生物化学-RNA的生物合成和加工-PPT.ppt
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1、第第36章章RNA的生物合成和加工的生物合成和加工(转录转录)RNA Biosynthesis,Transcription转录转录 (transcription)生物体以生物体以DNA为模板合成为模板合成RNA的过程的过程 。转转录录RNADNA 经转录生成的经转录生成的RNA有多种,主要的是有多种,主要的是rRNA,tRNA,mRNA,snRNA 和和 hnRNA参与转录的物质参与转录的物质原料原料:NTP(ATP,UTP,GTP,CTP)模板模板:DNA酶酶:RNA聚合酶聚合酶(RNA-pol)其他蛋白质因子其他蛋白质因子主要内容主要内容第一节 模板和酶第二节 转录过程第三节 转录后加工第
2、四节 RNA复制和逆转录模板和酶模板和酶第一节第一节一、转录模板一、转录模板 DNA分子上转录出分子上转录出RNA的区段,称为结构基因。的区段,称为结构基因。DNA双双链链中中按按碱碱基基配配对对规规律律能能指指引引转转录录生生成成RNA的的一一股股单单链链,称称为为模模板板链链(templatestrand),也也称称作作负负链链。相相对对的的另另一一股股单单链链是是编编码码链链(codingstrand),也称为正链。,也称为正链。5GCAGTACATGTC33cgtgatgtacag55GCAGUACAUGUC3NAlaValHisValC编码链编码链模板链模板链mRNA蛋白质蛋白质转录
3、转录翻译翻译5 5 3 3 3 3 5 5 模板链模板链编码链编码链编码链编码链模板链模板链结构基因结构基因转录方向转录方向转录方向转录方向不对称转录不对称转录 在在DNA分子双链上某一区段,一股链用作分子双链上某一区段,一股链用作模板指引转录,另一股链不转录模板指引转录,另一股链不转录;模板链并非永远在同一条单链上。模板链并非永远在同一条单链上。5335模板模板链(含(含结构基因)构基因)编码链二、二、RNA聚合酶聚合酶(一)原核生物的(一)原核生物的RNA聚合酶聚合酶亚基亚基亚基亚基亚基数目亚基数目亚基数目亚基数目 功能功能 2 2全酶组装,全酶识别启动子全酶组装,全酶识别启动子全酶组装,
4、全酶识别启动子全酶组装,全酶识别启动子 1 1识别起点和催化识别起点和催化识别起点和催化识别起点和催化 1 1与模板与模板与模板与模板DNADNA结合结合结合结合 被被被被利福平利福平利福平利福平 1 1 未知未知 1 1 识别转录起始点识别转录起始点识别转录起始点识别转录起始点 被被被被利福霉素利福霉素利福霉素利福霉素核心酶核心酶全酶全酶 此外,每个此外,每个RNARNA聚合酶还含有聚合酶还含有2 2个个ZnZn离子。离子。f亚亚基基由由基基因因rpoZrpoZ编编码码,MrMr为为1.101.1010104 4,曾曾长长期期被被忽忽略略,甚甚至至许许多多人人不不把把它它作作为为聚聚合合酶酶
5、的的组组分分。然然而而,现现在在已已经经肯肯定定,亚亚基基是是嗜嗜热热水水生生菌菌RNA RNA polpol必必不不可可少少的的组组分分,也也是是体体外外变变性性的的RNA RNA polpol成成功功复复性性所所必必需需的的,它它与与亚亚基基一一起起构构成成催催化化中中心心,稳稳定定其其与与 亚基的结合。亚基的结合。E.coliE.coli不同不同因子的性质与功能比较因子的性质与功能比较因因因因子子子子基因基因基因基因用途用途用途用途-35-35-35-35区区区区间隔长度间隔长度间隔长度间隔长度-10-10-10-10区区区区70707070RopRopRopRopD D D D 绝大多
6、数基绝大多数基绝大多数基绝大多数基因因因因TTGACATTGACATTGACATTGACA16bp16bp16bp16bp19bp19bp19bp19bpTATAATTATAATTATAATTATAAT32323232RopRopRopRopH H H H 热激反应热激反应热激反应热激反应CCCTTGAACCCTTGAACCCTTGAACCCTTGAA13bp13bp13bp13bp15bp15bp15bp15bpCCCGATNTCCCGATNTCCCGATNTCCCGATNT28282828flifliflifliA A A A鞭毛鞭毛鞭毛鞭毛CTAAACTAAACTAAACTAAA15bp
7、15bp15bp15bpGCCGATAAGCCGATAAGCCGATAAGCCGATAA54545454RopRopRopRopN N N N N N N N饥饿饥饿饥饿饥饿CTGGNACTGGNACTGGNACTGGNA6bp6bp6bp6bpTTGCATTGCATTGCATTGCA(二)真核生物的(二)真核生物的RNA聚合酶聚合酶(458)(458)三、启动子和转录因子三、启动子和转录因子原原核核生生物物一一个个转转录录区区段段可可视视为为一一个个转转录录单单位位,称称为为操操纵纵子子(operon),包包括括若若干干个个结结构构基基因因及其上游的调控序列。及其上游的调控序列。5 3 3
8、5 结构基因结构基因调控序列调控序列RNA-polRNA聚合酶识别聚合酶识别、结合和开始转录的一段结合和开始转录的一段DNA序列,称为启动子序列,称为启动子(promoter)。RNA聚合聚合酶保护法酶保护法开始转录开始转录TTGACAAACTGT-35区区(Pribnowbox)TATAATPuATATTAPy-10区区1-30-5010-10-40-205 3 3 5 原核生物启动子保守序列原核生物启动子保守序列RNA-pol辨认位点辨认位点(recognitionsite)5 5 RNA聚合酶保护区聚合酶保护区结构基因结构基因3 3 RNARNA聚合酶全酶结合位点聚合酶全酶结合位点转录过
9、程转录过程 第二节第二节 大肠杆菌RNA聚合酶的作用起始阶段起始阶段:在在DNA分子上搜索启动子,并将分子上搜索启动子,并将DNA双螺旋解开一小段。双螺旋解开一小段。延伸阶段延伸阶段:选择正确的核苷三磷酸(选择正确的核苷三磷酸(NTP),催),催化磷酸二酯键的形成。化磷酸二酯键的形成。终止阶段终止阶段:检测检测RNA合成的终止信号,停止合成的终止信号,停止RNA的合成。的合成。特点:不需引物;无核酸外切酶活性。特点:不需引物;无核酸外切酶活性。错误率高:错误率高:1/104105核苷酸核苷酸,是是DNA复制的复制的105倍。倍。(一)转录起始(一)转录起始转录起始需解决两个问题:转录起始需解决
10、两个问题:1.RNA聚合酶必须准确地结合在转录模板的聚合酶必须准确地结合在转录模板的起始区域。起始区域。2.DNA双链解开,使其中的一条链作为转录双链解开,使其中的一条链作为转录的模板。的模板。一、原核生物的转录过程一、原核生物的转录过程RNA聚合酶全酶在转录起始区的结合聚合酶全酶在转录起始区的结合2.DNA双链解开,约解开双链解开,约解开17个碱基对。(酶与个碱基对。(酶与启动子结合的部位是启动子结合的部位是AT富集区,有利于解链)富集区,有利于解链)1.RNA聚合酶全酶聚合酶全酶(2)与模板结合与模板结合5-pppG-OH+NTP5-pppGpN-OH3+ppi转录起始过程转录起始过程 3
11、.3.第第一一个个核核苷苷三三磷磷酸酸(常常常常是是GTPGTP或或ATP)ATP)结结合合到到全全酶酶上上,形形成成“启启动动子子-全全酶酶-核核苷苷三三磷磷酸酸”三三元元起始复合物。起始复合物。4.4.第二个核苷酸参入,连结到第一个核苷酸的第二个核苷酸参入,连结到第一个核苷酸的33羟基上,形成了第一个磷酸二酯键。羟基上,形成了第一个磷酸二酯键。因子从全酶上掉下,又去结合其它的核心酶。因子从全酶上掉下,又去结合其它的核心酶。RNApol(2)-DNA-pppGpN-OH3 转录起始复合物转录起始复合物:(二)转录延长(二)转录延长1.亚基脱落,亚基脱落,RNApol聚合酶核心酶变构,聚合酶核
12、心酶变构,与模板结合松弛,沿着与模板结合松弛,沿着DNA模板前移;模板前移;2.在核心酶作用下,在核心酶作用下,NTP不断聚合,不断聚合,RNA链链不断沿不断沿53方向延长。方向延长。(NMP)n+NTP(NMP)n+1+PPi DNADNA上上的的解解螺螺旋旋区区:在在RNARNA链链延延伸伸的的同同时时,RNARNA聚聚合合酶酶继继续续解解开开它它前前方方的的DNADNA双双螺螺旋旋,暴暴露露出出新新的的模模板板链链,而而后后面面被被解解开开的的两两条条DNADNA单单链链又又重重新新形形成成双双螺螺旋旋,DNADNA上上的的解解螺螺旋旋区区保保持持约约1717个个碱基对的长度。碱基对的长
13、度。转录空泡转录空泡(transcriptionbubble):RNA-pol(核心酶)(核心酶)DNARNARNA链的延伸图解35RNA-DNA杂交螺旋杂交螺旋聚合酶的移动方向聚合酶的移动方向新生新生RNA复链复链解链解链编码链编码链模板链模板链延长部位延长部位5 3 DNA原核生物转录过程中的羽毛状现象原核生物转录过程中的羽毛状现象核糖体核糖体RNARNA聚合酶聚合酶f依赖依赖Rho()因子的转录终止因子的转录终止f不依赖不依赖Rho因子的转录终止因子的转录终止(三)转录终止(三)转录终止指指RNA聚聚合合酶酶在在DNA模模板板上上停停顿顿下下来来不不再再前前进进,转转录录产产物物RNA链
14、链从从转转录录复复合合物物上上脱脱落下来。落下来。分类分类A T P1.依赖依赖Rho因子的转录终止因子的转录终止因子是因子是基因编码的蛋白质,是一种酶,在基因编码的蛋白质,是一种酶,在水解水解ATP的情况下,它沿着的情况下,它沿着53方向转录物方向转录物的的3端前进,直到遇到暂停在终止点位置的端前进,直到遇到暂停在终止点位置的RNA聚合酶。随后聚合酶。随后因子通过解链酶的活性因子通过解链酶的活性解开转录泡(解开转录泡(transcription bubble)上的)上的RNA/DNA形成的杂交双螺旋,使形成的杂交双螺旋,使RNA转录转录物得到释放,从而终止转录。物得到释放,从而终止转录。依赖
15、因子(rho factor)的终止子2.不依赖不依赖Rho因子的转录终止因子的转录终止DNA模板上靠近终止处,有些特殊的碱模板上靠近终止处,有些特殊的碱基序列,转录出基序列,转录出RNA后,后,RNA产物形成特殊产物形成特殊的结构来终止转录。的结构来终止转录。这类终止子结构上有这类终止子结构上有2个特征个特征(2)发夹结构末端紧跟)发夹结构末端紧跟6个连续的个连续的U,这,这发发夹结构阻碍了聚合酶的进一步延伸,夹结构阻碍了聚合酶的进一步延伸,RNA链链的合成就终止,酶和的合成就终止,酶和mRNA就从模板就从模板DNA上释放。上释放。(1)DNA链的链的3端附近有回文结构,富端附近有回文结构,富
16、含含G-C碱基,随后紧跟的是碱基,随后紧跟的是A-T碱基,碱基,转转录而形成的录而形成的RNA具有茎环的发夹具有茎环的发夹形结构形结构。不依赖于因子的终止回文结构回文结构AT富集区富集区GC富集区富集区不依赖不依赖因子的因子的终止子结构终止子结构茎环结构使转录终止的机理茎环结构使转录终止的机理使使RNA聚合酶变构,转录停顿;聚合酶变构,转录停顿;使转录复合物趋于解离,使转录复合物趋于解离,RNA产物释放。产物释放。5pppG5 3 3 5 RNA-polRNARNA合成过程合成过程起始起始双链双链DNA局部解开局部解开磷酸二酯磷酸二酯键形成键形成终止阶段终止阶段解链区到达解链区到达基因终点基因
17、终点延长阶段延长阶段5 3 RNA启动子启动子(promoter)终止子终止子(terminator)5 RNA聚合酶聚合酶 5 3 5 3 5 5 3 离开离开二、真核生物的转录过程二、真核生物的转录过程(一)转录起始(一)转录起始真真核核生生物物的的转转录录起起始始上上游游区区段段比比原原核核生生物物多多样样化化,转转录录起起始始时时,RNA-pol不不直直接接结结合合模模板,其起始过程比原核生物复杂。板,其起始过程比原核生物复杂。TATA盒盒CAAT盒盒GC盒盒增强子增强子顺式作用元件顺式作用元件结构基因结构基因-GCGC-CAAT-TATA转录起始转录起始真核生物启动子保守序列真核生物
18、启动子保守序列1.转录起始前的上游区段转录起始前的上游区段 转录起始点转录起始点TATA盒盒CAAT盒盒GC盒盒 增强子增强子顺式作用元件顺式作用元件(cis-actingelement)AATAAA切离加尾切离加尾 转录终止点转录终止点 修饰点修饰点 外显子外显子 翻译起始点翻译起始点内内含含子子 OCT-1OCT-1:ATTTGCAT八聚体八聚体2.转录因子转录因子 能直接、间接辨认和结合转录上游区段能直接、间接辨认和结合转录上游区段DNA的蛋白质,或具有识别的蛋白质,或具有识别RNA聚合酶的作聚合酶的作用,现已发现数百种,统称为反式作用因子用,现已发现数百种,统称为反式作用因子(tran
19、s-actingfactors)。又称为转录因子。又称为转录因子(transcriptionalfactors,TF)。3.转录起始前复合物转录起始前复合物(PIC)真核生物真核生物RNA-pol不与不与DNA分子直接结分子直接结合,而需依靠众多的转录因子帮助间接结合合,而需依靠众多的转录因子帮助间接结合到到DNA分子上。分子上。(二)转录延长(二)转录延长真核生物转录延长过程与原核生物大致相真核生物转录延长过程与原核生物大致相似,但因有核膜相隔,没有转录与翻译同步的似,但因有核膜相隔,没有转录与翻译同步的现象。现象。5-AAUAAA-5-AAUAAA-核酸酶核酸酶-GUGUGUGRNA-po
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