是指基因组DNADNA中某些序列被两个或两个以上的基因所共用。复习:第二章重叠基因(overlapping gene)(overlapping gene)指同一段DNADNA序列能编码2-32-3种蛋白质多肽链。即编码顺序位于同一段DNADNA序列中,并相互重叠。第20页/共48页第二节第二节 基因组结构与疾病基因组结构与疾病 一、人类染色体的结构与疾病一、人
17、类染色体的结构与疾病(一一)人体染色体数目、结构和形态人体染色体数目、结构和形态 1 1染色体数目染色体数目 正正常常人人的的体体细细胞胞:具有4646条染色体,称为二倍体(2n)(2n)。其中4444条(22(22对)为常染色体,另两条为性染色体(女性为XXXX,男性为XY)XY)。配配子子细细胞胞(精精子子和和卵卵):具有2323条染色体,称为单位体(n)(n)。卵细胞为22+X22+X,精子为22+X22+X或22+Y22+Y。2 2染色体形态染色体形态 根据染色体的长度和着丝粒的位置将人类染色体顺次由1 1编到2222号,并分为A A、B B、C C、D D、E E、F F、G G等7
18、 7个组。第21页/共48页正常人体染色体核型(男性)正常人体染色体核型(男性)第22页/共48页Q Q显带:显带:用荧光染料喹吖因氮芥体外处理染色体用荧光染料喹吖因氮芥体外处理染色体标本。标本。G G显带:显带:用热、碱、胰酶、尿素、去垢剂或某些用热、碱、胰酶、尿素、去垢剂或某些盐溶液预先处理染色体标本,再经盐溶液预先处理染色体标本,再经GiemsaGiemsa染色,染色,则染色体可显示出不同的带纹。则染色体可显示出不同的带纹。R R带:带:与与G G带明暗相反带明暗相反;C C带:带:专门显示着丝粒异染色质专门显示着丝粒异染色质;T T带:带:专一显示染色体端粒;专一显示染色体端粒;N N
19、带:带:显示核仁组织区显示核仁组织区。常用的显带方法常用的显带方法第23页/共48页第24页/共48页G显带正常人体染色体核型(女性)显带正常人体染色体核型(女性)第25页/共48页(二二)染色体的数目异常与疾病染色体的数目异常与疾病 1 1多倍体和多倍性多倍体和多倍性 体体细细胞胞染染色色体体倍倍数数超超过过二二倍倍(2n)(2n)的的细细胞胞称称为为多多倍倍体体细细胞胞,体体细细胞胞获获得得多多倍倍体体(polyploidy)(polyploidy)的的性性状称为多倍性。状称为多倍性。2 2异倍性或非整倍性异倍性或非整倍性 细细胞胞的的染染色色体体数数非非2323的的整整倍倍时时,称称为为
20、异异倍倍体体细细胞胞,少少于于4646,称称为为亚亚二二倍倍体体;多多于于4646,称称为为超超二倍体;二倍体;6767可称为亚三倍体等。可称为亚三倍体等。3 3三体性和单体性三体性和单体性 体体细细胞胞的的某某号号染染色色体体增增多多一一条条,称称为为三三体体性性(trisomy)(trisomy);体体细细胞胞的的某某号号染染色色体体减减少少一一条条,称称为为单单体体性性(monosomy)(monosomy)。第26页/共48页典型常见病例:三体性:三体性:Down综合征(47,+21)、Klinefelter综合征(47,XXY)、Patau综合征(47,+13)、Edward综合征(
21、47,+18)等,临床上多表现为智力损害和发育畸形。单体性:单体性:Turner综合征(45,XO)。常染色体的单体性由于严重破坏基因平衡,因而是致死的。第27页/共48页(三三)染色体的结构异常与疾病染色体的结构异常与疾病 1染色体结构异常的类型染色体结构异常的类型常见的染色体结构异常有:常见的染色体结构异常有:缺失缺失(deletion):主要见于染色体部分丢失;主要见于染色体部分丢失;环状染色体环状染色体(ring chromosome):当当一一条条染染色色体体的的两两臂臂各各有有一一次次断断裂裂,有有着着丝丝粒粒节节段段的的两两个个断断裂裂端端如如彼彼此此重重新连接,可形成环状染色体
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