生物化学重点难点护本.pdf
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1、第一章蛋白质的分子结构与功能一、氨基酸:1.结构特点:氨基酸(amino acid)是蛋白质分子的基本组成单位。构成天然蛋白质分子的氨基酸约有2 0 种,除脯氨酸为a-亚氨基酸、甘氨酸不含手性碳原子外,其余氨基酸均为L-a-氨基酸。2.分类:根据氨基酸的R 基团的极性大小可将氨基酸分为四类:非极性中性氨基酸(8 种);极性中性氨基酸(7 种);酸性氨基酸(G lu和 Asp);(4)碱性氨基酸(Lys、Arg和 His)。二、肽键与肽链:肽键(peptide bond)是指由一分子氨基酸的a-竣基与另一分子氨基酸的a-氨基经脱水而形成的共价键(-CO-NH-)。氨基酸分子在参与形成肽键之后,由
2、于脱水而结构不完整,称为氨基酸残基。每条多肽链都有两端:即自由氨基端(N 端)与自由竣基端(C 端),肽链的方向是N 端-C 端。三、肽键平面(肽单位):肽键具有部分双键的性质,不能自由旋转;组成肽键的四个原子及其相邻的两个a 碳原子处在同一个平面上,为刚性平面结构,称为肽键平面。四、蛋白质的分子结构:蛋白质的分子结构可人为分为一级、二级、三级和四级结构等层次。一级结构为线状结构,二、三、四级结构为空间结构。1 .一级结构:指多肽链中氨基酸的排列顺序,其维系键是肽键。蛋白质的一级结构决定其空间结构。2 .二级结构:指多肽链主链骨架盘绕折叠而形成的构象,借氢键维系。主要有以下几种类型:a-螺旋:
3、其结构特征为:主链骨架围绕中心轴盘绕形成右手螺旋;螺旋每上升一圈是3.6个氨基酸残基,螺距为0.5 4 n m;相邻螺旋圈之间形成许多氢键;侧链基团位于螺旋的外侧。影 响a-螺旋形成的因素主要是:存在侧链基团较大的氨基酸残基;连续存在带相同电荷的氨基酸残基;存在脯氨酸残基。供折叠:其结构特征为:若干条肽链或肽段平行或反平行排列成片;所有肽键的C=O和N H形成链间氢键;侧链基团分别交替位于片层的上、下方。快转角:多肽链1 8 0。回折部分,通常由四个氨基酸残基构成,借1、4残基之间形成氢键维系。无规卷曲:主链骨架无规律盘绕的部分。3 .三级结构:指多肽链所有原子的空间排布。其维系键主要是非 共
4、 价 键(次级键):氢键、疏水键、范德华力、离子键等,也可涉及二硫键。4 .四级结构:指亚基之间的立体排布、接触部位的布局等,其维系键为非共价键。亚基是指参与构成蛋白质四级结构的而又具有独立三级结构的多肽链。五、蛋白质的理化性质:1.两性解离与等电点:蛋白质分子中仍然存在游离的氨基和游离的竣基,因此蛋白质与氨基酸一样具有两性解离的性质。蛋白质分子所带正、负电荷相等时溶液的pH值称为蛋白质的等电点。2.蛋白质的胶体性质:蛋白质具有亲水溶胶的性质。蛋白质分子表面的水化膜和表面电荷是稳定蛋白质亲水溶胶的两个重要因素。3.蛋白质的紫外吸收:蛋白质分子中的色氨酸、酪氨酸和苯丙氨酸残基对紫外光有吸收,以色
5、氨酸吸收最强,最大吸收峰为280nmo4.蛋白质的变性:蛋白质在某些理化因素的作用下,其特定的空间结构被破坏而导致其理化性质改变及生物活性丧失,这种现象称为蛋白质的变性。引起蛋白质变性的因素有:高温、高压、电离辐射、超声波、紫外线及有机溶剂、重金属盐、强酸强碱等。绝大多数蛋白质分子的变性是不可逆的。第二章核酸的结构与功能一、核酸的化学组成:1.含氯碱:参与核酸和核甘酸构成的含氮碱主要分为喋吟碱和口密咤碱两大类。组成核甘酸的喀咤碱主要有三种尿 嗑 陡(U)、胞 喀 咤(C)和胸腺 喀 咤(T),它们都是喀咤的衍生物。组成核甘酸的喋吟碱主要有两种腺 喋 吟(A)和鸟 喋 吟(G),它们都是喋吟的衍
6、生物。2.戊糖:核甘酸中的戊糖主要有两种,即B-D-核糖与B-D-2-脱氧核糖,由此构成的核甘酸也分为核糖核甘酸与脱氧核糖核酸两大类。3.核甘:核昔是由戊糖与含氮碱基经脱水缩合而生成的化合物。通常是由核糖或脱氧核糖的C P供羟基与喀嗟碱N1或喋吟碱N9进行缩合,故生成的化学键称为0,N糖昔键。其中由D-核糖生成者称为核糖核甘,而由脱氧核糖生成者则称为脱氧核糖核甘。由“稀有碱基”所生成的核首称为“稀有核昔”。假 尿 背 川)就是由D-核糖的C1,与尿喀碇的C5相连而生成的核昔。二、核甘酸的结构与命名:核甘酸是由核甘与磷酸经脱水缩合后生成的磷酸酯类化合物,包括核糖核甘酸和脱氧核糖核酸两大类。最常见
7、的核甘酸为5核甘酸(5,常被省略)。5、核甘酸又可按其在5,位缩合的磷酸基的多少,分为一磷酸核甘(核甘酸)、二磷酸核甘和三磷酸核甘。止 匕 外,生物体内还存在一些特殊的环核甘酸,常见的为环一磷酸腺 首(cAMP)和环一磷酸鸟昔(cGMP),它们通常是作为激素作用的第二信使。核甘酸通常使用缩写符号进行命名。第一位符号用小写字母d 代表脱氧,第二位用大写字母代表碱基,第三位用大写字母代表磷酸基的数目,第四位用大写字母P 代表磷酸。三、核酸的一级结构:核甘酸通过3,5-磷酸二酯键连接起来形成的不含侧链的多核普酸及链化合物就称为核酸。核酸具有方向性,5,-位上具有自由磷酸基的末端称为5,-端,3:位上
8、具有自由羟基的末端称为3,-端。DNA由dAMP、dGMP、dCMP和 dTMP四种脱氧核糖核甘酸所组成。DNA的一级结构就是指DNA分子中脱氧核糖核甘酸的种类、数目、排列顺序及连接方式。RNA由AMP,GMP,CMP,UMP四种核糖核甘酸组成。RNA的一级结构就是指RNA分子中核糖核普酸的种类、数目、排列顺序及连接方式。四、DNA的二级结构:DNA双螺旋结构是DNA二级结构的一种重要形式,它是Watson和 Crick两位科学家于1953年提出来的一种结构模型,其主要实验依据是Chargaff研究小组对DNA的化学组成进行的分析研究,即DNA分子中四种碱基的摩尔百分比为A=T、G=C、A+G
9、=T+C(Chargaff原 则),以及由Wilkins研究小组完成的DNA晶体X 线衍射图谱分析。天然DNA的二级结构以B 型为主,其结构特征为:为右手双螺旋,两条链以反平行方式排列;主链位于螺旋外侧,碱基位于内侧;两条链间存在碱基互补,通过氢键连系,且A-T、G-C(碱基互补原则);螺旋的稳定因素为氢键和碱基堆砌力;螺旋的螺距为3.4nm,直径为2nm。五、DNA的超螺旋结构:双螺旋的DNA分子进一步盘旋形成的超螺旋结构称为DNA的三级结构。绝大多数原核生物的DNA都是共价封闭的环状双螺旋,其三级结构呈麻花状。在真核生物中,双螺旋的DNA分子围绕一蛋白质八聚体进行盘绕,从而形成特殊的串珠状
10、结构,称为核小体。核小体结构属于DNA的三级结构。(染色质的基本组成单位是核小体,DNA区段与八聚体(H2A、H2B、H3和H4各两分子)的组蛋白组成核小体的核心颗粒,核心颗粒间通过一个组蛋白H1的连接区DNA彼此相连。)六、DNA的功能:DNA的基本功能是作为遗传信息的载体,为生物遗传信息复制以及基因信息的转录提供模板。DNA分子中具有特定生物学功能的片段称为基因(gene)。一个生物体的全部DNA序列称为基因组(genome)。基因组的大小与生物的复杂性有关。七、RNA的空间结构与功能:RNA分子的种类较多,分子大小变化较大,功能多样化。RNA通常以单链存在,但也可形成局部的双螺旋结构。1
11、.mRNA的结构与功能:mRNA是单链核酸,其在真核生物中的初级产物称为HnRNAo大多数真核成熟的mRNA分子具有典型的 5,-端的7-甲基 鸟甘三磷酸(m7GTP)帽子结构和3,-端的多聚腺甘酸(polyA)尾巴结构。mRNA的功能是为蛋白质的合成提供模板,分子中带有遗传密码。mRNA分子中每三个相邻的核甘酸组成一组,在蛋白质翻译合成时代表一个特定的氨基酸,这种核甘酸三联体称为遗传密码(coden)o2.tRNA的结构与功能:tRNA是分子最小,但含有稀有碱基最多的RNAo tRNA的二级结构由于局部双螺旋的形成而表现为“三叶草”形,故称为“三叶草”结构,可分为五个部分:氨基酸臂:由tRN
12、A的端和-端构成的局部双螺旋,35-端都带有-CCA-OH顺 序,可与氨基酸结合而携带氨基酸。DHU臂:含有二氢尿喀咤核昔,与氨基酰tRNA合成酶的结合有关。反密码臂:其反密码环中部的三个核甘酸组成三联体,在蛋白质生物合成中,可以用来识别mRNA上相应的密码,故称为反密码(anticoden)。TVC 臂:含保守的TyC顺序,可以识别核蛋白体上的rRN A,促使tRNA与核蛋白体结合。可变臂:位于JVC臂和反密码臂之间,功能不详。3.rRNA的结构与功能:rRNA是细胞中含量最多的R N A,可与蛋白质一起构成核蛋白体,作为蛋白质生物合成的场所。原核生物中的rRNA有三种:5S,16S,23S
13、。真核生物中的rRNA有四种:5S,5.8S,18S,28So八、核酶:具有自身催化作用的RNA称为核酶(ribozyme),核酶通常具有特殊的分子结构,如锤头结构。九、核酸的一般理化性质:核酸具有酸性;粘度大;能吸收紫外光,最大吸收峰为260nm。十、DNA的变性:在理化因素作用下,DNA双螺旋的两条互补链松散而分开成为单链,从而导致DNA的理化性质及生物学性质发生改变,这种现象称 为DNA的变性。引起DNA变性的因素主要有:高温,强酸强碱,有机溶剂等。DNA变性后的性质改变:增色效应:指DNA变性后对260nm紫外光的光吸收度增加的现象;旋光性下降;粘度降低;生物功能丧失或改变。加热DNA
14、溶液,使其对260nm紫外光的吸收度突然增加,达到其最大值一半时的温度,就 是DNA的变性温度(融解温度,Tm)oTm的高低与DNA分 子 中G+C的含量有关,G+C的含量越高,则Tm越高。-|、DNA的复性与分子杂交:将变性DNA经退火处理,使其重新形成双螺旋结构的过程,称为 DNA的复性。两条来源不同的单链核酸(DNA或 RNA),只要它们有大致相同的互补碱基顺序,以退火处理即可复性,形成新的杂种双螺旋,这一现象称为核酸的分子杂交。核酸杂交可以是DNA-DNA,也可以是 DNA-RNA杂交。不同来源的,具有大致相同互补碱基顺序的核酸片段称为同源顺序。常用的核酸分子杂交技术有:原位杂交、斑点
15、杂交、Southern杂交及Northern杂交等。在核酸杂交分析过程中,常将已知顺序的核酸片段用放射性同位素或生物素进行标记,这种带有一定标记的已知顺序的核酸片段称为探针。十二、核酸酶:凡是能水解核酸的酶都称为核酸酶。凡能从多核甘酸链的末端开始水解核酸的酶称为核酸外切酶,凡能从多核甘酸链中间开始水解核酸的酶称为核酸内切酶。能识别特定的核甘酸顺序,并从特定位点水解核酸的内切酶称为限制性核酸内切酶(限制酶)。第 三 章 酶(含维生素及酶的调节)一、酶的概念:酶(enzyme)是由活细胞产生的生物催化剂,这种催化剂具有极高的催化效率和高度的底物特异性,其化学本质是蛋白质。酶按照其分子结构可分为单体
16、酶、寡聚酶和多酶体系(多酶复合体和多功能酶)三大类。二、酶的分子组成:酶分子可根据其化学组成的不同,可分为单纯酶和结合酶(全酶)两类。结合酶则是由酶蛋白和辅助因子两部分构成,酶蛋白部分主要与酶的底物特异性有关,辅助因子则与酶的催化活性有关。与酶蛋白疏松结合并与酶的催化活性有关的耐热低分子有机化合物称为辅酶。与酶蛋白牢固结合并与酶的催化活性有关的耐热低分子有机化合物称为辅基。三、辅酶与辅基的来源及其生理功用:辅酶与辅基的生理功用主要是:运载氢原子或电子,参与氧化还原反应。运载反应基团,如酰基、氨基、烷基、竣基及一碳单位等,参与基团转移。大部分的辅酶与辅基衍生于维生素。维 生 素(vitamin)
17、是指一类维持细胞正常功能所必需的,但在许多生物体内不能自身合成而必须由食物供给的小分子有机化合物。维生素可按其溶解性的不同分为脂溶性维生素和水溶性维生素两大类。脂溶性维生素有VitA、VitD、VitE和VitK四种;水溶性维生素有 VitB”VitB2,VitPP,VitB6,VitBl2,V itC,泛酸,生物素,叶酸等。1.TPP:即焦磷酸硫胺素,由硫胺素(V itB P焦磷酸化而生成,是脱竣酶的辅酶,在体内参与糖代谢过程中a-酮酸的氧化脱竣反应。2.FMN和FAD:即黄素单核甘酸(FMN)和黄素腺喋吟二核普酸(FAD),是 核 黄 素(VitB2)的衍生物。FMN或FAD通常作为脱氢酶
18、的辅基,在酶促反应中作为递氢体(双递氢体)。3.NAD+和NADP+:即尼克酰胺腺喋吟二核甘酸(NAD+,辅酶I)和尼克酰胺腺喋吟二核甘酸磷酸(NADP+,辅酶H),是Vit PP的衍生物。NAD+和NADP+主要作为脱氢酶的辅酶,在酶促反应中起递氢体的作用,为单递氢体。4.磷酸毗哆醛和磷酸毗哆胺:是Vit B6的衍生物。磷酸毗哆醛和磷酸毗哆胺可作为氨基转移酶,氨基酸脱竣酶,半胱氨酸脱硫酶等的辅酶。5.CoA:泛 酸(遍多酸)在体内参与构成辅酶A(CoA)o CoA中的筑基可与竣基以高能硫酯键结合,在糖、脂、蛋白质代谢中起传递酰基的作用,是酰化酶的辅酶。6.生物素:是竣化酶的辅基,在体内参与C
19、O2的固定和竣化反应。7.FH4;由叶酸衍生而来。四氢叶酸是体内一碳单位基团转移酶系统中的辅酶。8.VitB%衍生物:Vit B%分子中含金属元素钻,故又称为钻胺素。Vit B12在体内有多种活性形式,如旌脱氧腺普钻胺素、甲基钻胺素等。其中,5:脱氧腺背钻胺素参与构成变位酶的辅酶,甲基钻胺素则是甲基转移酶的辅酶。四、金属离子的作用:1.稳定构象:稳定酶蛋白催化活性所必需的分子构象;2.构成酶的活性中心:作为酶的活性中心的组成成分,参与构成酶的活性中心;3.连接作用:作为桥梁,将底物分子与酶蛋白螯合起来。五、酶的活性中心:酶分子上具有一定空间构象的部位,该部位化学基团集中,直接参与将底物转变为产
20、物的反应过程,这一部位就称为酶的活性中心。参与构成酶的活性中心的化学基团,有些是与底物相结合的,称为结合基团,有些是催化底物反应转变成产物的,称为催化基团,这两类基团统称为活性中心内必需基团。在酶的活性中心以外,也存在一些化学基团,主要与维系酶的空间构象有关,称为酶活性中心外必需基团。六、酶促反应的特点:1.具有极高的催化效率:酶的催化效率可比一般催化剂高1061020倍。酶能与底物形成ES中间复合物,从而改变化学反应的进程,使反应所需活化能阈大大降低,活化分子的数目大大增加,从而加速反应进行。2.具有高度的底物特异性:一种酶只作用于一种或一类化合物,以促进一定的化学变化,生成一定的产物,这种
21、现象称为酶作用的特异性。绝对特异性:一种酶只能作用于一种化合物,以催化一种化学反应,称为绝对特异性,如琥珀酸脱氢酶。相对特异性:一种酶只能作用于一类化合物或一种化学键,催化一类化学反应,称为相对特异性,如脂肪酶。立体异构特异性:一种酶只能作用于一种立体异构体,或只能生成一种立体异构体,称为立体异构特异性,如L-精氨酸酶。3.酶的催化活性是可以调节的:如代谢物可调节酶的催化活性,对酶分子的共价修饰可改变酶的催化活性,也可通过改变酶蛋白的合成来改变其催化活性。七、酶促反应的机制:1.中间复合物学说与诱导契合学说:酶催化时,酶活性中心首先与底物结合生成一种酶-底物复合物(ES),此复合物再分解释放出
22、酶,并生成产物,即为中间复合物学说。当底物与酶接近时,底物分子可以诱导酶活性中心的构象以生改变,使之成为能与底物分子密切结合的构象,这就是诱导契合学说。2.与酶的高效率催化有关的因素:趋近效应与定向作用;张力作用;酸碱催化作用;共价催化作用;酶活性中心的低介电 区(表面效应)。八、酶促反应动力学:酶反应动力学主要研究酶催化的反应速度以及影响反应速度的各种因素。在探讨各种因素对酶促反应速度的影响时,通常测定其初始速度来代表酶促反应速度,即底物转化量 5%时的反应速度。1.底物浓度对反应速度的影响:底物对酶促反应的饱和现象:由实验观察到,在酶浓度不变时、不同的底物浓度与反应速度的关系为一矩形双曲线
23、,即当底物浓度较低时,反应速度的增加与底物浓度的增加成正比(一级反应);此后,随底物浓度的增加,反应速度的增加量逐渐减少(混合级反应);最后,当底物浓度增加到一定量时,反应速度达到一最大值,不再随底物浓度的增加而增加(零级反应)。米氏方程及米氏常数:根据上述实验结果,Michaelis&Menten于 1913年推导出了上述矩形双曲线的数学表达式,即米氏方程:v=VmaxS/(Km+S)o 其中,Vmax为最大反应速度,Km为米氏常数。(3)Km和 Vmax的意义:当 v=Vmax/2时,Km=So因此,Km等于酶促反应速度达最大值一半时的底物浓度。当 k_1k+2时,Km=k/k+尸Ks。因
24、此,Km可以反映酶与底物亲和力的大小,即 Km值越小,则酶与底物的亲和力越大;反之,则越小。K m可用于判断反应级数:当S100Km时,v=V m ax,反应为零级反应,即反应速度与底物浓度无关;当0.01KmS HDL。2.载脂蛋白的功能:转运脂类物质;作为脂类代谢酶的调节剂:LCAT可 被 A poA l等激活,也可被 ApoAH所抑制。LpL(脂蛋白脂肪酶)可被ApoCH所激活,也可被 ApoCHI所抑制。ApoA II可激活H L 的活性。(3)作为脂蛋白受体的识别标记:ApoB可被细胞膜上的ApoB,E 受 体(LDL受体)所识别;ApoE可被细胞膜上的ApoB,E 受体和ApoE受
25、 体(LD L受体相关蛋白,L R P)所识别。ApoA I 参 与 HDL受体的识别。(4)参与脂质转运:CETP可促进胆固醇酯由HDL转移至VLDL和 LDL;PTP可促进磷脂由CM 和 VLDL转移至HDL。3.血浆脂蛋白的代谢和功能:乳糜微粒在小肠粘膜细胞组装,与外源性甘油三酯的转运有关;极低密度脂蛋白在肝脏组装,与内源性甘油三酯的转运有关;低密度脂蛋白由VLDL代谢产生,可将肝脏合成的胆固醇转运至肝外组织细胞;高密度脂蛋白来源广泛,与胆固醇的逆向转运有关。第六章生物氧化一、生物氧化的概念和特点:物质在生物体内氧化分解并释放出能量的过程称为生物氧化。与体外燃烧一样,生物氧化也是一个消耗
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