研究发育生物学模式生物.pptx
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1、第一节 华美广杆线虫(Caenorhabditis elegans)一华美广杆线虫的分类地位 华美广杆线虫是一种长为1 mm,自由生活于土壤中的小线虫,隶属于线形动物门(Nemathelminthes)线虫纲(Nematoda)小杆线虫目(Rhabditida)广杆线虫属(Caenorhabditis)。就其与人类的关系来说,华美广杆线虫在现已记录的大约2万种(估计可能有4万1 000万种)线虫中,并不是最重要的线虫,所以在我国,即使是从事生命科学研究的学者对其还相当陌生。然而,线虫的确与人类生活密切相关。一提起寄生于人类肠道中的蛔虫、钩虫和蛲虫及寄生于人的淋巴系统内的丝虫曾经给人类带来的危害
2、和痛苦,有谁会不为之惧怕呢?其实这些病原寄生虫都属于线虫一类。不同的是,华美广杆线虫不是寄生线虫,而是生活于土壤中、以细菌为食的一种自由线虫。第1页/共45页二作为模式生物的优点近30年来的研究表明,华美广杆线虫的确是分子发育生物学及细胞生物学、分子生物学和神经生物学研究的极好模型。作为模式生物,华美广杆线虫的主要优点如下:第2页/共45页 可在实验室用培养皿培养。由于以细菌为食,在实验室培养时,一般是先让琼脂培养皿长满细菌,再接种线虫。生命周期短(一般为3.5d),胚胎发育速度快。在培养温度为1 6度,胚胎发育期为1 8h;在培养温度为25度,胚胎发育期为1 2 h。存在雌雄同体(1lerm
3、aphrodite)和雄性两类不同生物型,主要是雌雄同体生物型,见图41(A)。在雌雄同体生物型中,每尾线虫既含有卵子又含有精子,精卵在体内受精,胚胎在生殖腺管内发育,幼虫由阴门(vulva)产出。雌雄同体个体自体受精的结果可产生非常纯合的基因型。雌雄同体个体性别决定的染色体机制为XX型。在偶然情况下,可产生大约O2的XO雄性个体。XO雄性个体可与雌雄同体个体交配产生后代,从而增加了基因重组和新等位基因引入的机会。体细胞数量少,由于透明可见,易于追踪细胞分裂谱系。产出的幼虫含有556个体细胞和2个原始生殖细胞,见图41(B),幼虫经4次蜕皮后变为成虫。若成虫为雌雄同体个体,则含有959个体细胞
4、和大约2000个生殖细胞;若成虫为雄性个体,则含有103 1个体细胞和大约1 000个生殖细胞。第3页/共45页第4页/共45页第5页/共45页能观察到生殖细胞的发生及种质颗粒的传递过程。胚胎发育的细胞分裂为不对称分裂,种系(germ 1ine)细胞中的种质颗粒(germ line granule)或P颗粒。(P granule)在细胞分裂过程中仅分配到形成种系细胞的细胞质中。细胞谱系研究表明,受精卵(又称为P0种系细胞)的第一次卵裂产生AB创建者细胞和种系细胞P1,种系细胞P1再次分裂后形成创建者细胞EMS和种系细胞P2,P2进一步分裂后形成创建者细胞C和P3种系细胞,P3种系细胞再分后形成
5、D创建者细胞和P4种系细胞。到幼虫产出时,AB细胞经分裂和进一步分化产生包括皮下细胞、神经细,胞、咽肌细胞、分泌腺细胞和1个体肌细胞在内的共389个细胞;EMS细胞经分裂为MS和E2个创建者细胞后,MS细胞再经分裂和分化出包括体肌细胞、咽肌细胞、神经细胞和分泌腺细胞在内的80个细胞,E细胞则形成构成肠子的20个细胞;C细胞经分裂和分化出包括皮下细胞、体肌细胞和2个神经细胞在内的47个细胞;D细胞则形成20个体肌细胞;而此时种系细胞P4才开始分裂出2个生殖细胞Z2和Z3(图41)。第6页/共45页三基因组大小及其基因组成 华美广杆线虫是继病毒、细菌和酿酒酵母之后基因组已经被完整测序了的第一个多细
6、胞动物,其基因组由97兆碱基组成。在这97兆碱基中,预计含有1 9 099个编码蛋白的基因,即平均每5 kb含有1个基因。每个基因平均含有5个内含子,基因组的27被预期的外显子占据。与以前基于部分少量序列所作的估计相比,由完整基因组序列所预测的基因数要多得多。其基因量大约是酿酒酵母的3倍,是人类的1513。将华美广杆线虫中的1 8 89 1个蛋白与酿酒酵母的62 1 7蛋白、大肠杆菌的4289个第7页/共45页蛋白及目前可利用的人类的4979个蛋白进行比较分析后发现,人的4979个蛋白中有74可在线虫中找到对应蛋白,线虫有36的蛋白可在现知的人类蛋白中找到相关蛋白。总的比较结果表明,较小的基因
7、组有较多的组分与较大的基因组相匹配,且较大的基因组含有更多可与之对应的蛋白(图42)。有趣的是,线虫中没有发现在酿酒酵母和大肠杆菌中都能与之匹配的蛋白。当然,尽管线虫的基因组已全部测序,但已做过遗传分析的蛋白基因还只占其基因总数的1025。-因此,有关线虫基因的真正研究可以说是刚刚开始,前面还有很长的路要走。第8页/共45页第9页/共45页第二节 果 蝇一果蝇的两个重大贡献谈起果蝇,已学过遗传学的人大概无人不知。自1 9 1 O年遗传学泰斗Thomas Hunt Morgan发现其第一个突变体白眼果蝇以来,其作为模式生物的历史已有90多年。正是以它为模式生物,Morgan和他的一批弟子们才从有
8、关性连锁、性染色体、多线染色体和伴性遗传等遗传规律的发现中提出了基因论,奠定了现代遗传学的基础,并由此使Morgan获得了1 933年的诺贝尔生理和医学奖。也就是从那时开始,生物学家才普遍认识到模式生物在生命科学研究中的重要作用。第10页/共45页1978年长期在美国加州理工学院从事果蝇遗传和发育研究的Edward BIewis发表了他几十年来关于基因复合体如何控制体节发育这一划时代的论文时,才又重新激起了欧洲分子生物学实验室两位年轻发育生物学家的研究热情,他们也选用这一给众多遗传学家带来好运的果蝇,作为他们开创科学研究生涯的模式生物,并试图搞清楚受精卵是如何发育成分节的胚胎的。他们采用饱和诱
9、变的方法随机破坏近一半的果蝇基因,然后通过显微观察来研究和分析影响体轴形成和分节模式的基因,并由此鉴定出1 5种不同的由于突变引起体节缺陷的基因。当他们的研究结果在1 980年秋季发表后,立即受到_批发育生物学家的关注。由于他们选用了好的模式生物,并采用了新颖有效的实验手段,使得其他学者,特别是当时的年轻学者有勇气0有信心去鉴定和寻找其他物种内控制发育的基因。很快,人们在其他高等生物和人类细胞中发现了同样的或类似的基因,并证明这些基因在发育过程中执行了相似的功能。这两位用果蝇作为模式生物开创分子发育生物学研究的学者就是1 995年与LewiS一起分享诺贝尔生理和医学奖的Christiane N
10、ussleinV01hard和EricWieschaus.第11页/共45页二、果蝇的分类地位及其生命周期果蝇的分类地位归属于节肢动物门、昆虫纲、双翅目、果蝇科、果蝇属,其学名全称为黑腹果蝇,现一般简称果蝇。在自然界,果蝇一般以腐烂的果实为食。果蝇的生命周期在室温下一般为2周左右。成虫产出的受精卵只经l d的胚胎发育就孵化出幼虫;幼虫经历两次蜕皮,由第一期幼虫经第二期幼虫约3 d时间发育成第三期幼虫,第三期幼虫再经23 d的化蛹过程形成蛹;在蛹中约经过历时5 d的变态,然后孵出成虫。成虫孵出后在1214 h内开始交配产卵,产出的受精卵又开始进入下一个生命周期(图43)。果蝇成虫的长度为2 mm
11、,大约可存活9 d左右。第12页/共45页第13页/共45页Drosophila melanogaster第14页/共45页三果蝇作为模式生物的优点(1)果蝇的生命周期短,在实验室条件下,一般12 d就可完成一次世代交替。(2)个体小(成虫的长度仅为2 mm),给予很少一点适宜食物在实验室就能饲养一大群。(3)易于遗传操作具有几十个易于诱变分析的遗传特征,并保持有大量的突变体。(4)有比较简单的染色体组成,只有4对染色体,且唾腺细胞中含有巨大的多线染色(p01ytenic chromosome)o ,(5)卵子发生过程中已为早期胚胎发育积累了充分的养料,且产出的卵子大,易于又见察。(6)胚胎发
12、育速度快,前13次卵裂每次只间隔9min,细胞核成倍增加成为一个合胞体(syncytium),其胚胎发育过程是观察分析卵裂、早期胚胎发生和躯体模式形成等发育调控机制的绝佳材料。,(7)幼虫存在变态过程,是分析器官芽(imaginal disc)细胞增殖机制的理想模型。(8)基因组序列已全 部测出(Science,Mar.24,2000)。(120Mb encodes 13,601 proteins)第15页/共45页由于果蝇具有以上优点,近年来仍然被广泛用做分子发育生物学研究的模型。在其胚胎发育的梯度假说被证实后,已鉴定出了几个在卵子中形成梯度、调节细胞定位和分化并决定胚胎发育方式的成形因子;
13、在位于卵子后极和种质(germ plasm)中发现了为种系细胞导向的蛋白因子有趣的是,在1 997和1 998连续两年被科学杂志称为当年十大重要突破成就之一。关于调控生物昼夜节律生物钟基因的研究也多半是在果蝇中完成的(Bloom 1 998)。果蝇的基因组大约为1 80 Mb,其常染色质部分约为120 Mb。到2000年3月,常染色质部分的全部碱基序列已基本确定,其基因组大约编码1 3 600个基因,在数量上比线虫还要少,但这些基因具有明显的功能多样性(Adams et a12000)。第16页/共45页第三节爪 蟾一、爪蟾的分类地位及其作为模式生物的意义爪蟾的全称为光滑爪蟾(Xenopus
14、laevis),它属于脊椎动物两栖纲(Amphibia)、无尾目(Anura)、负子蟾科(Pipidae)、爪蟾属(Xenopus)。因产于非洲,又名非洲爪蟾,现一般简称为爪蟾。由于爪蟾是脊椎动物,与人类及其他经济动物具有更为密切的关系,其发育模型及调控机制与人类及其他高等动物更相似,且与其他两栖动物一样,具有较大的、易于观察分析的卵子,因而有关脊椎动物的卵子发生、体轴决定、受精激活、卵裂与中囊胚转换(midblastula transition)、原肠形成、神经胚形成、器官发生、核移植及体细胞克隆等有关发育生物学原理和知识基本上都是来自于爪蟾这一模式动物和其他相关两栖动物的研究成果。正是在这
15、些研究成果基础上的演绎、推断和扩展;构成了脊椎动物发育生物学的基本原型。因而,爪蟾是脊椎动物发育生物学研究中一个最重要而又最典型的代表,是脊椎动物胚胎学和发育生物学的奠基者。图44是光滑爪蟾的生命周期示意图。第17页/共45页第18页/共45页1.Xenopus laevis:Amphibian model 主要优点1.性成熟短;2.卵体大,易于操 作;3.抗感染力强,易 于组织移植;第19页/共45页二、爪蟾及两栖动物作为模式生物的优点爪蟾作为模式动物除了其显著的科学意义外,同时也具有明显的优点。爪蟾生活在水中,成体约长7 cm,易于在实验室人工养殖。易于进行人工繁育,特别是通过注射促性腺激
16、素,可以诱导其在任何时候产卵。爪蟾的卵子较大,直径约为12 mm,且在体外受精、体外发育,因而无需复杂昂贵的仪器,就可在实验室进行显微操作等各种实验。发育早期通过辐射状完全卵裂产生囊胚。其透明的卵壳可以采用手术或化学方法脱去,从胚胎上切下来的细胞团可以依靠细胞中的卵黄提供营养,在无菌的生理盐水中继续发育。因而,许多早期有关发育生物学的重大突破,如以胚胎学大师Hans Spemann为首的一批发育生物学开创者在20世纪2030年代所进行的胚胎分割实验和胚胎诱导实验,以及20世纪5060年代Robert Brigg Thomas King和John Gurdon等关于细胞核的多能性(pluripo
17、tency)与体细胞克隆等著名实验,都是以爪蟾等两栖动物为研究材料完成的。我国的胚胎学及发育生物学研究也主要是以朱冼教授为首的一批学者以两栖动物中华大蟾蜍为实验材料开创起来的。第20页/共45页三、热带爪蟾光滑爪蟾的理想替身由大量的染色体和核型分析工作证明,具有36个染色体的光滑爪蟾的基因组已发生了重复加倍,是古老的四倍体物种。在每个个体的基因组中,大多数基因不像二倍体动物那样只有2个拷贝,而具有4个拷贝,因而在这一模式动物中不可能进行类似于在果蝇、线虫和小鼠中进行的通过干扰一个基因功能或者剔除一个基因而观察到什么错误的遗传分析研究。近年来,一种源于西非雨林湿地的热带爪蟾(Xenopus tr
18、opicalis)作为爪蟾属中惟一的二倍体物种,已受到发育生物学家和细胞生物学家的关注,已成为替代光滑爪蟾的理想模型。热带爪蟾除具有前述光滑爪蟾作为模式动物的优势外,与光滑爪蟾相比,热带爪蟾还具有几个独特的优势:第21页/共45页热带爪蟾为爪蟾属中惟一的二倍体物种,其单倍体基因组只有1.78pg或1.71 09bp,近于光滑爪蟾(3.2 pg或3.11 09 bp)的一半,是基因组最小的两栖动物。与其他模式动物相比,他也具有明显的优势。其基因组近小鼠的一半,与斑马鱼_(1.8109 bp)大小相近。成熟的热带爪蟾比光滑爪蟾的个体要小得多,因而用同等空间养殖的个体数要比养殖光滑爪蟾多得多热带爪蟾
19、的世代周期比光滑爪蟾(12年)也短得多,一般为46个月,且在优化的实验室条件下,还可进一步缩短。尽管其个体较小,但每次排卵仍能排出1 0003000粒卵子,其胚胎(0.70.8mm)虽比光滑爪蟾(1.01.3 mm)略小,但仍不妨碍进行精细的胚胎操作。由于它是光滑爪蟾的亲缘种,两种间许多基因高度保守,因而有关光滑爪蟾的研究资料可以直接应用于热带爪蟾。第22页/共45页热带爪蟾作为新的模式动物用于发育生物学研究还主要在于转基因技术的独特应用。该技术首先是将外源DNA在体外整合到分离的精核中,然后再将这些经遗传操作的精核注射到未受精卵中,而由此产生转基因胚胎。这种方法不但效率高,在几小时内能产生几
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