(24)--基于PubMed筛选高质量文献的两种方法.pdf

《(24)--基于PubMed筛选高质量文献的两种方法.pdf》由会员分享，可在线阅读，更多相关《(24)--基于PubMed筛选高质量文献的两种方法.pdf（3页珍藏版）》请在淘文阁 - 分享文档赚钱的网站上搜索。

1、实用医药杂志18年11月 第35卷 第11期 35，1811 11PubMed是美国国家图书馆（NLM）下属的国家生物技术信息中心（NCBI）研发的文摘数据库，少数可查看全文。作为生物医学领域影响力最大的数据库之一，PubMed以其数据更新快，可免费使用，查全率高等优势受到医学科研工作者的青睐。1文献筛选的意义PubMed收录了全世界80多个国家5400多种生物医学期刊的文摘及题录，绝大部分数据可回溯至1948年1。由于该数据库文献量巨大（已达2500多万条），随便输入一两个关键词就会出现上万条文摘，这给检索者提出了极大的挑战，逐条阅读不仅耗费时间和精力，而且并不是所有被PubMed收录的文章

2、都是高质量的文章。所以，如何从浩如烟海的检索结果中筛选出有较高参考价值的文献显得尤为重要。筛选有价值的文献可以通过被引频次过滤的方法，比如Web of Science数据库就可以实现检索结果按被引频次降序。但是PubMed数据库并不提供此功能，要从PubMed中筛选文献就要使用或借助其他工具。这里笔者介绍两种方法，一种是借助论 文 学 术 评 价 系 统F1000，另 一 种 是 使 用GoPubMed网站筛选核心作者、核心期刊后选择有价值的文献。2利用 My NCBI 的设置 F1000 过滤器筛选文献2006年Science Navigation Group集 团 下 属“医学报告有限公司

3、”（Medicine ReportsLtd）推出了“F1000因子：医学系统”（Faculty of 1000 medi-cine），并链接到PubMed2。Faculty of 1000（简称F1000）属于论文学术评价系统，其特点为收录每篇具有科学价值的文献，而不考虑这些文献发表在何种期刊上。评价过程为：由上千名国际顶级医学研究学者和临床医师对他们阅读的医学论文进行评述和评分，然后汇总，根据评分计算出F1000因子并据此评定文章之类别。其目的是使一般的读者根据顶级专家的评述，发现各个医学领域里最受关注的优秀论文3。与SCI通过评价期刊影响因子判定文章影响力不同，F1000通过专家评价的方法

4、，不受期刊影响力的干扰，单纯从文章质量出发，从而为医学科研人员查找关注领域的权威论文提供了更多的选择。如果要筛选被F1000评价的文献就要使用PubMed的My NCBI功能。PubMed数据库可以进行个性化设置，也就是通过My NCBI功能实现数据库功能的拓展，可以设置的内容包括保存检索式，并对保存的检索式进行自动更新后将检索结果发送到指定的E-mail邮箱，实现定题跟踪服务4。此外，My NCBI的另外一大功能就是设置过滤器（Filters），即通过设置过滤器将用户偏好的检索结果聚合起来以供用户浏览，如有关检索课题的综述、免费全文、最近半年的文献等等，均可设为过滤器，相当于给当前检索式增加

5、一个限定条件；也可以给检出记录设置一个外部机构所提供资源的链接图标。一般来说，对于偶尔才用到的限定条件，在检索式中直接添加即可；而对于经常使用的限定条件，将其设置为过滤器则比较方便。筛选出被F1000评价的文献就是利用过滤器功能实现的，设置步骤为：（1）先注册账号：在NCBI（http:/www.ncbi.nlm.nih.gov）注册并填写个人信息后方可使用My NCBI功能。（2）注册PubMed后，点击My NCBI，然后找到filters选择Manage Filters。（3）选中link out，在作者单位250014山东济南，山东省千佛山医院（赵小璐，陈康）；250002山东济南，山

6、东省军区济南第八干休所门诊部（刘强）通讯作者 刘强，Email：DOI：10.14172/j.issn1671-4008.2018.11.033基于 PubMed 筛选高质量文献的两种方法赵小璐，陈康，刘强关键词PubMed；F1000；GoPubMed；文献筛选中图分类号G354文献标志码B1055实用医药杂志18年11月 第35卷 第11期 35，1811 11search对话框中选F1000后点击search，然后下面选项全打钩即可。设置完成后可以在检索框中输入常用检索词“Breast cancer”对比一下（如图1），可以看到全部检索结果为313876，而经F1000过滤后的结果为16

7、76条。3利用GoPubMed筛选核心作者与核心期刊GoPubMed（http:/www.gopubmed.org/）是德国Transinsight公司和德累斯顿大学合作研发的一款基于PubMed的语义搜索引擎，以解决海量生物医学信息为用户带来的“认知过载”“信息焦虑”甚至“信息迷航”等困境5。除了能提供和PubMed一样的普通数据检索功能之外，GoPubMed还可对高频的GO（geneontology，基因本体）和MeSH（医学主题词表）词进行统计分析，反映该领域的研究热点等信息；可对文献的时间、作者、机构、出版物进行分析，得出文献增长趋势、作者合作网络、机构分布等信息6。使用GoPubMe

8、d不能像Web of Science通过被引频次直接筛选出核心文献，但是可以通过筛选核心作者、核心期刊的方法间接地筛选。之前版本的GoPubMed将分析的维度为What，Who，Where，When 4个方面。What对内容进行分析，以树形的等级结构统计出高频的GO和MeSH词汇；Who对作者进行分析，排列出高产作者；Where对来源期刊、出版国、城市进行分析；When对出版年进行分析。目 前 新 版 的GoPubMed取 消 了What、Who、Where、When四大维度的分析，而改成对high rela-ted concepts，all related concepts，authors，

9、locations，journals等九个方面的详细分析。核心作者的筛选方法依据情报学中的普赖斯定律，即在同一主题中，半数的论文为一群高生产能力作者所撰，这一作者集合的数量上约等于全部作者总数的平方根7。据此可以有两种方式进行筛选：一种是在输入检索词检索后，选择GoPubMed的侧边栏“knowledge base”下面的authors选项，点击前面的小箭头就会出现下列选项，点 击“allauthors”前面的小箭头就可查看高产作者，因为作者顺序是按发表数量降序排列的，点击作者名即可查看其发表的所有相关领域的论文。第二种方法是在输入检索词检索后，右侧会出现所有相关论文的文摘，点击最上方“sta

10、tistics”可对检索结果进行分析，其中就包括对“top authors”核心作者的分析。GoPubMed具有核心期刊筛选功能，可指引检索人员收集与整理学科研究方向的重点期刊，同时为作者提供投稿参考8。核心期刊的筛选方法也有两 种，第 一 种 是 在 输 入 检 索 词 检 索 后，选 择GoPubMed的 侧 边 栏“knowledge base”下 面 的图1Pubmed检索界面1056实用医药杂志18年11月 第35卷 第11期 35，1811 11journals选项，点击前面的小箭头就会出现下列选项，点击“high impact journals”前面的小箭头就可查看高影响力期刊，

11、期刊顺序也是按发表数量降序排列的，点击期刊名即可查看所发表的所有相关领域的论文。第二种方法是在输入检索词检索后，右侧 会 出 现 所 有 相 关 论 文 的 文 摘，点 击 最 上 方“statistics”可对检索结果进行分析，其中就包括对“top journals”核心期刊的分析。PubMed是医学科研工作者日常检索信息必不可少的一个数据库，充分发挥其效用将会对提高科研效率产生重要影响。从PubMed中筛选出核心文献能够达到高效查阅文献的目的，而不管是从MyNCBI中添加F1000过滤器还是使用GoPubMed分析功能都直接或间接帮助检索者筛选核心文献，从而使得PubMed的功能得以延伸。

12、参考文献1 罗爱静.医学文献信息检索（八年制）M.北京：人民卫生出版社，2010：67.2 李健康.拓展PubMed教学内容J.中华医学图书情报杂志，2010，19（7）：55-57.3 陈美伦.一种新的医学论文学术评价系统：医学F1000J.中华医学图书情报杂志，2008，17（2）：70-72.4 张政宝.PubMed的个性化服务初探J.图书馆论坛，2006，26（1）：169-171.5 盛东方，孙建军.基于语义搜索引擎的学科知识服务研究：以GoPubmed为例J.图书情报知识，2015，4：113-120.6 张玢，许培扬.GoPubMed与Web of knowledge分析工具An

13、alyzeResults的比较研究J.中华医学图书情报杂志，2009，18（5）：64-68.7 普赖斯，D.小科学，大科学M.北京：世界知识出版社，1982.8 林晓华，钟伶.基于PubMed开展学科服务的探索J.图书馆学研究，2013，4：56-58.80719收稿，80815修回本文编辑：王军红科学研究的目的是探索真理，揭示事物存在、发展的客观规律，特别是自然科学，其研究的对象是自然界；技术研究的目的是根据生产实践经验和自然科学原理，来探索、发展各种工艺操作方法与技能。科学技术研究的成果是对整个人类的贡献，其本身并没有什么保密问题。但是，不同国家各自有各自的利益，为了维护国家的安全和利益

14、，都必须保守各自国家的机密。在我国，为了保障改革开放和社会主义建设事业的顺利进行，就必须遵守 中华人民共和国保守国家秘密法 及有关条例的规定，在一定时间和范围内施行保密，世界上其他国家也都是这样做的。有些项目虽不属保密范围，但受专利法的保护，应按照中华人民共和国专利法和其他有关法规的规定来执行。科技论文中不能引用秘密资料和内部文件，不能发表尚未公布的国家和地区计划。引用全国性的统计数字应以人民日报和国家统计局正式公布的为准。未经公布的我国特有资源和尚未公开的传统工艺，国外还没有的新发明、重大科技成果和关键技术，各项专利，与国防和国家安全有关或涉及国家重大经济利益的项目，以及医疗秘方、疫情、发病率、死亡率等，都属于保密范围，应谨慎对待，妥善处理。保密的具体范围和内容应按照有关主管部门制定的保密条例来确定，不得任意变更。对不易确定是否需要保密的内容，应根据规定按专业对口的原则，请示有关部门审定和鉴定，取得证明材料。对涉及保密内容的问题应做慎重、稳妥的技术处理，只限于说明成果、发明的意义和作用，不阐述具体的技术过程，不给出关键性数据。科技论文中一般较少出现以上三方面的内容，但字里行间涉及的相关问题的表达还是可能有的，作者和编辑必须注意对这种相关问题作正确的表达、检查和处理。摘自科技论文规范写作与编辑?科技论文的保密性