基因与基因组的结构分子生物学.ppt
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1、第4章 基因与基因组的结构与功能(Chapter 4 The Structre and Function of Gene and Genome)河南科技大学农学院 施江第4章 基因与基因组的结构与功能 4.1 基因的概念 4.2 基因的命名 4.3 基因组 4.4 病毒及其基因组 4.5 细菌基因组 4.6 真核生物基因组4.1 基因的概念 1860至1870年 奥地利科学家孟德尔根据豌豆杂交实验提出遗传因子概念,并总结出孟德尔遗传定律。1909年 丹麦植物学家和遗传学家约翰逊(W.Johannsen)首次提出“基因”这一名词,用以表达孟德尔的遗传因子概念。1926年 摩尔根(Morgan,美
2、,1933)的基因论。1941年 Beadle 和Tatum(美,1958):一个基因一个酶学说。1944年 Avery肺炎双球菌转化实验。1952年 赫尔希(美,1969)和蔡斯:噬菌体大肠杆菌感染实验。1953年 美国人沃森(Watson)和英国人克里克(Crick)通过实验提出了DNA分子的双螺旋模型(1962)。1957年 Benzer提出一个顺反子,一条多肽链的概念。1958年 Crick提出中心法则。1961年 Jacob和Monod(法,1965)提出了操纵子模型。1951年 McClintock(美,1983):在玉米中发现了遗传因子可以转移位置。1969年分离出第一个基因。1
3、977年 Sharp P A(加拿大)和Roberts R J(美)发现真核生物基因中的断裂现象(1993)。1978年 桑格(F.Sanger,英国)发现了重叠基因(测定了牛胰岛素的一级结构而获得1958年的诺贝尔化学奖,因设计出一种测定DNA序列的方法而获得1980年的诺贝尔化学奖)。根据不同历史时期的研究水平和特点,基因研究大体上分为三个发展阶段:在20世纪50年代以前,主要从细胞的染色体水平上进行研究,属于基因的染色体遗传学阶段;20世纪50年代之后,主要从DNA大分子水平上进行研究,属于基因的分子生物学阶段;近20年来,由于重组DNA技术的完善和应用,人们已经改变了从表型到基因型的传
4、统研究基因的途径,而能够直接从克隆目的基因出发,研究基因的功能及其与表型之间的关系,使基因的研究进入了反向生物学阶段。基因:产生功能蛋白质或RNA所必需的全部DNA序列,包括外显子、内含子以及转录控制区。一个典型的真核基因包括:编码序列外显子(exon);插入外显子之间的非编码序列内含子(intron);5-端和3-端非翻译区(UTR);调控序列。原核基因的典型结构 4.1.1 基因与DNA分子的关系 顺反子是通过顺反试验(1957年,S.Benzer通过T4噬菌体感染大肠杆菌发现)确定的,如果两个位点可以互补,则不属于一个顺反子;如两个位点不可以互补,则属于同一个顺反子。说明:顺反子既有功能
5、上的完整性,又具有结构上的可分割性。4.1.2 基因与多肽链的关系 1941年(Beadle G W&Tatum E L,美国,1958年获得诺贝尔奖):一种基因一种酶。1957年,镰形红细胞贫血症的原因是由于血红蛋白的-链的第6位氨基酸,由Val(缬氨酸,V)取代了Glu(谷氨酸,E)所致。基因的碱基序列与蛋白质分子中氨基酸的序列之间的对应关系是通过遗传密码实现的。4.2 基因的命名 大肠杆菌和其它细菌:用三个小写英文斜体字母表示基因的名称。在三个小写英文斜体字母后面加上一个斜体大写字母表示其不同的基因座,全部用正体时表示蛋白产物和表型。如:lac lacZ,lacY,lacA lacZ,l
6、acY,lacA4.3 基因组4.3.1 基因组的概念 基因组(genome):细胞或生物体完整单体的全套染色体中所有的DNA,包括所有的基因和基因之间的间隔序列。基因组的功能:贮存和表达遗传信息。4.3.2 基因及基因组的大小与C值悖理1.基因及基因组的大小 基因的大小在很大程度上取决于其所含有的不编码序列,即内含子的个数和每个内含子的长度。一些基因的内含子特别长。一般地,随着生物的进化,生物体的结构和功能就越复杂,其C值就越大(基因组由小到大,才能够保证遗传信息量的增加)。2.基因组DNA的C值与C值悖理 C值:真核生物单倍体基因组中的核苷酸数。C值矛盾:在结构、功能很相似的同一类生物中,
7、甚至是亲缘关系非常紧密的物种之间,它们的C值相差数10乃至上百倍,人们把这种基因组的大小和物种的遗传复杂度没有直接相关性的现象叫做C值悖理或C值矛盾(C-Value Paradox)。C值矛盾表现在:C值不随生物的进化程度和复杂性而增加;亲缘关系密切的生物C值相差甚大;高等真核生物具有比用于遗传高得多的C值。4.4 病毒及其基因组 病毒(virus)是最简单的生物,外壳蛋白包裹着里面的遗传物质核酸。根据病毒基因组的核酸类型,将病毒分为:DNA病毒;RNA病毒。根据宿主的不同,病毒又可分为:动物病毒;植物病毒;噬菌体。4.4.1 病毒基因组一般特点 1)与细菌或真核细胞相比,病毒的基因组很小,但
8、是不同的病毒之间其基因组相差很大。2)病毒基因组可以由DNA组成,也可以由RNA组成,每种病毒颗粒中只含有一种核酸,或为DNA或为RNA,两者一般不共存于同一病毒颗粒中。3)基因重叠,即同一段DNA片段能够编码两种或两种以上的蛋白质分子。4)病毒基因组的大部分是用来编码蛋白质的。5)病毒基因组DNA序列中功能上相关的蛋白质的基因或rRNA的基因往往丛集在基因组的一个或几个特定的部位,形成一个功能单位或转录单元。它们可被一起转录成为含有多个mRNA的分子,称为多顺反子mRNA,然后再加工成各种蛋白质的模板mRNA。6)噬菌体(细菌病毒)的基因是连续的;而真核细胞病毒的基因是不连续的,具有内含子。
9、4.4.2 病毒的核酸 DNA/RNA 双链/单链 线状/环状 不分段/分段 分段(segmented)病毒基因组:是基因组被分为两个或两个以上不同的核酸分子,但被包装在同一个病毒粒子内;多组分(multipartite)基因组:虽然也是分段的,但它们的每个基因组片段却是包装在不同的病毒颗粒中的。4.4.3 噬菌体基因组1.噬菌体基因组 噬菌体基因组4.85104 bp,包括61个基因。整个基因组分为5个区域:头部基因、尾部基因、调控区、复制控制区和晚期基因调控区。1951年Esther Lederberg发现K12中有原噬菌体,将其命名为。2.X174噬菌体基因组 X174 这种单链DNA是
10、Sinsheimer于1959年发现的。X174噬菌体基因组是单链环状的DNA,含有5387个核苷酸(Frederick Sanger于1977分析测定,为此荣获第二次诺贝尔奖),共11个基因,3 mRNA,9个肽。特点:(1)重叠基因(Overlapping Genes,嵌套基因)(理论上1795氨基酸,实际上2500氨基酸)(2)基因之间的间隔区很小(63 nt:RNA聚合酶的结合位点、转录终止信号等调控区域)。近年来的研究发现,重叠基因在真核生物中也是广泛存在的。噬菌体X174的基因组(重叠基因)4.4.4 几种病毒的基因组1.SV40病毒基因组 SV40(猿猴空泡病毒或猴肉瘤病毒)属乳
11、多空病毒类,是最小的DNA病毒之一。SV40是猴子病毒,最初在猴肾细胞中分离出来,可引起人的培养细胞转化,在仓鼠和人体内可致肿瘤。SV40基因组只有5个基因。SV40基因组结构特点:(1 1)双链环状)双链环状DNA DNA分子 分子,长5243 bp,与4种组蛋白(H2A、H2B、H3及H4)结合形成 结合形成24 24个核小体,称为微小染色体,是真核细胞染色 个核小体,称为微小染色体,是真核细胞染色质的最小模型,与真核染色质区别在于不含 质的最小模型,与真核染色质区别在于不含H1 H1。(2 2)基因组由早期基因、调控区和晚期基因构成)基因组由早期基因、调控区和晚期基因构成。早期基因含有2
12、个重叠基因,编码T和t(T=tumor)抗原 晚期基因含3个重叠基因,编码VP1(主),VP2和VP3(次)3种衣壳蛋白 调控区位早、晚期基因之间,长约400 bp包括复制起点,启动子和增强子,可调节基因组的复制及早、晚期基因的转录。2.腺病毒基因组 腺病毒基因组是36 Kb(3038 Kb)的线性双链DNA,3040个基因,紧靠两边的是长100 bp-165 bp的末端重复,其含DNA复制起点和包装信号。按转录时间的先后,将腺病毒基因大致区分为早期(E14)和晚期转录单位(L15)。3.逆转录病毒基因组人免疫缺陷病毒的结构模式图引物结合位点4.5 细菌基因组4.5.1 细菌基因组的一般特点
13、1)单个染色体,一般呈环状。2)只有一个复制起点。3)具有操纵子结构。4)重复序列少。5)很少有不编码序列。6)基因组DNA具有多种调控区,如复制起始区OriC,复制终止区TerC,转录启动区和终止区等。7)常有转座子插入。4.5.2 细菌的染色体基因组 大肠杆菌基因组为环状DNA分子,4600 Kb,总长度为11001400m,与蛋白质形成拟核区域,为超螺旋结构,约3000-4000个基因,1400个基因都已定位。多数为单拷贝蛋白质基因,rRNA基因(rrn基因)为多拷贝(7个拷贝16S-23S-5S rRNA基因)。4.6 真核生物基因组4.6.1 真核生物基因组的特点 基因组大。有染色体
14、结构。基因组中的DNA与蛋白质结合,形成的染色体存在于细胞核内。转录和翻译不偶联。有重复序列。转录产物为单顺反子。可移动序列多。多数基因为断裂基因。4.6.2 真核生物基因组的结构 基因组结构是指不同功能区域在整个DNA分子中的分布情况。基因组中不同的区域具有不同的功能:有些区域编码蛋白质的结构基因;有些区域复制及转录的调控信号;有些区域的功能尚不清楚。1.真核生物的断裂基因(割裂基因,split gene)1977年Sharp和Roberts在研究腺病毒外壳蛋白基因和其mRNA的合成时发现R环。断裂基因是指基因的编码序列在DNA分子上不是连续排列的,而是被不编码的序列所隔开。外显子(exon
15、):编码蛋白质的序列。内含子(intron):非编码序列。R环(取代环)实验 mRNA与编码单链DNA杂交时,不互补的intron部分形成的环。图4.11 鸡卵清蛋白的不连续基因及其与mRNA形成的R环(1977)1993年获诺贝尔奖 断裂基因的共同特性:(1)外显子在基因中的排列顺序与它在成熟mRNA产物中的排列顺序相同。(2)某种断裂基因在所有组织中都具有相同的内含子成分。(3)在内含子上发生的突变不影响蛋白质的结构,所以其突变往往对生物体没有影响。2.真核生物基因的外显子与内含子及其相互关系(1)外显子与内含子的概念 外显子:是出现在mRNA分子中的基因序列。内含子:是被剪接而不出现在m
16、RNA分子中的基因序列。内含子的特点:不同基因所含内含子数目不同 不同来源内含子分子大小不同 内含子长度常常大于外显子 进化过程中,内含子碱基序列变化显著 内含子的普遍性:大部分真核基因都含有内含子(2)外显子与内含子之间的连接位点核mRNA内含子的结构特点(3)外显子与内含子之间的关系 选择性剪接:一个基因的初始转录产物在不同的分化细胞、不同的发育阶段、甚至不同的生理状态下,通过不同的剪接方式,可以得到不同的成熟mRNA和蛋白产物,称为选择性剪接。在人类中,至少40%的基因初始转录产物受到选择性剪接的调控。(4)内含子的功能 促进重组。增加了基因组的复杂性。含有可读框(ORF)。基因组中外显
17、子和内含子是相对的,有些内含子具有编码序列,产生蛋白质或功能RNA。含有部分剪接信号。产生核仁小RNA。内含子对基因表达有影响。(5)蛋白质结构域与基因的外显子/内含子的关系 大约有半数外显子与蛋白质的功能结构域相一致。例如,磷酸丙糖异构酶基因有9个外显子,其编码的蛋白质有9个与之对应的结构域。免疫球蛋白的功能结构域与编码这些蛋白的基因的外显子相对应。但对于其他一些基因,外显子与编码蛋白的功能结构域并不相对应。(6)不连续基因的分子进化 在真核生物的进化过程中,断裂基因的比例在逐渐增加。外显子改组(exon shuffling)假说:外显子作为一种功能模块,可以组装到不同的基因内;在基因进化中
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- 关 键 词:
- 基因 基因组 结构 分子生物学
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