(90)--噬菌体最新分类与命名医学微生物学.pdf

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1、噬菌体最新分类与命名摘要：病毒分类国际病毒分类委员会第次报告 介绍了病毒的最新分类与命名，与 年发布的 病毒分类国际病毒分类委员会第次报告 相比，分类体系更趋完善，病毒种类与数量大幅增加。本文重点介绍细菌病毒噬菌体的最新分类体系，力求对所涉及的重要噬菌体给出准确而简明的中文名称，期望对中国噬菌体研究与应用领域的科学工作者有所帮助。关键词：病毒分类；噬菌体；分类与命名中图分类号：文献标志码：文章编号：（），（，）：，（），：；，：病毒学作为当今生物学最为活跃的研究领域，越来越受到世界科学家的广泛关注。尤其是最近 年，随着生物高新技术的飞速发展，从最初的形态学与基本特性了解，到目前基因组学和生物信

2、息学分析，人类对病毒的认识无论从深度上还是从广度上都发生了根本性变化。病毒宿主范围极为广泛，从低等生物如藻类、古细菌、细菌、真菌、原生生物、植物和无脊椎动物，到高等生物脊椎动物，病毒与几乎任何生命体都有着千丝万缕的联系，共生共收稿日期：基金项目：国家科技重大专项（）作者简介：冯烨（），女，博士。通讯作者，：存，延续着生物界多样性的绚丽画卷。自 年开始，国际病毒分类委员会（，）每隔年召开一次学术会议，交流国际病毒学研究成果与进展，专门讨论病毒的分类与命名问题。大体上每年针对病毒的分类与命名发表一次报告。年国际病毒分类委员会发布了 病毒分类国际病毒分类委员会第次报告，确定了病毒的 个科和组，这是一

3、项开创性的工作；年发布了 第次报告，确定了病毒的 个科和组；年发布了 第次报告，确定了病毒的 个科和组；年发布了 第次报告，确定了病毒的 个科和组；年发布了 第次报告，此前国际病毒分类委员会学术会议分别于 、和 年在仙台、埃德蒙顿和柏林举行，系统讨论了中 国 兽 医 学 报 年 月第 卷第 期 DOI:10.16303/ki.1005-4545.2013.12.010当时众多病毒分离株的分类与命名问题。该报告确定了病毒的 个科或组，囊括了 株病毒；年发布了 第次报告，确定了个病毒目，个科，个亚科，个属，囊括了 多种病毒；年发布了 第次报告，确定了个目，个科，个亚科，个属，个种。年发布了 第次报

4、告，确定了个目，个科，个亚科，个属，个种。年发布了 第次报告，确定了个目，个科，个亚科，个属，个种。病毒分类不使用界、门、纲这几个阶层。根据病毒的细胞生物宿主，分为“细菌病毒”、“真菌病毒”、“植物病毒”、“无脊椎动物病毒”及“脊椎动物病毒”。本文仅就细菌病毒噬菌体，重点比较分析 国际病毒分类委员会第次报告与 国际病毒分类委员会第次报告的相关内容，简要介绍噬菌体分类与命名的最新进展。本课题组于 年发表了“细菌的病毒噬菌体最新分类与命名”，有关噬菌体的分类命名，在“群”、“目”、“科”阶元上，称之为某某病毒群、某某病毒目、某某病毒科，如双股 病毒群、尾病毒目（）、肌尾病毒科（）等。但在此次噬菌体

5、分类与命名中，考虑到中文表达习惯，在噬菌体分类命名的“目”、“科”阶元上，采用了某某噬菌体目、某某噬菌体科，如尾噬 菌 体 目（）、肌 尾 噬菌 体 科（）等。在“属”、“种”阶元上，称之为某某噬菌体属、某某噬菌体。在噬菌体的中文译名上，反复查对原文和参考文献，搞清原意，力求做到准确、精练。年已过，已经确认并被广为接受的噬菌体中文译名，乐于沿而用之；而对首次提出或推荐的噬菌体中文译名，仍然采用年前的做法，加以“”标出。如“壶腹噬菌体”（）、“双尾噬菌体”（）、“球状噬菌体”（）等。第次报告 与 第次报告中噬菌体分类命名体系的比较第次报告将噬菌体分为个阶元。第一阶元是按照噬菌体的核酸类型（和）及

6、其单双股形式划分“群”。在此阶元上，噬菌体被分为：群 双股 病毒；群单股 病毒；群双股 病毒；群单股正链 病毒；第二阶元是按照科间的密切亲缘关系设立“目”（以 为词尾）。如科间的亲缘关系较远，或者已知成员较少，不足以设目，而群下直接设科或分类地位未定的科；第三阶元是按照属间的密切亲缘关系设立“科”（以 为词尾）和“亚科”（以 为词 尾）；第 四 阶 元 是科下 设“属”（以 为词尾）；第五阶元是属下分“种”。第次报告基本上沿用了第次报告的分类体系、分类命名简图见图，以目、科、属和种为基本分类框架，构成了比较系统的噬菌体分类体系。第次报告中列出的噬菌体与第次报告基本相同，报告中所囊括的噬菌体绝大

7、多数是 噬菌体，而 、和 噬菌体相对较少，根据噬菌体基因组性质最新划分的噬菌体科与属见表。表根据噬菌体基因组性质最新划分的噬菌体科与属目科或地位未定属核酸类型囊膜形态学病毒子大小基因组结构基因组大小 宿主尾噬菌体目肌尾噬菌体科 头部呈廿面体，有尾正廿面体头：；扁长头：；尾：（）（）条线形 细菌，古细菌尾噬菌体目短尾噬菌体科 头部呈廿面体，短尾头：；尾：条线形 细菌尾噬菌体目长尾噬菌体科 头部呈廿面体，有尾头：；尾：（）（）条线形 细菌，古细菌分类地位未定科“壶腹噬菌体科”瓶状（）条线形 古细菌分类地位未定科“双尾噬菌体科”柠檬状，双尾 （）环形 古细菌分类地位未定科被脂噬菌体科 廿面体 环形超

8、螺旋 细菌分类地位未定科纺锤噬菌体科 柠檬状（）（）环形超螺旋 古细菌分类地位未定科球状噬菌体科 球状 条线形 古细菌分类地位未定科滴状噬菌体科 水滴状（）（）环形 古细菌分类地位未定科脂毛噬菌体科 丝状（）（）条线形 古细菌分类地位未定科原体噬菌体科 似球状，多形性 环形超螺旋 细菌分类地位未定科古噬菌体科 杆状 （）条线形 古细菌中 国 兽 医 学 报 年 月第 卷第 期 续表目科或地位未定属核酸类型囊膜形态学病毒子大小基因组结构基因组大小 宿主分类地位未定科盖噬菌体科 廿面体 条线形 细菌分类地位未定属嗜盐噬菌体属 柠檬状 条线形 古细菌分类地位未定科丝状噬菌体科 （）丝状，杆状丝状：（

9、）；杆状：（）环形丝状：；杆状：细菌分类地位未定科微噬菌体科 （）廿面体 环形 细菌分类地位未定科囊噬菌体科 球状 条线形 ，细菌分类地位未定科光滑噬菌体科 （）廿面体 条线形 细菌图第次报告中噬菌体分类命名图 第次报告中噬菌体分类与命名第次报告，确定 个目，个科，个亚科，个属，个种。而相对于第次报告，最新的噬菌体分类与命名见表。中 国 兽 医 学 报 年 月第 卷第 期 表噬菌体最新分类与命名科亚科属代表种宿主菌双股 群肌尾病毒科 噬菌体属 噬菌体属 噬菌体属 噬菌体属 噬菌体属 噬菌体属 噬菌体属 噬菌体属肠杆菌 噬菌体肠杆菌 噬菌体肠杆菌 噬菌体肠杆菌 噬菌体杆菌 噬菌体盐杆菌 噬菌体假

10、单胞菌 噬菌体分支杆菌 噬菌体细菌细菌细菌细菌细菌古细菌细菌细菌短尾病毒科“自转录噬菌体亚科”“小噬菌体亚科”噬菌体属 噬菌体属 噬菌体属 噬菌体属 噬菌体属 噬菌体属 噬菌体属 噬菌体属 噬菌体属 噬菌体属 噬菌体属博德特氏菌 噬菌体沙门氏菌 噬菌体假单胞菌 噬菌体埃希氏菌 噬菌体肠杆菌 噬菌体肠杆菌 噬菌体假单胞菌 噬菌体肠杆菌 噬菌体肠杆菌 噬菌体葡萄球菌 噬菌体杆菌 噬菌体细菌细菌细菌细菌细菌细菌细菌细菌细菌细菌细菌长尾病毒科噬菌体属 噬菌体属 噬菌体属 噬菌体属 噬菌体属 噬菌体属 噬菌体属 噬菌体属 噬菌体属肠杆菌噬菌体肠杆菌 噬菌体肠杆菌 噬菌体分支杆菌 噬菌体乳球菌 噬菌体甲烷

11、杆菌 噬菌体链霉菌 噬菌体肠杆菌 噬菌体杆菌 噬菌体细菌细菌细菌细菌细菌古细菌细菌细菌细菌“壶腹噬菌体科”“壶腹噬菌体属”“酸菌瓶状噬菌体”古细菌“双尾噬菌体科”“双尾噬菌体属”“酸菌双尾噬菌体”古细菌被脂噬菌体科被脂噬菌体属假交替单胞菌 噬菌体细菌纺锤噬菌体科纺锤噬菌体属硫化叶菌纺锤噬菌体古细菌球状噬菌体科球状噬菌体属热棒菌球状噬菌体古细菌滴状噬菌体科滴状噬菌体属新西兰硫化叶菌滴状噬菌体古细菌脂毛噬菌体科脂毛噬菌体属脂毛噬菌体属脂毛噬菌体属脂毛噬菌体属附着热变形菌噬菌体冰岛硫化叶菌脂毛噬菌体酸菌脂毛噬菌体酸菌脂毛噬菌体古细菌古细菌古细菌古细菌原体噬菌体科原体噬菌体属无胆甾原体 噬菌体细菌古噬

12、菌体科古噬菌体属冰岛硫化叶菌杆状噬菌体古细菌盖噬菌体科盖噬菌体属肠杆菌 噬菌体细菌分类地位未定属嗜盐噬菌体属 噬菌体 古细菌分类地位未定种盐盒菌噬菌体西班牙盐盒菌多形性噬菌体栖热噬菌体 栖热噬菌体 枝原体噬菌体 葡萄球菌噬菌体 葡萄球菌噬菌体 葡萄球菌噬菌体 寡养单胞菌噬菌体 古细菌古细菌古细菌古细菌细菌细菌细菌细菌细菌中 国 兽 医 学 报 年 月第 卷第 期 续表科亚科属代表种宿主菌单股 群丝状噬菌体科丝状噬菌体属细杆噬菌体属肠杆菌 噬菌体无胆甾原体 噬菌体细菌细菌微噬菌体科御供所噬菌体亚科微噬菌体属衣原体噬菌体属蛭弧菌噬菌体属螺原体噬菌体属肠杆菌 噬菌体衣原体噬菌体蛭弧菌 噬菌体螺原体噬菌体细菌细菌细菌细菌分类地位未定种盐盒菌多形性噬菌体古细菌双股 群囊噬菌体科囊噬菌体属假单胞菌 噬菌体细菌单股群光滑噬菌体科光滑噬菌体属异光滑噬菌体属肠杆菌 噬菌体肠杆菌噬菌体细菌细菌参考文献：，：，：，冯书章，刘军，孙洋细菌的病毒噬菌体最新分类与命名中国兽医学报，（）：蔡妙英，卢运玉，赵玉峰，等细菌名称北京：科学出版社，陆承平 最新动物病毒分类简介 中国病毒学，（）：中 国 兽 医 学 报 年 月第 卷第 期