第三章_酶的分子结构与功能.pptx
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1、生物催化剂生物催化剂(biocatalyst)n酶(enzyme)是一类由活细胞产生的,对其特异底物具有高效催化作用的生物大分子。n 核酶(ribozyme):具有高效、特异催化作用的核酸,主要参与RNA的剪接。第1页/共134页底物底物(substrate,S):酶作用的物质。:酶作用的物质。产物产物(product,P):反应生成的物:反应生成的物质。质。酶促反应酶促反应:酶催化的反应。:酶催化的反应。酶活性酶活性:酶催化化学反应的能力。:酶催化化学反应的能力。第2页/共134页n酶学研究简史公元前两千多年,我国已有酿酒记载。公元前两千多年,我国已有酿酒记载。一一百百余余年年前前,Past
2、eur认认为为发发酵酵是是酵酵母母细细胞胞生生命命活动的结果。活动的结果。1878年,年,Khne首次提出首次提出Enzyme一词。一词。1897年年,Eduard Buchner用用不不含含细细胞胞的的酵酵母母提提取液,实现了发酵。取液,实现了发酵。1926年年,Sumner首首次次从从刀刀豆豆中中提提纯纯出出脲脲酶酶结结晶晶(deoxyribozyme)。第3页/共134页1982年年,Cech首首次次发发现现RNA也也具具有有酶酶的的催催化化活活性,提出性,提出核酶核酶(ribozyme)的概念。的概念。1995年年,Jack W.Szostak研研究究室室首首先先报报道道了了具具有有D
3、NA连连接接酶酶活活性性DNA片片段段,称称为为脱脱氧氧核核酶酶(deoxyribozyme)。第4页/共134页第一节第一节酶的分子结构与功能酶的分子结构与功能The Molecular Structure and Function of Enzyme第5页/共134页n酶的不同形式:单单体体酶酶(monomeric enzyme):仅仅具具有有三三级级结结构构的的酶。酶。寡寡聚聚酶酶(oligomeric enzyme):由由多多个个相相同同或或不不同同亚亚基以非共价键连接组成的酶。基以非共价键连接组成的酶。多多酶酶体体系系(multienzyme system):由由几几种种不不同同功功
4、能能的酶彼此聚合形成的多酶复合物。的酶彼此聚合形成的多酶复合物。多多 功功 能能 酶酶(multifunctional enzyme)或或 串串 联联 酶酶(tandem enzyme):一一些些多多酶酶体体系系在在进进化化过过程程中中由由于于基基因因的的融融合合,多多种种不不同同催催化化功功能能存存在在于于一一条条多多肽肽链中,这类酶称为多功能酶。链中,这类酶称为多功能酶。第6页/共134页一、酶的分子组成中常含有辅助因子蛋白质部分:酶蛋白 (apoenzyme)apoenzyme)辅助因子(cofactor)(cofactor)金属离子金属离子小分子有机化合物小分子有机化合物全酶(holo
5、enzyme)(holoenzyme)n结合酶(conjugated enzyme)n单纯酶(simpleenzyme):淀粉酶、脂酶淀粉酶、脂酶第7页/共134页n全酶分子中各部分在催化反应中的作用:酶蛋白酶蛋白决定反应的决定反应的特异性特异性辅助因子辅助因子决定反应的决定反应的种类与性质种类与性质第8页/共134页金属酶(metalloenzyme)金属离子与酶结合紧密,提取过程中不金属离子与酶结合紧密,提取过程中不易丢失。易丢失。金属激活酶(metal-activatedenzyme)金属离子为酶的活性所必需,但与酶的金属离子为酶的活性所必需,但与酶的结合不甚紧密。结合不甚紧密。n金属离
6、子是最多见的辅助因子第9页/共134页金属离子的作用:参与催化反应,传递电子;参与催化反应,传递电子;在酶与底物间起桥梁作用;在酶与底物间起桥梁作用;稳定酶的构象;稳定酶的构象;中和阴离子,降低反应中的静电斥力等。中和阴离子,降低反应中的静电斥力等。第10页/共134页n小分子有机化合物是一些化学稳定的小分子物质,称为辅酶(coenzyme)。其主要作用是参与酶的催化过程,在反应中其主要作用是参与酶的催化过程,在反应中传递电子、质子或一些基团。传递电子、质子或一些基团。辅酶的种类不多,且分子结构中常含有维生辅酶的种类不多,且分子结构中常含有维生素或维生素类物质。素或维生素类物质。第11页/共1
7、34页转移的基团转移的基团小分子有机化合物(辅酶或辅基)小分子有机化合物(辅酶或辅基)小分子有机化合物(辅酶或辅基)小分子有机化合物(辅酶或辅基)名称名称所含的维生素所含的维生素氢原子(质子)氢原子(质子)NAD(尼克酰胺腺嘌呤二核(尼克酰胺腺嘌呤二核苷酸,辅酶苷酸,辅酶I尼克酰胺(维生素尼克酰胺(维生素PP)之一)之一NADP(尼克酰胺腺嘌呤二(尼克酰胺腺嘌呤二核苷酸磷酸,辅酶核苷酸磷酸,辅酶II尼克酰胺(维生素尼克酰胺(维生素PP)之一)之一FMN(黄素单核苷酸)(黄素单核苷酸)维生素维生素B2(核黄素)(核黄素)FAD(黄素腺嘌呤二核苷酸)(黄素腺嘌呤二核苷酸)维生素维生素B2(核黄素)
8、(核黄素)醛基醛基TPP(焦磷酸硫胺素)(焦磷酸硫胺素)维生素维生素B1(硫胺素)(硫胺素)酰基酰基辅酶辅酶A(CoA)泛酸泛酸硫辛酸硫辛酸硫辛酸硫辛酸烷基烷基钴胺素辅酶类钴胺素辅酶类维生素维生素B12二氧化碳二氧化碳生物素生物素生物素生物素氨基氨基磷酸吡哆醛磷酸吡哆醛吡哆醛(维生素吡哆醛(维生素B6之一)之一)甲基、甲烯基、甲炔基、甲基、甲烯基、甲炔基、甲酰基等一碳单位甲酰基等一碳单位四氢叶酸四氢叶酸叶酸叶酸某些辅酶(辅基)在催化中的作用第12页/共134页n辅酶中与酶蛋白共价结合的辅酶又称为辅酶中与酶蛋白共价结合的辅酶又称为辅基辅基(prosthetic group)(prosthetic
9、 group)。n n辅基和酶蛋白结合紧密,不能通过透析或超辅基和酶蛋白结合紧密,不能通过透析或超滤等方法将其除去,在反应中不能离开酶蛋滤等方法将其除去,在反应中不能离开酶蛋白,如白,如FADFAD、FMNFMN、生物素等。、生物素等。第13页/共134页 NAD+和和NADP+维生素维生素PP抗癞皮病维生素的抗癞皮病维生素的体内活性形式:体内活性形式:尼克酰胺腺嘌呤二核苷酸尼克酰胺腺嘌呤二核苷酸(NAD+)尼克酰胺腺嘌呤二核苷酸磷酸尼克酰胺腺嘌呤二核苷酸磷酸(NADP+)脱氢酶的辅酶(传递电子和质子)脱氢酶的辅酶(传递电子和质子)亦称:亦称:辅酶辅酶和和辅酶辅酶第14页/共134页NADP+
10、:R为尼克酰胺NAD+:R为H第15页/共134页第16页/共134页 FMN 和和FAD维生素B2核黄素核黄素(riboflavin)(riboflavin)体内活性形式为体内活性形式为黄素单核苷酸(FMN)和黄素腺嘌呤二核苷酸(FAD)。FMNFMN及及FADFAD是体内是体内氧化还原酶(如脂酰如脂酰CoACoA脱氢脱氢酶、琥珀酸脱氢酶、黄嘌呤氧化酶等)的辅基,酶、琥珀酸脱氢酶、黄嘌呤氧化酶等)的辅基,主要起主要起氢传递体的作用的作用。第17页/共134页VB2FMNAMPFAD第18页/共134页焦磷酸硫胺素(thiaminepyrophosphate,TPP)维生素B1硫胺素(抗神经炎
11、因子、抗脚气病硫胺素(抗神经炎因子、抗脚气病V V)功能:以辅酶方式参加糖的分解代谢。以辅酶方式参加糖的分解代谢。TPPTPP是是维生素维生素B B1 1的活性形式,是的活性形式,是-酮酸氧化脱羧酶、转酮酶的辅酶。酮酸氧化脱羧酶、转酮酶的辅酶。第19页/共134页 泛酸泛酸(pantothenic acid)遍多酸的体内活性形遍多酸的体内活性形式式.酰基转移酶的辅酶,参与酰基转移酶的辅酶,参与酰基酰基的转移作用。的转移作用。辅酶A(CoASH)酰基结合位点第20页/共134页VB6转氨和脱羧过程中的辅酶转氨和脱羧过程中的辅酶转氨:通过醛、胺转化转氨:通过醛、胺转化第21页/共134页生物素(V
12、B7)体内多种体内多种羧化酶(如(如丙丙酮酸羧化酶、乙酰酮酸羧化酶、乙酰CoACoA羧羧化酶)化酶)的辅基,与专一性的辅基,与专一性的羧化酶蛋白的的羧化酶蛋白的赖氨酸残赖氨酸残基相基相结合结合,参与,参与CO2固定过程。过程。第22页/共134页叶酸叶酸(folicacid)(folicacid)又称蝶酰谷氨酸,体内活性形式为又称蝶酰谷氨酸,体内活性形式为四氢叶酸四氢叶酸(FH(FH4 4)。一碳单位转移酶的辅酶,参与一碳单位(甲基、的辅酶,参与一碳单位(甲基、甲烯基、甲炔基、甲酰基等)的转移。甲烯基、甲炔基、甲酰基等)的转移。N5、N10是是一碳单位的结合位点。一碳单位的结合位点。四氢叶酸(
13、FH4)第23页/共134页l缺乏症:叶酸缺乏时,红细胞的发育受到影响,造成巨红细胞性贫血症。叶酸二氢叶酸还原酶NADPH+H+NADP+二氢叶酸二氢叶酸还原酶NADPH+H+NADP+四氢叶酸5,6,7,8-四氢叶酸(FH4)CH27第24页/共134页二、酶的活性中心是酶分子中执行其催化功能的部位酶的结构酶的结构必需基团其它部分其它部分活性中心活性中心以外的必需基团活性中心以外的必需基团结合基团催化基团第25页/共134页酶分子中氨基酸残酶分子中氨基酸残基侧链的化学基团中基侧链的化学基团中,一些与酶活性密切相关一些与酶活性密切相关的化学基团的化学基团。n必需基团(essentialgrou
14、p)第26页/共134页指指必需基团在空间结构上彼此靠近,组必需基团在空间结构上彼此靠近,组成具有特定空间结构的区域,能与底物特异成具有特定空间结构的区域,能与底物特异结合并将底物转化为产物。这一区域称为结合并将底物转化为产物。这一区域称为酶的活性中心。n酶的活性中心(activecenter)第27页/共134页活性中心内的必需基团活性中心内的必需基团结合基团(bindinggroup)与底物相结合与底物相结合催化基团(c(catalyticgroup)atalyticgroup)催化底物转变成产物催化底物转变成产物位于活性中心以外,维持酶活性中心应有位于活性中心以外,维持酶活性中心应有的空
15、间构象和(或)作为调节剂的结合部位所的空间构象和(或)作为调节剂的结合部位所必需。必需。活性中心外的必需基团第28页/共134页底物活性中心以外的必需基团结合基团催化基团活性中心第29页/共134页n溶菌酶的活性中心溶溶菌菌酶酶的的活活性性中中心心是是一一裂裂隙隙,可可以以容容纳纳肽肽多多糖糖的的6 6个个单单糖糖 基基(A A,B B,C C,D D,E E,F F),并并与与之之形形成成氢氢键键和和vanderwaalsvanderwaals力。力。催催 化化 基基 团团 是是 3535位位GluGlu,5252位位AspAsp;101101位位AspAsp和和108108位位TrpTrp
16、是结合基团。是结合基团。第30页/共134页三、同工酶同工酶(isoenzyme)是是指指催催化化相相同同的的化化学学反反应应,而而酶酶蛋蛋白白的的分分子子结结构构理理化化性性质质乃乃至免疫学性质不同的一组酶。至免疫学性质不同的一组酶。n定义第31页/共134页根据国际生化学会的建议,同工酶是由不同根据国际生化学会的建议,同工酶是由不同基因编码的多肽链,或由同一基因转录生成基因编码的多肽链,或由同一基因转录生成的不同的不同mRNAmRNA所翻译的不同多肽链组成的蛋所翻译的不同多肽链组成的蛋白质。白质。同工酶存在于同一种属或同一个体的不同组同工酶存在于同一种属或同一个体的不同组织或同一细胞的不同
17、亚细胞结构中,它使不织或同一细胞的不同亚细胞结构中,它使不同的组织、器官和不同的亚细胞结构具有不同的组织、器官和不同的亚细胞结构具有不同的代谢特征。这为同工酶用来诊断不同器同的代谢特征。这为同工酶用来诊断不同器官的疾病提供了理论依据。官的疾病提供了理论依据。第32页/共134页HHHHHHH MHHMMHMMMMMMMLDH1(H4)LDH2(H3M)LDH3(H2M2)LDH4(HM3)LDH5(M4)乳酸脱氢酶的同工酶n举例1第33页/共134页n举例2B BB BB BMMMM MMCK1(BB)CK2(MB)CK3(MM)脑心肌骨骼肌肌酸激酶(creatinekinase,CK)同工酶
18、第34页/共134页第二节第二节 酶的工作原理酶的工作原理The Mechanism of Enzyme Action第35页/共134页在反应前后没有质和量的变化;在反应前后没有质和量的变化;只能催化热力学允许的化学反应;只能催化热力学允许的化学反应;只能加速可逆反应的进程,而不改变反应的平衡点。只能加速可逆反应的进程,而不改变反应的平衡点。n酶与一般催化剂的共同点:第36页/共134页(一)酶促反应具有极高的效率 一、酶促反应的特点酶的催化效率通常比非催化反应高酶的催化效率通常比非催化反应高10108 810102020倍,倍,比一般催化剂高比一般催化剂高10107 710101313倍。
19、倍。酶的催化不需要较高的反应温度。酶的催化不需要较高的反应温度。酶和一般催化剂加速反应的机理都是降低反应酶和一般催化剂加速反应的机理都是降低反应的的活化能(activationenergy)。酶比一般催化剂酶比一般催化剂更有效地降低反应的活化能。第37页/共134页酶酶的的催催化化效效率率可可用用酶酶的的转转换换数数(turnover number)来来表表示示。酶酶的的转转换换数数是是指指在在酶酶被被底底物物饱饱和和的的条条件件下下,每每个个酶酶分分子子每每秒秒钟钟将将底物转化为产物的分子数。底物转化为产物的分子数。第38页/共134页(二)酶促反应具有高度的特异性一种酶仅作用于一种或一类化
20、合物,或一定的化学键,催化一定的化学反应并产生一定的产物,酶的这种特性称为酶的特异性或专一性。分类绝对专一性绝对专一性相对专一性相对专一性立体异构专一性立体异构专一性只能作用于某一底物只能作用于某一底物可作用于一类化合物或一种化学键可作用于一类化合物或一种化学键只作用于立体异构体中的一种只作用于立体异构体中的一种第39页/共134页RCOO-+ROH+H+酯酶:RCOR+H2OOOCH2OHOHOHOH15-葡萄糖苷酶O R+H2OOCH2OHOHOHOHOH15+ROH绝对专一性:脲酶:H2NCNH2+H2OO2NH3+CO2举例相对专一性:(脂肪酶、蛋白酶、磷酸酶、糖苷酶等脂肪酶、蛋白酶、
21、磷酸酶、糖苷酶等)第40页/共134页立体异构专一性 H-C-COOH HOOC-C-H COOHCHOHCH2COOH H-C-COOH H-C-COOH 延胡索酸酶第41页/共134页(三)酶促反应的可调节性酶促反应受多种因素的调控,以适酶促反应受多种因素的调控,以适应机体对不断变化的内外环境和生命活应机体对不断变化的内外环境和生命活动的需要。动的需要。第42页/共134页二、酶通过促进底物形成过渡态而提高反应速率(一)酶比一般催化剂更有效地降低反应活化能酶和一般催化剂一样,加速反应的作酶和一般催化剂一样,加速反应的作用都是通过降低反应的用都是通过降低反应的活化能(activationen
22、ergy)实现的。实现的。活化能:底物分子从初态转变到活化底物分子从初态转变到活化态所需的能量。态所需的能量。第43页/共134页反应总能量改变 酶促反应 活化能 非催化反应活化能 一般催化剂催化反应的活化能 能量反 应 过 程 底物 产物 酶促反应活化能的改变酶促反应活化能的改变 过渡态能量反 应 过 程 底物 产物 第44页/共134页(二)酶-底物复合物的形成有利于底物转变成过渡态 酶底物复合物E+SE+PES(过渡态)第45页/共134页1.诱导契合作用使酶与底物密切结合酶与底物相互接近时,其结构相互诱导、相互变酶与底物相互接近时,其结构相互诱导、相互变形和相互适应,进而相互结合。这一
23、过程称为酶形和相互适应,进而相互结合。这一过程称为酶-底物结合的底物结合的诱导契合(induced-fit)。第46页/共134页第47页/共134页羧肽酶的诱导契合模式 底物第48页/共134页2.邻近效应与定向排列使诸底物正确定位于酶的活性中心 酶在反应中将诸底物结合到酶的活性中心,使它酶在反应中将诸底物结合到酶的活性中心,使它们相互接近并形成有利于反应的正确定向关系。们相互接近并形成有利于反应的正确定向关系。这种这种邻近效应(proximityeffect)与定向排列(orientationarrange)实际上是将分子间的反应变实际上是将分子间的反应变成类似于分子内的反应,从而提高反应
24、速率。成类似于分子内的反应,从而提高反应速率。第49页/共134页n邻近效应与定向排列:第50页/共134页3.表面效应使底物分子去溶剂化 活性中心是酶分子表面的疏水性活性中心是酶分子表面的疏水性口袋口袋,使使底物分子底物分子脱溶剂化,此疏水此疏水环境排除了环境排除了水对反水对反应的干扰,利于底物与酶分子的密切接触和结应的干扰,利于底物与酶分子的密切接触和结合。这种现象称为合。这种现象称为表面效应(surface effect)。第51页/共134页(三)酶的催化机制呈多元催化作用1.一般酸-碱催化作用(generalacid-basecatalysis)2.共价催化作用(covalentca
25、talysis)3.亲核催化作用(nucleophiliccatalysis)第52页/共134页第三节第三节酶促反应动力学酶促反应动力学Kinetics of Enzyme-Catalyzed Reaction 第53页/共134页n酶促反应动力学:研究各种因素对酶促反研究各种因素对酶促反应速率的影响,并加以定量的阐述。应速率的影响,并加以定量的阐述。n影响因素包括:底物浓度、酶浓度、底物浓度、酶浓度、pH、温度、抑制剂、激活剂等。温度、抑制剂、激活剂等。第54页/共134页一、底物浓度对反应速率影响的作图呈矩形双曲线在其他因素不变在其他因素不变的情况下,底物浓度的情况下,底物浓度对反应速率
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- 第三 分子结构 功能
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