浙江大学王镜岩生物化学甲上第09章核酸的生物合成.ppt
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1、第九章第九章 核酸的生物合成核酸的生物合成中心法则中心法则l生物的遗传信息从生物的遗传信息从 DNADNA传递给传递给 mRNAmRNA的过程称为转录。根据的过程称为转录。根据 mRNAmRNA链上的遗传信息合成蛋链上的遗传信息合成蛋 白质的过程,被称为翻译和白质的过程,被称为翻译和 表达。表达。19581958年年CrickCrick将生物将生物 遗传信息的这种传递方式称为中心法则。遗传信息的这种传递方式称为中心法则。Reverse transcription第一节第一节 DNA的生物合成的生物合成一、一、DNADNA的半保留复制的半保留复制 复制时期复制时期 1.半保留复制的证明半保留复制
2、的证明2.DNA2.DNA生物合成的基本问题生物合成的基本问题l 模板模板l 引物引物l dNTPdNTPl DNA DNA聚合酶聚合酶l MgMg2 2l在在5-35-3方向延伸方向延伸二、原核细胞二、原核细胞DNADNA的复制合成的复制合成 1.1.原核原核DNADNA聚合酶聚合酶2.2.复制的复杂性复制的复杂性 5533 酶作用DNA聚合酶53聚合酶及外切酶作用,35外切酶酶作用,可校正/修复DNA链,还可切除引物DNA聚合酶53聚合酶及35外切酶酶作用,可校正/修复DNA链DNA聚合酶与酶作用类似,酶活高,是主要的链延伸酶(聚合酶 replicase)l 冈崎片段与半不连续复制(冈崎片
3、段与半不连续复制(okazakiokazaki 1968 1968年)年)l 复制方向:复制方向:单起点、双向或单向复制单起点、双向或单向复制l 引物(引物(primerprimer)及引物酶)及引物酶(primaseprimase)l 引物的切除与连接引物的切除与连接 5533外切酶外切酶 切除引物切除引物 (DNADNA聚合酶聚合酶)DNADNA连接酶连接酶 (大肠杆菌(大肠杆菌DNADNA连接酶连接酶/T/T4 4连接酶)连接酶)l 复制的起始复制的起始 辨识起点(富含辨识起点(富含ATAT区)区)解旋(拓扑异构酶)解旋(拓扑异构酶)解链解链 单链结合蛋白(单链结合蛋白(SSBSSB)三
4、、真核三、真核DNADNA的复制合成的复制合成 真核真核真核真核DNADNADNADNA的合成的基本过程类似于原核的合成的基本过程类似于原核的合成的基本过程类似于原核的合成的基本过程类似于原核DNADNADNADNA,不同之处:不同之处:不同之处:不同之处:l l 多复制起点多复制起点多复制起点多复制起点l l 至少有五种聚合酶至少有五种聚合酶至少有五种聚合酶至少有五种聚合酶l l 端粒的复制依赖于端粒酶端粒的复制依赖于端粒酶端粒的复制依赖于端粒酶端粒的复制依赖于端粒酶真核生物真核生物DNA聚合酶聚合酶亚基数44425分子量(KD)25036-38160-300170256细胞内定位核核线粒体
5、核核53聚合活性35外切活性功能复制、引发修复复制复制复制DNADNA复制过程复制过程真核生物真核生物DNADNA复制叉结构示意图复制叉结构示意图四、反转录作用(四、反转录作用(RNARNA指导下的指导下的DNADNA合成)合成)19701970年,年,TeminTemin和和BaltimoreBaltimore在致癌在致癌RNARNA病毒中发现病毒中发现了反转录酶(了反转录酶(Reverse TranscriptaseReverse Transcriptase)1.DNA1.DNA聚合酶特性聚合酶特性 需引物(需引物(tRNAtRNA)、)、dNTPdNTP、模板(、模板(RNARNA、DN
6、ADNA)、)、5-35-3方向聚方向聚合合 2.2.杂交分子杂交分子H H键断开键断开 常由核糖核苷酶常由核糖核苷酶H H(RNAaseRNAase H H)专一切除)专一切除RNA-DNARNA-DNA分子中的分子中的RNA,RNA,全部或部分去除全部或部分去除RNARNA 3.3.前病毒前病毒DNADNA 合成的合成的DNADNA链称负链链称负链,然后由依赖然后由依赖DNADNA的的DNADNA聚合酶催化下聚合酶催化下,以以负链为模板合成一正链这样形成的负链为模板合成一正链这样形成的DNADNA称前病毒称前病毒DNA,DNA,前病毒前病毒DNADNA可嵌入宿主细胞可嵌入宿主细胞DNADN
7、A中中(称整合称整合)或潜伏于宿主细胞用其负或潜伏于宿主细胞用其负链链(依赖依赖DNADNA的的RNARNA聚合酶聚合酶)出出RNA,RNA,合成外壳蛋白合成外壳蛋白.1.1五、五、DNA的损伤与修复的损伤与修复1.DNA1.DNA1.DNA1.DNA的损伤与突变的损伤与突变的损伤与突变的损伤与突变 损伤可造成突变或致死损伤可造成突变或致死 突变(突变(mutation):):指一种遗传状态,可以通过复指一种遗传状态,可以通过复制而遗传的制而遗传的DNA结构的任何永久性改变。携带突变结构的任何永久性改变。携带突变基因的生物称为突变体,未突变的称为野生型。基因的生物称为突变体,未突变的称为野生型
8、。l l损伤原因损伤原因损伤原因损伤原因物理(物理(物理(物理(紫外紫外紫外紫外(见下页)(见下页)(见下页)(见下页)、高能射线、电离辐射)、高能射线、电离辐射)、高能射线、电离辐射)、高能射线、电离辐射)化学(烷基化试剂、亚硝酸盐、碱基类似物)化学(烷基化试剂、亚硝酸盐、碱基类似物)化学(烷基化试剂、亚硝酸盐、碱基类似物)化学(烷基化试剂、亚硝酸盐、碱基类似物)生物因素(碱基对置换、碱基的插入生物因素(碱基对置换、碱基的插入生物因素(碱基对置换、碱基的插入生物因素(碱基对置换、碱基的插入/缺失造成移缺失造成移缺失造成移缺失造成移码)码)码)码)l当当DNADNA受到大剂量紫外线(波长受到大
9、剂量紫外线(波长260nm260nm附近)照射附近)照射时,可引起时,可引起DNADNA链上相邻的两个嘧啶碱基共价聚链上相邻的两个嘧啶碱基共价聚合,形成二聚体,例如合,形成二聚体,例如TTTT二聚体。二聚体。2.DNA损伤修复损伤修复l光复活光复活l切除修复切除修复l重组修复重组修复lSOS修复修复光复活(光复活(photoreactivation)l可见光(最有效波长400nm)激活生物界广泛分布(高等哺乳动物除外)的光复活酶,该酶分解嘧啶二聚体。l是一种高度专一的修复形式,只分解由于UV照射而形成的嘧啶二聚体。切除修复(切除修复(excision repair)l即在一系列酶的作用下,将D
10、NA分子中受损伤的部分切除掉,并以完整的那一段为模板,合成出切去的部分,从而使DNA恢复正常。这是一种比较普遍的修复机制。l细胞的修复功能对于保护遗传物质DNA不受破坏有重要意义。重组修复(重组修复(recombination repair)l又称复制后修复(postreplication repair)l受损伤的DNA在进行复制时,跳过损伤部位,在子代DNA链与损伤相对应部位出现缺口。通过分子间重组,从完整的母链上将相应的碱基顺序片段移至子链的缺口处,然后再用合成的多核苷酸来补上母链的空缺,此过程即重复修复。并非完全校正。SOSSOS修复修复l指DNA受到严重损伤、细胞处于危急状态时所诱导的
11、一种DNA修复方式,修复结果只是能维持基因组的完整性,提高细胞的生成率,但留下的错误较多,又称倾错性修复(Error-Prone Repair)。3.3.基因重组与基因重组与DNADNA克隆(基因工程)克隆(基因工程)l l限制性内切酶限制性内切酶能识别能识别DNADNA特定核苷酸序列的核酸内切酶特定核苷酸序列的核酸内切酶分布:主要在微生物中。主要在微生物中。特点:特特异异性性,即即识识别别特特定定核核苷苷酸酸序序列列,切割特定切点。切割特定切点。结果:产生黏性未端(碱基互补配对)。产生黏性未端(碱基互补配对)。举例:大大肠肠杆杆菌菌的的一一种种限限制制酶酶能能识识别别GAATTCGAATTC
12、序列,并在序列,并在G G和和A A之间切开。之间切开。vv一种限制酶只能识别一种特定的核苷酸序列,并在特一种限制酶只能识别一种特定的核苷酸序列,并在特一种限制酶只能识别一种特定的核苷酸序列,并在特一种限制酶只能识别一种特定的核苷酸序列,并在特定的切割点上将定的切割点上将定的切割点上将定的切割点上将DNA DNA DNA DNA 分子切断。目前已发现的限制酶有分子切断。目前已发现的限制酶有分子切断。目前已发现的限制酶有分子切断。目前已发现的限制酶有400400400400500500500500多种。多种。多种。多种。运载体种类运载体种类:质粒质粒质粒质粒、噬菌体和动植物病毒。、噬菌体和动植物
13、病毒。、噬菌体和动植物病毒。、噬菌体和动植物病毒。质粒的特点质粒的特点质粒的特点质粒的特点:l l细细细细胞胞胞胞染染染染色色色色体体体体外外外外能能能能自自自自主主主主复复复复 制制制制的的的的小小小小型型型型环环环环状状状状 DNADNADNADNA分子;分子;分子;分子;l l质粒是基因工程中最常用的运载体;质粒是基因工程中最常用的运载体;质粒是基因工程中最常用的运载体;质粒是基因工程中最常用的运载体;l l最常用的质粒是大肠杆菌的质粒;最常用的质粒是大肠杆菌的质粒;最常用的质粒是大肠杆菌的质粒;最常用的质粒是大肠杆菌的质粒;l l存在于许多细菌及酵母菌等生物中;存在于许多细菌及酵母菌等
14、生物中;存在于许多细菌及酵母菌等生物中;存在于许多细菌及酵母菌等生物中;l l质粒的存在对宿主细胞无影响;质粒的存在对宿主细胞无影响;质粒的存在对宿主细胞无影响;质粒的存在对宿主细胞无影响;l l质粒的复制只能在宿主细胞内完成。质粒的复制只能在宿主细胞内完成。质粒的复制只能在宿主细胞内完成。质粒的复制只能在宿主细胞内完成。l l DNADNA重组与克隆重组与克隆从细胞中分从细胞中分从细胞中分从细胞中分离出离出离出离出DNADNADNADNA限制酶截取限制酶截取限制酶截取限制酶截取DNADNADNADNA片断片断片断片断分离大肠杆分离大肠杆分离大肠杆分离大肠杆菌中的质粒菌中的质粒菌中的质粒菌中的
15、质粒 DNA DNA DNA DNA重组重组重组重组用重组质粒用重组质粒用重组质粒用重组质粒转化大肠杆菌转化大肠杆菌转化大肠杆菌转化大肠杆菌培养大肠杆菌培养大肠杆菌培养大肠杆菌培养大肠杆菌克隆大量基因克隆大量基因克隆大量基因克隆大量基因重组体的筛选重组体的筛选重组体的筛选重组体的筛选PCR(polymerasePCR(polymerase Chain Chain reaction)reaction)聚合酶链式反应聚合酶链式反应PCRPCR也称体外酶促基因扩增,原理类似天然也称体外酶促基因扩增,原理类似天然DNADNA复制。靶复制。靶DNADNA分子变性后解链,两条单链分子变性后解链,两条单链D
16、NADNA分别与两条引物互补分别与两条引物互补结合,在结合,在4 4种种dNTPdNTP存在和合适和条件下,由耐热的存在和合适和条件下,由耐热的TaqTaq DNADNA聚合酶催化引物由聚合酶催化引物由5 5 3 3 扩增延伸,形成两条新扩增延伸,形成两条新的双链的双链DNADNA分子,并作为下一循环的模板。每经过一个变分子,并作为下一循环的模板。每经过一个变性、复性、延伸循环,模板性、复性、延伸循环,模板DNADNA增加一倍。经过增加一倍。经过30305050个个循环,可使原循环,可使原DNADNA量增加量增加106106109109倍。倍。PCRPCRPCRPCR的主要步骤:的主要步骤:的
17、主要步骤:的主要步骤:模板DNA的变性 一般选用95左右1min,使DNA 双链解为单链 复性 按引物实际情况确定适当温度,时间一般30s至1.5min 延伸 一般72 1min 循环数 按初始模板浓度确定,一般2545之间PCRPCR的引物设计的引物设计PCR扩增产物的特异性主要由引物决定,引物的设计是PCR成功的关键,引物位置和产物长度 根据不同目的和要求确定,长度一般在200800bp之间 引物的长度 一般为1825bp 末端核苷酸 3端不得有任何修饰 GC含量和Tm值 一般在4060%之间,两条相差23 第二节第二节 RNARNA的生物合成的生物合成DNADNA携带的遗传信息(基因)携
18、带的遗传信息(基因)传递给传递给RNARNA分子的过程称转分子的过程称转录(录(transcription)。)。在生物界,在生物界,RNARNA合成有两种方式:一合成有两种方式:一是是DNADNA指导的指导的RNARNA合成,此为生物体内合成,此为生物体内的主要合成方式。另一种是的主要合成方式。另一种是RNARNA指导的指导的RNARNA合成,此种方式常见于病毒。转录合成,此种方式常见于病毒。转录产生的初级转录本是产生的初级转录本是RNARNA前体(前体(RNA RNA precursorprecursor),需经加工过程),需经加工过程(processingprocessing)方具有生物
19、学活性。)方具有生物学活性。反应体系:反应体系:DNA模板,NTP,酶,Mg2+,Mn2+,合成方向 53。连接方式-3,5磷酸二酯键。转录特点:转录特点:不对称转录-DNA片段转录时,双链DNA中只有一条链作为转录的模板,这种转录方式称作不对称转录不对称转录。模板链模板链(template strand)及反意义链及反意义链(antisense strand):指导RNA合成的DNA链为模板链,又称反意义链。编码链编码链(coding strand)及有意义链及有意义链(sense strand):不作为转录的另一条DNA链为编码链,又称有意义链。由于基因分布于不同的DNA单链中,即某条DN
20、A单链对某个基因是模板链,而对另一个基因则是编码链。原料:原料:四种磷酸核苷NTP,DNA中的T在RNA合成中变为U 合成过程合成过程:连续,方向:方向:53从头合成,5末端的起始核苷酸常为GTP或ATP一、转录基本特点一、转录基本特点l不对称转录l“转录单位”(transcription unit)以操纵子(operon)为转录的功能单位,结构上包括四个功能区:多顺反子(结构基因区)、启动子、操作子、终止子和调节基因。l原核RNA聚合酶l转录过程二、原核细胞二、原核细胞RNARNA转录合成特点转录合成特点调节基因调节基因启动子启动子操纵操纵基因基因lacZ lacYlacACAPcAMPCA
21、P-CAP-cAMPcAMP复合物复合物mRNAmRNA+-半乳糖苷酶-半乳糖苷透过酶-半乳糖苷乙酰基转移酶酶forwardforward 大肠杆菌的大肠杆菌的RNARNA聚合酶聚合酶 全酶由全酶由5 5种亚基种亚基2 2 组成组成,因子与其它因子与其它部分的结合不是十分紧密,它易于与部分的结合不是十分紧密,它易于与2 2分离,分离,没有没有、亚基的酶称为核心酶亚基的酶称为核心酶只催化链的延长,只催化链的延长,对起始无作用。对起始无作用。五种亚基的功能分别为:五种亚基的功能分别为:亚基:亚基:与启动子结合功能。与启动子结合功能。亚基亚基:含催化部位,起催化作用,催化形:含催化部位,起催化作用,
22、催化形 成磷酸二成磷酸二酯键。酯键。亚基:在全酶中存在,功能不清楚。亚基:在全酶中存在,功能不清楚。亚基亚基:与:与DNADNA模板结合功能。模板结合功能。亚基:亚基:识别起始位点。识别起始位点。识别识别解链解链起始起始延伸延伸终止终止 1.1.起始位点的识别起始位点的识别 识别正确的启动位点,识别正确的启动位点,启动子的结构至少由三部分组启动子的结构至少由三部分组成:成:-35-35序列提供了序列提供了RNARNA聚合酶全酶识别的信号;聚合酶全酶识别的信号;-10-10序列是序列是酶的紧密结合位点(富含酶的紧密结合位点(富含ATAT碱基,利于双链打开);第三碱基,利于双链打开);第三部分是部
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