(1.3.1)--人类与病原菌的军备竞赛_NDM-1耐药基因与超级细菌.pdf
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1、 生 物 工 程 学 报 Chin J Biotech 2010,November 25;26(11):14611472 Chinese Journal of Biotechnology ISSN 1000-3061 2010 CJB,All rights reserved.Received:September 14,2010;Accepted:September 27,2010 Supported by:National Natural Science Foundation of China(No.30770060),Foundation for Innovative Research Gr
2、oups of the National Natural Science Foundation of China(No.81021003).Corresponding author:Baoli Zhu.Tel:+86-10-64807362;E-mail: 国家自然科学基金项目(No.30770060),国家自然科学基金创新研究群体科学基金(No.81021003)资助。科学进展 人类与病原菌的军备竞赛:NDM-1 耐药基因与超级细菌 摘 要:在人类历史上,每一次诸如鼠疫和肺结核病等瘟疫的大流行,都曾给人类的生存带来巨大的威胁。抗生素的应用使人类掌握了抵抗细菌感染的锐利“武器”,但同时病原菌也
3、通过突变和水平基因转移等方式产生了诸多耐药基因,从而获得了应对抗生素杀伤的坚固“盾牌”;于是人类又不断地开发新式抗生素“武器”来破解病原菌的耐药“盾牌”一场“军备竞赛”愈演愈烈。近来研究发现,携带编码 NDM-1 基因的耐药质粒不仅可以在细菌间转移,而且能使所在宿主菌成为可以耐受几乎全部抗生素的超级细菌。但是,凭借着日益进步的科技和医学,以及科学的用药策略,我们一定可以再次战胜超级细菌。关键词:NDM-1,超级细菌,军备竞赛,耐药基因 Arms racing between human beings and pathogens:NDM-1 and superbugs Mingwei Sun1,
4、2,Beiwen Zheng1,3,George F.Gao1,4,and Baoli Zhu1 1 CAS Key Laboratory of Pathogenic Microbiology and Immunology,Institute of Microbiology,Chinese Academy of Sciences,Beijing 100101,China 2 College of Life Sciences,University of Science and Technology of China,Hefei 230027,China 3 Graduate University
5、 of Chinese Academy of Sciences,Beijing 100049,China 3 Beijing Institutes of Life Science,Chinese Academy of Sciences,Beijing 100101,China Abstract:Throughout human history,pandemic bacterial diseases such as the plague and tuberculosis have posed an enormous threat to human beings.The discovery of
6、antibiotics has provided us with powerful arsenal for the defense against bacterial infections.However,bacteria are acquiring more and more resistance genes to shield off antibiotics through mutation and horizontal gene transfer.Therefore,novel antibiotics must be produced and the arms race between
7、bacterial pathogens and antibiotics is becoming increasingly intense.Recently,researchers have found that plasmids carrying a new metallo-lactamase gene,blaNDM-1,and many other antibiotics resistance genes can easily spread through bacterial populations and confer recipient stains resistance to near
8、ly all of the current antibiotics.It is a threat to the human health and a great challenge for our medical science,which we are facing.We need to find new ways to fight and win this arms racing.Keywords:NDM-1,superbugs,arms racing,resistance gene DOI:10.13345/j.cjb.2010.11.0171462 ISSN1000-3061 CN11
9、-1998/Q Chin J Biotech November 25,2010 Vol.26 No.11 J 从古至今,人类与致病菌一直在进行着无休止的战斗。抗生素的诞生结束了几千年来人类对于病原菌的束手无策,铸就了医学史上的辉煌。于是间,一场细菌与抗生素间的“军备竞赛”拉开了帷幕。抗生素时代的人们一手捍卫着文明,另一只手却于无意间催生出更为危险的敌人。今天,具有多重耐药基因的“超级细菌”兵临城下,向我们发出了又一次挑战的同时,也为人类的抗生素滥用敲响了警钟。1 2010年的又一则新闻 就在世界卫生组织(WHO)宣布甲型 H1N1 流感大流行结束的第 2 天,一篇发表在权威医学杂志柳叶刀传染病
10、上的报道又戏剧性地将人们带入另一片恐慌:研究者在印度、巴基斯坦和英国的许多地区均分离到可以产生新型金属-内酰胺酶NDM-1 的超级耐药细菌。这些细菌由于 NDM-1 及其他耐药基因的作用,对现今几乎所有类型的抗生素都具有耐药性1。1.1 超级细菌与 NDM-1 通常一种细菌如果携带多个耐药基因,我们便称之为多重耐药菌,或称超级细菌(Superbug)。其实,“超级细菌”一词由来已久,耐甲氧西林金黄色葡萄球菌(MRSA)、耐青霉素肺炎链球菌(PRSP)和抗万古霉素肠球菌(VRE)等都曾被冠以“超级细菌”之名,但此时我们所面对的这类超级细菌较以往的耐药菌可谓有过之而无不及。2008 年 1 月,英
11、国加的夫大学的医学微生物学教授 Timothy R.Walsh 等人在瑞典一名患尿道感染的印度裔患者身上分离到可表达金属-内酰胺酶(Metallo-lactamase,MBL)的 肺 炎 克 雷 伯 杆 菌Klebsiella pneumoniae,出人意料的是此细菌中编码MBL 的基因却和已知的几种 MBL 基因均不相同。该酶全长 269 个氨基酸,其分子大小约为 27.5 kDa;它与目前发现的其他 MBL 相比,氨基酸序列的一致性不足 33,且在酶活性位点附近具有独特的氨基酸残基以及插入序列,并能与碳青霉烯类抗生素更紧密地接合。由于该名患者是在印度首都新德里接受治疗时被细菌感染的,于是研
12、究者将这一新型金属-内酰胺酶命名为新德里金属-内酰胺酶(New Delhi metallo-lactamase 1),即 NDM-1,同时以blaNDM-1命名编码 NDM-1 的基因2。-内酰胺类抗生素(包括常用的青霉素和头孢霉素等)一直被视为治疗严重感染的中流砥柱,而碳青霉烯类抗生素由于在-内酰胺类药物中抗菌谱最广、抗菌活性最强,以及对普通-内酰胺酶高度稳 定 等 特 点,已 成 为 对 抗 超 广 谱-内 酰 胺 酶(Extended-spectrum-lactamase,ESBL)的主要抗菌药物之一,常用于产 ESBL 肠杆菌科细菌,尤其是大肠杆菌和肺炎克雷伯杆菌感染的治疗3。然而,近
13、年来出现的一些革兰氏阴性菌能够产生金属-内酰胺酶,其最大特点是可以水解碳青霉烯类的抗生素,且活性不受克拉维酸(Clavulanic Acid)等-内酰胺酶抑制剂的影响。因此,产生金属-内酰胺酶的细菌对所有-内酰胺类抗生素都有一定的耐药性。由于该酶的活性中心需要金属锌离子的参与,故称为金属-内酰胺酶。Walsh 等在对产生 NDM-1 的肺炎克雷伯杆菌进行遗传学分析后发现,编码 NDM-1 的基因 blaNDM-1位于一个 180 kb 的质粒上,并且 blaNDM-1基因片段上游的 2 个区域中还存在能够抵抗利福平、红霉素、链霉素、氯霉素等抗生素以及消毒剂和磺胺药物的多种耐药基因。此外,进一步
14、的实验证明该质粒很容易转移到其他细菌中,使得具有此类耐药质粒的细菌可以耐受除氟喹诺酮(Fluoroquinolones)和多粘菌素(Colistin)以外的所有抗生素。无独有偶,研究人员之后又在患者粪便的大肠杆菌 Escherichia coli 中找到了含有 blaNDM-1基因的长度为 140 kb 的质粒,这可能就是耐药质粒在患者体内发生菌种间接合的结果。从而研究者推测,由于诸多耐药基因都位于质粒上,含有 blaNDM-1基因的质粒又能在不同的菌株之间穿梭传递,并且还可以在转移中发生重组,因而具有广泛的细菌宿主;如果这类质粒在致病菌中得以快速传播,将会是医学界的噩梦2。1.2 旧药与新瓶
15、?很快,科学家们的担忧变成了现实 2010 年 8 月 11 日,柳叶刀传染病(The Lancet Infectious Diseases)杂志报道了包括 Walsh孙明伟等:人类与病原菌的军备竞赛:NDM-1 耐药基因与超级细菌 1463 J 教授在内的英国、印度、巴基斯坦、瑞典和澳大利亚等国学者联合进行的一项研究:他们在印度、巴基斯坦和英国共分离得到 180 株含有 blaNDM-1质粒基因的细菌。其中有些菌株中还不止有一个质粒上带有blaNDM-1基因。这些细菌中大多数为肺炎克雷伯杆菌(111 株)或大肠杆菌(36 株)。实验发现,它们除了替加环素(Tigecycline)和多粘菌素(
16、Colistin)以外,对其他所有抗生素都具有高度耐药性1,这其中还包括对 2009 年尚且有效的氟喹诺酮的耐药。经比较这些菌株中的质粒和转化接合子发现,其中有10在基因转移中改变了质粒的大小。这表明大多数的 blaNDM-1阳性质粒都有快速基因转移的能力,并可以在转移中增加或减少 DNA 而重新组合,因而具有在种属间大范围传播和多样化变异的可能。其实,在“NDM-1”的发现尚未公布之前,英国健康保障机构(Health Protection Agency,HPA)就已从英国一些医院的肠杆菌科细菌样本中检测到分布于 4 个属的 16 种菌株都含有 NDM-1 blaNDM-1基因正如“旧药换新瓶
17、”一般悄悄地向着不同的菌株中扩散!因此这次发现的“超级细菌”并不是一种细菌,而是指一类细菌。换句话说,任何一种细菌在获得能表达 NDM-1 的质粒后,都可以成为超级耐药细菌,甚至还可能根据不同的细菌宿主而具有不同的致病能力。由于目前几乎没有新的抗生素问世,而现存的抗生素又不能有效地杀灭具有NDM-1 的耐药细菌,因而此类感染的治疗将是医学领域的一大挑战。而且更加堪忧的是,在印度发现的菌株大多数是来自于社区获得性感染,这也暗示着 blaNDM-1基因已经在环境中广泛地传播开来。另外,在 29 位 NDM-1 阳性的英国患者中有至少 17 人在过去的一年内到过印度和巴基斯坦,其中14 人在当地接受
18、了医疗服务。今年 7 月,在美国发现的3株NDM-1阳性抗药菌也都来自近期在印度接受过医疗护理的患者4。因此,英国健康保障机构HPA 认为:blaNDM-1耐药基因可能来源于南亚地区,并与在印巴接受的医疗护理有着密切的关系;此类耐药基因已多次从印度次大陆流入英国,且有在全世界流行的趋势。但是,印度卫生部和媒体对这一论述纷纷表示不满,指责研究者将“超级细菌”的源头指向印度,并强烈抗议以“新德里”命名该耐药基因的做法。然而,研究者们并非有意针对印度,而是担心超级耐药菌的爆发会对印度已经颇高的病原菌耐药状况雪上加霜,其结果必然影响到印度未来的发展,更会威胁到全人类的健康。事实上,人们长期的抗生素滥用
19、才是耐药病菌频现的根源。所以,作者在文章中也不忘提醒世人:“任何国家,如果继续滥用抗生素,像这样具有超级耐药性的质粒一旦广泛传播,后果将不堪设想2。”2 抗生素的历史回顾 众所周知,自然界中的细菌无处不在。人体37的体温和湿润的黏膜更是一些细菌理想的生存环境,这些细菌中只有少数病原菌会对人体有害。病原菌在感染人体后,经过不断分裂,产生大量毒素,威胁人体健康。早在人类诞生之初,人们就开始与细菌进行着血腥的战争。在抗生素诞生之前的漫长岁月里,这些看不见的病菌残害过无数人的生命。19 世纪 80 年代,在 Louis Pasteur 和 Robert Koch等科学先驱的努力下,人们终于找到了这些在
20、显微镜下才能看到的敌人。从此人们开始寻找治病方法和抗菌药物,并最终导致了抗生素的问世。1921 年,伦敦圣玛丽医院的苏格兰生物学家Alexander Fleming 发现人的眼泪、唾液及感冒后的鼻涕里都含有一种能溶解细菌的物质,可以使培养皿里的菌群发生萎缩。Fleming 将这种物质命名为“溶菌酶”5。事实上,溶菌酶是人体免疫系统的第一道防线,细菌只有突破了这道防线,淋巴细胞等免疫防御才开始发挥作用。不久,Fleming 就从眼泪和鼻涕中提取了溶菌酶,但这最早被发现的天然抗生素对于真正的病原菌却没有明显的效力。直到1928 年 9 月 3 日,度假归来的 Fleming 偶然间发现培养了金黄色
21、葡萄球菌 Staphylococcus aureus 的培养皿由于未及时清理而长出了青霉菌 Penicillium notatum,但令人惊奇的是在霉菌菌落周围出现了一圈白色的菌斑。他马上意识到可能是青霉菌释放了某种杀菌物质,有效地阻止了细菌的传播。于是他又有意识地在培养葡萄球菌或其他微生物的培养皿上接种了青霉菌,证实了其对许多细菌都有裂解作1464 ISSN1000-3061 CN11-1998/Q Chin J Biotech November 25,2010 Vol.26 No.11 J 用。Fleming 继而转向研究青霉菌培养物的无细胞提取物,发现它们的确有显著的抗细菌作用,并且用培
22、养物的滤液注射兔子也未引起任何异常反应。于是,Fleming 认识到这种提取液中被他称作青霉素(Penicillin)的抗菌物质6,正是全世界人苦苦等待的治病神药。早在 19 世纪 70 年代,微生物之间的拮抗现象就已经被各国学者陆续发现并报道了7-11。1874 年William Roberts 在英国皇家学会会志上首次报道了真菌的生长常常抑制细菌的生长12,这一观察还专门谈到一种青霉菌对细菌生长的影响;此外,Tyndall 在 1876 年也报道了青霉菌溶解细菌的现象13。但甚为遗憾的是,这些发现因为不能即刻应用于医疗而不被人们所重视。就连 Fleming 发现的青霉素也苦于没有提纯技术,
23、而在发现后的 10 年间仅作为选择性培养基被使用。直到 1938 年,牛津大学病理学家 Howard Florey 对已知的微生物产生的抗菌物质进行了系统地研究,并在同事 Ernest Chain及 Norman Heatley 的帮助下很快实现了青霉素的大量提取和纯化,并在 1940 年制备出纯度可满足人体肌肉注射的制品。不久后的第二次世界大战让青霉素大显身手。在以往的战争中都有数百万人因为坏疽而死去,现在它却被神奇的青霉素征服了人类终于战胜了病原菌。美国时代周刊在 1944 年5 月的封面中写到:“Fleming 的 神药(青霉素)拯救的生命比在战争中消耗的生命要多得多”。Fleming
24、也因此与 Florey 和 Chain 共同获得了 1945年的诺贝尔生理学或医学奖。青霉素的发现被誉为“20 世纪医学界最伟大的收获”。数据显示,青霉素的运用使人类的平均寿命延长了 10 年。随着时间的推移,人们又成功地找到了链霉素(1944)、氯霉素(1948)、庆大霉素(1969)等多种抗生素。在过去的几十年里,已经有近 200种抗生素先后诞生。抗生素的峥嵘让人类摆脱了医疗的黑暗时代,并赋予了医生创造奇迹的权利。抗生素类药物推广使用以后,人们不仅用它来治疗严重疾病,也用它们来处理日常生活中各种各样的感染。这些抗生素药物不仅延长了人类的寿命,也大大提高了人们的生活质量,同时也为我们的健康提
25、供了保障。二战中的那段记忆使得人们把抗生素当成是能治百病的灵丹妙药,甚至还把它们加进各种日用品中。因而,抗生素的开发还带动了其他产业14-15。例如,人们发现把抗生素加入到动物饲料和水中不仅能够预防疾病,还能促进家畜的生长。此举不但降低了饲养成本,同时也大大提升了禽畜的产量16。于是,抗生素又成了一种生产工具。但当时,很少有人想过这种物质对人类会造成怎样的影响,否则可能就不会有今日的担忧了。3 细菌耐药基因的来源 抗生素的发明和大量制造使它成为人类抵御细菌感染类疾病的主要武器。一时间许多曾经导致人们死亡的疾病变得不再可怕。可就在人们凭借着抗生素一次又一次战胜各种病原菌的时候,殊不知这些在自然界
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