刘春艳北京大学医学图书馆信息咨询部liucy@libbjmueducn(1).ppt

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1、刘春艳北京大学医学图书馆信息咨询部PubMed生物医学数据库检索方法与技巧主要内容qPubMedPubMed概况 qPubMed数据来源qPubMed检索机制qPubMed检索运算符qPubMed检索方法q结果的显示、打印、保存q其他辅助功能1.PubMed概况p创建机构：美国国家医学图书馆下设的美国生物技术信息中心(NCBI)n1997年6月开始向全球开放p特色：具有收录范围广、内容全、检索途径多、检索体系完备等特点，部分文献还可在网上直接免费获得全文。2.PubMed数据来源pMEDLINE：pubmed-indexed for medlinepIn Process Citations：每

2、天收录，尚未经规范处理的数据。pubmed-in processpPublisher-Supplied Citations：由出版商提供的电子文献，每条记录标有PubMed-as supplied by Publisher。3.PubMed检索机制n自动转换匹配功能n(Automatic Term Mapping)n短语检索n(Phrase Searching)n对于输入的检索词，PubMed先按一定的词表顺序进行对照匹配和转换，再进行检索。词表匹配转换顺序是：nMeSH表 期刊刊名表 短语表 作者索引n如果在以上4个表中都找不到相匹配的词，PubMed将把短语分开，以单词为单位，分别重复以上

3、的过程，检索时各个词之间是AND逻辑关系。如果仍找不到相匹配的词，则用单个词在所有字段查找，各个词之间也是AND逻辑关系。3.1 自动转换匹配功能自动转换匹配功能人重组三叶因子（human recombinant trefoil factor）n(humansMeSH Terms OR humansAll Fields OR humanAll Fields)AND recombinantAll Fields AND(trefoil factorSupplementary Concept OR trefoil factorAll Fields)n也可称为强迫词组检索，即，如果要将短语作为一个词组

4、进行检索，可用双引号“”将其引起来。n如：“human recombinant trefoil factor”作为词组进行检索的词，系统不进行自动转换匹配，也不进行MeSH词的扩检。3.2 短语检索短语检索4.PubMed检索运算符n逻辑运算符逻辑运算符n逻辑“与”运算AND：检索式写成A and B，表示文献中同时包含检索词A和检索词B的文献才是命中文献。leukemia and vincristinen逻辑“或”运算OR：检索式写成A or B，表示包含检索词A的文献或者包含检索词B的文献或者同时包含检索词A和B的文献为命中文献。AIDS or Acquired Immunodeficie

5、ncy Syndromen逻辑“非”运算NOT：检索式写成A not B，表示包含检索词A同时不包含检索词B的文献为命中文献。Hepatitis not AnimalnIP地址：http:/pubmed.govPubMed 网址高级检索主题检索限制检索基本检索临床咨询5.PubMed检索方法n5.1 基本检索n5.2 高级检索n5.3 限制检索n5.4 主题检索n5.5 临床咨询5.1 基本检索默认检索字段为主题、作者、期刊关键词、词(词组)或短语：输入任意关键词：liver cancer、Lung cancer；带有双引号”作为短语检索：“human recombinant trefoil

6、factor”；带有连接号”-”作为一个词组检索：interleukin-6。限制检索字段：如liver cancerti作者：Smith J、仅知道作者姓，则必须加上字段标识，如：Smithau2002年以后的文献若文中有作者全称可用全称检索如：Joshua Lederberg5.1 基本检索期刊刊名：可用期刊全称：GENE THERAPYTA；可用期刊简称：JAMATA；(The Journal of the American Medical Association)复杂表达式：leukemia AND vincristine5.1 基本检索n分析该检索课题，包含两个方面：n长春新碱：vi

7、ncristine；n白血病：leukemian两个主题之间的逻辑关系是AND，即nleukemia AND vincristine 基本检索举例：长春新碱治疗白血病 基本检索举例：长春新碱治疗白血病 输入：leukemia AND vincristine“长春新碱治疗白血病”的基本检索结果5.2 高级检索高级检索5.2 高级检索n分析该检索课题，包含两个方面：n作者为：马大龙（ma dl）；n作者单位为：北京大学（peking university）。高级检索举例：北京大学医学部马大龙教授发表的文献高级检索举例：北京大学医学部马大龙教授发表的文献第一步：输入作者姓名输入：ma dl高级检索举

8、例：北京大学医学部马大龙教授发表的文献第二步：输入作者单位输入：peking university高级检索举例：北京大学医学部马大龙教授发表的文献5.3 限制检索限制检索5.3 限制检索p限制检索或条件检索：Limit (1)文献类型：日期：(2)语种：(3)动物/人类：(4)性别：(5)数据库子集的限定：(6)年龄组：(7)是否带有摘要或全文：(8)字段：限制日期限制语种限制是否带有全文、摘要限制字段限制研究对象限制性别限制子集限制年龄限制文献类型n分析该课题，可知：n主题为长春新碱治疗白血病，n即leukemia and vincristinen限制条件有两个：n语种为英文（English

9、）；n文献类型为综述（Review）限制检索举例：原文为英文的长春新碱治疗白血病方面的综述文献限制检索举例：原文为英文的长春新碱治疗白血病方面的综述文献第1步：输入 leukemia and vincristine第2步：限制语种为英文（English）第3步：限制文献类型为综述（Review）限制检索举例：原文为英文的长春新碱治疗白血病方面的综述文献主题为：leukemia and vincristine限制条件：英文；综述5.3 主题检索n根据medline数据主题标引的规范性，利用主题词进行的研究，对提高查全率、查准率会有相当的帮助。点击MeSH Database打开主题检索界面nMED

10、LINE数据库的叙词有主题词(Headings)和副主题词(Subheadings)两种。另外，每一篇文献的主题词也有主次之分：主要主题词(MJME)描述文献重点讨论的内容；次要主题词(MIME)描述文献一般涉及的问题。n使用控制词表的优点之一，是可以将相似的资源集中在一起，而与各个著者在著述中所使用的词语无关。利用MeSH则可克服同义词上的问题，因此，MeSH检索要比简单的自由文本检索更为精确。主题词(headings)：n直接、准确表达主题概念的词或词组。每个概念只能用一个主题词表达。n如：肿瘤ncancer nCarcinomanTumornNeoplasmNeoplasm副主题词(su

11、bheadings)：n副主题词：用于对主题词进一步限定的词或词组。n如：治疗（therapy）、外科学（surgery）、n 代谢（metabolism）、诊断（diagnosis）n主题词与副主题词之间的组配检索，起到对主题词的限定作用，是主题词具有更高的专指性，缩小检索范围，保证检索结果的准确性。n如：白血病的药物治疗n leukemia/drug therapyn但并不是每个副主题词和任何主题词都能进行组配使用，每个副主题词具有一定的专指性，其使用范围仅限于它后面括号内的类目。nTI:Pharmacogenomics of pediatric acute lymphoblastic l

12、eukemia.nAU:Kofranek,-J;Vu,-L-D;Snaselova,-H;Kerekes,-R;Velan,-T nSO:Expert opinion on pharmacotherapy.2001;10(Pt 2):1042-6 nAB:Pediatric acute lymphoblastic leukemia(ALL)represents one of the best examples of progress in disease treatment and improved outcome based in part upon the incorporation of

13、 the principles of pharmacogenomics.Throughout the past several decades,clinical scientists have continued to refine risk stratification in clinical trials with the understanding that individual.文献的原始格式nTI:Pharmacogenomics of pediatric acute lymphoblastic leukemia.nAU:Kofranek,-J;Vu,-L-D;Snaselova,-

14、H;Kerekes,-R;Velan,-T nSO:Expert opinion on pharmacotherapy.2001;10(Pt 2):1042-6 nAB:Pediatric acute lymphoblastic leukemia(ALL)represents one of the best examples of progress in disease treatment and improved outcome based in part upon the incorporation of the principles of pharmacogenomics.Through

15、out the past several decades,clinical scientists have continued to refine risk stratification in clinical trials with the understanding that individual.nMH-Cytochrome P-450 CYP3A/genetics nMH-Glucocorticoids/therapeutic use nMH-Methotrexate/therapeutic use nMH-Methyltransferases/genetics nMH-Neoplas

16、m,Residual nMH-*PharmacogeneticsnMH-Precursor Cell Lymphoblastic Leukemia-Lymphoma/*drug therapy/genetics nMH-Vincristine/therapeutic use 文献的标准化处理之后MH-Cytochrome P-450 CYP3A/genetics MH-Glucocorticoids/therapeutic use MH-Methotrexate/therapeutic use MH-Methyltransferases/genetics MH-Neoplasm,Residua

17、l MH-*PharmacogeneticsMH-Precursor Cell Lymphoblastic Leukemia-Lymphoma/*drug therapy/genetics MH-Vincristine/therapeutic use 高级检索主题检索限制检索基本检索临床咨询5.4 主题检索主题检索举例：长春新碱（Vincristine）治疗白血病（leukemia）的文献n分析该检索课题，有2个概念：长春新碱（Vincristine）、白血病（leukemia）：n对长春新碱来说是利用其治疗疾病，故其应组配副主题词“治疗应用（therapeutic use）”；n对白血病来说

18、是利用药物来治疗，故其应组配副主题词“药物疗法（drug therapy）”。n同时这两个概念之间是AND的关系。主题检索举例：长春新碱（Vincristine）治疗白血病（leukemia）的文献第1步：检索长春新碱/治疗应用主题检索举例：长春新碱（Vincristine）治疗白血病（leukemia）的文献第1步：检索长春新碱/治疗应用主题检索举例：长春新碱（Vincristine）治疗白血病（leukemia）的文献第1步：检索长春新碱/治疗应用副主题词主题检索举例：长春新碱（Vincristine）治疗白血病（leukemia）的文献第1步：检索长春新碱/治疗应用主题检索举例：长春新碱

19、（Vincristine）治疗白血病（leukemia）的文献第1步：检索长春新碱/治疗应用主题检索举例：长春新碱（Vincristine）治疗白血病（leukemia）的文献第1步：检索长春新碱/治疗应用主题检索举例：长春新碱（Vincristine）治疗白血病（leukemia）的文献第2步：检索白血病/药物疗法主题检索举例：长春新碱（Vincristine）治疗白血病（leukemia）的文献第2步：检索白血病/药物疗法主题检索举例：长春新碱（Vincristine）治疗白血病（leukemia）的文献第2步：检索白血病/药物疗法主题检索举例：长春新碱（Vincristine）治疗白血病

20、（leukemia）的文献第2步：检索白血病/药物疗法主题检索举例：长春新碱（Vincristine）治疗白血病（leukemia）的文献5.5 临床咨询和系统评价n可以使用户方便快捷地检索到有关临床方面的文献，如临床疾病的诊断、治疗、病因和预后等；n也可以用它来检索临床实践过程中遇到的一些具体问题，如系统性综述、元分析、临床试验、循证医学、实践指导以及有关遗传学方面的问题等。5.5 临床咨询和系统评价临床咨询系统评价检索医学遗传学研究方面的文献6.结果的显示、打印、保存n显示n保存、打印6.1 结果的显示n显示格式：系统提供的显示格式很多，一般较常用的有以下4种：n（1）Summary：为默

21、认显示格式。显示的信息包括文献的标题、著者、出处、PMID、综述出版类型、非英文文献的原文语种等。n（2）Abstract：显示信息除了文献标题、著者、出处等基本信息外，还包括摘要信息，以便用户了解文献详细内容。n（3）MEDLINE：以MEDLINE数据库的记录格式来显示检索结果。字段内容主要包括PMID、题目、摘要、作者、作者地址、语种、出版类型、出处、MeSH、文献ID、出版状态等。6.1 结果的显示6.1 结果的显示n保存记录n在“send to”下拉菜单中选择“File”，可完成将记录保存为文件。n选择“E-mail”，则可将结果发送至邮箱。n在检索结果显示页面可将某一次检索的全部记

22、录或标记记录保存；而“Clipboard”页面可用于保存一次或多次检索的结果记录。6.2 检索结果的保存 6.2 检索结果的保存 7 其他辅助功能n7.1 检索策略的存储和调用n7.2 全文链接n7.3 相关文献链接7.1 检索策略的存储和调用n使用My NCBI(Cubby)n首先要登记注册n保存检索策略n定期浏览新的检索结果7.2 全文链接7.2 全文链接7.3 相关文献链接7.3 相关文献链接检索练习1维生素C治疗贫血方面的文献。1.课题分析：维生素C（vitamin C）贫血（anemia）2.选择相应的主题词与副主题词：therapeutic use drug therapy检索练习22007年，北京大学全体师生用英文发表的文章被pubmed数据库收录数量。1.分析课题：2007年；北京大学；英文文献2.检索表达式：2007 peking university english Questions?Questions?Thanks!电话：电话：82801292-608