(39)--表观遗传学医学遗传学.doc
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1、表观遗传学第一节 表观遗传学概述表观遗传学(epigenetics)是研究生物体或细胞表观遗传变异的学科,是遗传学的分支学科之一,1939年,由英国科学家Waddington提出。表观遗传学从基因序列变异以外的因素探索疾病发生的机制,研究基因修饰作用所产生的表型变化和调节基因对细胞发育与分化所起的作用,这对正确认识包括癌症在内的人类重大疾病发生具有极其重要的意义。表观遗传学又称为化学遗传学、特异性遗传学及基因外调控等,表观遗传是在不改变基因组DNA序列的情况下,通过对DNA和组蛋白的修饰作用,调节基因的功能,使基因的表达及功能发生可遗传的改变。因此,表观遗传不仅对基因表达、调控有重要作用,而且
2、对肿瘤、免疫缺陷、发育异常等疾病的发生和防治亦具有十分重要的意义。表观遗传学研究的内容包括X染色体剂量补偿、DNA甲基化、基因组印记、组蛋白密码、染色质重塑、表观基因组学以及人类表观基因组计划等,它是近年来生命科学发展最迅速的一个新研究领域,是一门具有广泛应用前景的新兴学科。正如DNA双螺旋结构的发明者诺贝尔奖获得者Watson所说:“你可以继承DNA序列之外的一些东西,这正是现代遗传学中让我们激动的地方”。表观遗传学的研究发现,基因型相同而表型不同以及组织特异性基因的表达都与DNA甲基化、组蛋白乙酰化密切相关。同卵双生子虽然具有相同的DNA序列,但由于DNA甲基化和组蛋白修饰的不同而导致表型
3、差异和疾病易感性差异。近年来的研究表明,DNA序列不是唯一的遗传信息,基因组包含的遗传信息可分为两类:一类是传统意义上的遗传信息,即DNA编码序列所提供的遗传信息;另一类是对DNA修饰形成的调控信息,即表观遗传信息,它本身不改变基因的序列,但通过基因修饰,蛋白质与蛋白质、DNA与其他分子的相互作用,使基因功能发生可遗传的变化, 从而影响和调节基因的功能和特性,并导致表型改变。它为DNA编码的遗传信息确定何时、何地、以何种方式去应用的指令,以发挥具有时间与空间特性的基因表达调控。高等真核细胞的正常发育、分化、衰老和死亡取决于表观遗传调控机制准确无误地运行,该机制失调将会导致发育缺陷、肿瘤等多种严
4、重疾病的发生。第二节 表观遗传修饰机制一、DNA甲基化 DNA甲基化由DNA甲基转移酶(DNA methyl-transferase,DNMT)催化,将S-腺苷甲硫氨酸的甲基以共价键结合方式转移到基因组中CpG二核苷酸的胞嘧啶第5碳原子上,将胞嘧啶转变为5-甲基胞嘧啶的一种基因外修饰。这种甲基化DNA修饰在细胞的正常发育、基因表达模式以及基因组稳定中起着至关重要的作用(图1)。图1 DNA甲基转移酶催化SAM形成5甲基胞嘧啶研究发现,在真核生物DNA中5-甲基胞嘧啶(5-methylcytidine,5-mC)是惟一存在化学修饰的碱基。人类基因组中的胞嘧啶约有3%4%处于甲基化状态,且甲基化的
5、胞嘧啶并非随机分布,而是小区段的未甲基化区域和大区段的甲基化区域交替出现。CpG岛(基因组中由二核苷酸CG组成的串联重复序列,主要位于基因的启动子和第一外显子区域)是最主要的甲基化位点,几乎所有的甲基化都发生在二核苷序列5-CG-3的C上。一般说来,CpG岛在人类基因组中呈不均匀分布,存在高甲基化、低甲基化和非甲基化的区域。60以上编码基因的启动子含有CpG岛。在哺乳动物中,5-mC约占胞嘧啶总量的27。人类基因组的非编码序列中CpG岛相对稀少,且通常处于甲基化状态;而基因编码序列中富含的CpG岛长度约1001000bp,其中56的CpG岛总是处于未甲基化状态。人类基因组序列草图分析结果表明,
6、人类基因组中CpG岛数目约28 890个,大部分染色体上每百万碱基对(Mb)就有515个CpG岛,平均为10.5个,其数目与编码序列的基因密度有良好的对应关系。脊椎动物一些基因的活性与其调控区或周围特定胞嘧啶的甲基化有关,甲基化使基因失活,非甲基化和低甲基化则活化基因的表达。基因启动子及附近区域CpG岛胞嘧啶的甲基化可阻止基因的表达,在转录水平调控造成相应基因沉默。特定时间和空间的细胞, 由于内外环境的影响,使启动子序列的DNA去甲基化而恢复下游基因的表达。在生理(发育)及病理(肿瘤)情况下,DNA甲基化都参与了基因在特定时空状态下的表达控制,因而CpG岛甲基化在发育和肿瘤发生中有着非常重要的
7、地位,同时与衰老、变性、糖尿病、炎症及纤维化的发生有一定关联。甲基化修饰DNA而不改变核苷酸的序列,可抑制基因的表达,决定基因表达的模式,即决定从亲代到子代可遗传的基因表达状态。DNA甲基化与哺乳动物生长发育过程中的基因表达调控密切相关,在胚胎发育中基因转录的抑制与开启、X染色体失活、基因印迹、DNA损伤修复、维持染色体结构和基因组的稳定性以及肿瘤的发生发展等方面都起着重要作用。DNA甲基化是一类高于基因组序列水平的基因表达调控机制,是通过DNA修饰来影响基因型和表型之间的联系,它不仅调控基因的表达顺序和表达方式,而且这种调控修饰还可以随着细胞分裂而遗传后代,或受某种因素的影响而改变(图2)。
8、图2 甲基化CpG岛在细胞间的传递细胞内的基因有看家基因(housekeeping gene)和是奢侈基因(luxury gene)。看家基因是维持细胞生存不可缺少的基因,其产物在所有细胞中都是必不可少的,而且这些基因在不同细胞中的表达几乎是恒定的。看家基因的表达产物或是生长因子、生长因子受体,或是小分子G蛋白、蛋白激酶,或是转录因子,总之都是各种信号转导途径中的关键分子,有极其重要的生理功能。现已发现的细胞癌基因大都是一些与细胞正常生长、增殖、分化和凋亡密切相关的高度保守的“看家基因”。奢侈基因仅在特定条件下或特定细胞中表达,编码具有特殊功能的蛋白产物,这类基因对细胞的生存不一定必要,但对细
9、胞的一些特定功能等起关键作用,其中有些基因表达水平在特定的条件下会增强,这类基因是可诱导的。如编码DNA修复酶的基因,在DNA损伤时被诱导激活,表达增强。奢侈基因与细胞发育分化有关,具有组织细胞特异性和表达时段特异性。根据不同的生长发育阶段,奢侈基因在特定组织中呈非甲基化或低甲基化,使基因处于转录表达状态,而在其他组织中的同样基因则保持甲基化,致使与特定细胞发育分化暂不相关的基因处于关闭状态。甲基化对发育的影响还表现在基因组印记(genomic imprinting),这是一种非孟德尔式的亲本等位基因差异表达现象。DNA甲基化修饰通过启动子附近的差异甲基化区域控制等位基因的不对称表达,不对称表
10、达的基因称为印记基因。现已证实人类有51个印记基因,小鼠有82个印记基因。在配子发生和早期胚胎发育过程中,基因组印记经历了擦除和重建,并在此后的生命过程中维持印记,其中任何一个环节出现错误都可能导致胚胎发育缺陷甚至死亡。二、非编码RNA调节非编码RNA(non-coding RNAs,ncRNAs)是不能翻译出蛋白质的功能性小RNA,分为看家非编码RNA(housekeeping non-coding RNA,hncRNA)和调控非编码RNA(regulatory non-coding RNA,rncRNA)。按rncRNA分子大小分为短链非编码 RNA(包括siRNA、miRNA、piRNA
11、)和长链非编码 RNA(long non-coding RNA, lncRNA)(表1)。大量研究表明,ncRNA在表观遗传修饰中具有重要作用,它能在基因组水平及染色体水平对基因表达进行调控,决定细胞分化。表1 表观遗传学中起主要调控作用的非编码RNA种类长度(nt)来 源主要功能siRNA2125长双链RNA转录基因沉默miRNA2125含发卡结构的pri-miRNA转录基因沉默piRNA2431长单链前体或起始转录产物等多途径生殖细胞内转座子的沉默lncRNA200多种途径基因组印记和X染色体失活 基因组测序与比较研究发现, 编码蛋白质的RNA数量和生物复杂性并非成正相关。如果根据编码蛋白
12、质的数量推断生物的复杂程度, 则线虫比昆虫更高级,水稻比人类更复杂,这显然不是事实。因此人们认为,编码蛋白质并不是决定生物功能复杂程度的惟一因素。研究显示, 过去人们未充分认识的非编码RNA在影响人类基因表达及调控的精致程度和复杂性方面有着至关重要的作用,它们可以通过多种遗传机制影响和决定DNA结构、RNA表达及蛋白质的翻译和功能,进而在细胞、组织或个体水平上影响生物体的正常生长发育。miRNA对于靶分子的调节有两种方式:一是对靶mRNA 进行降解,二是通过抑制靶mRNA的翻译来实现调控。当miRNA与其靶mRNA 3-非翻译区结合时,若序列完全互补, 便直接降解靶mRNA;若不完全互补,则抑
13、制靶mRNA翻译,但不影响靶mRNA的稳定性。此外,miRNA还能通过去除靶mRNA的多聚腺苷酸尾巴,从而促使mRNA被3-核酸外切酶水解,实现控制基因表达。siRNA是一类长约22个核苷酸的双链小分子RNA,由人工体外合成,通过转染进入细胞内,是RNA干扰的中间产物。siRNA可作用于mRNA的任何部位,激发与之互补的目标mRNA沉默,导致靶基因降解,形成基因的转录后调控。piRNA是近年来在哺乳动物细胞内发现的长度为2431nt的RNA分子,因在生理状态下能与Piwi蛋白偶联,故命名为piRNA(Piwi interacting RNA,piRNA)。由于Piwi为一表观修饰的调控因子,能
14、与PcG蛋白共同结合于基因组PcG应答元件上,协助PcG沉默同源异型基因,因此推测与Piwi相关的piRNA也具有表观遗传的调控作用。目前,piRNA的生物合成和作用机制尚不清楚。有两种假说:一是认为piRNA 由长单链分子产生;二是认为piRNA 可能为初级转录产物。 lncRNA一般是指大于200nt的RNA,不参与或很少参与蛋白编码功能,位于细胞核内或胞浆内。通常分为5类: 即正义(sense)、反义(antisense)、双向(bidirectional)、基因内(intronic)及基因间(intergenic)lncRNA。lncRNA有多种不同的来源:编码蛋白的基因结构中断而转变
15、为lncRNA;染色质重组的结果,即两个未转录的基因与另一个独立的基因并列而产生含多个外显子的lncRNA;由非编码基因复制过程中的反移位产生;由局部的串联复制子产生邻近的非编码 RNA;基因中插入一个转座成分而产生有功能的非编码 RNA。尽管lncRNA种类多且来源各异,但研究表明它们在基因表达的调控方面起相似的作用。三、组蛋白修饰基因正常表达除了有相应转录因子诱导和启动子区低甲基化外,还有一个重要的条件就是组蛋白修饰必须处于激活状态。组蛋白对其特定氨基酸修饰的意义在于提供蛋白识别信息,并通过蛋白质和染色质间的相互作用调节染色质的构象变化,从而影响基因表达。这种修饰本身并不属于蛋白特定识别位
16、点,而是给特定蛋白质提供信息或代码,让其能够和染色质发生作用,这就是所谓的组蛋白密码(histone code)假说。 组蛋白带正电荷,能与带负电荷的DNA结合形成核小体。组蛋白有5种,其中H2A、H2B、H3、H4是组成核小体核心的功能性组蛋白,而H1在核小体间起连接作用。在组蛋白修饰过程中,会根据特定的时空需要不断发生某些改变,为其他蛋白质与DNA的结合提供特定的识别标志,进而产生协同或拮抗效应,影响DNA分子上遗传信息的关闭或表达。常见组蛋白修饰包括乙酰化、甲基化、磷酸化、泛素化、糖基化、ADP核糖基化、羰基化等,它们是组蛋白密码的基本元素。组蛋白密码和它的解码机制在动物、植物及真菌类中
17、有差异。目前,研究最多的组蛋白修饰是组蛋白乙酰化和甲基化。乙酰化修饰大多发生在组蛋白H3的Lys9、14、18、23、56及H4的Lys5、8、12、16等位点。组蛋白甲基化通常发生在H3和H4 的N端精氨酸或赖氨酸残基上的甲基化,由组蛋白甲基化转移酶介导催化。组蛋白甲基化的功能主要体现在异染色质形成、基因印记、X染色体失活及转录调控方面。目前发现24个组蛋白甲基化位点,其中有17个在赖氨酸,7个在精氨酸。赖氨酸可以是单甲基化、双甲基化或三甲基化;精氨酸可以是单甲基化或双甲基化。特定组蛋白的氨基酸残基被甲基化或乙酰化既可激活基因表达,也可抑制基因表达。特定组蛋白羧基端的泛素化同样影响蛋白质的降
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- 39 表观 遗传学 医学
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