第五章分子标记辅助育种课件.pptx
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1、分子标记辅助育种分子标记辅助育种标记辅助育种标记辅助育种(Marker assisted selection)是利用与目标性状基因紧密连锁的遗传标记,对目标性状进行跟踪选择的一项育种技术。遗传标记遗传标记(geneticmarkers)是基因型的特殊的易于识别的表现形式。第一节 遗传标记发展理想的遗传标记主要应具备以下标准:(1)具有较强的多态性;(2)表现为共显性(codominance);(3)选择中性,对主要的农艺性状没有影响;(4)容易操作自动化程度高。5)重复性好;6)所得数据可在实验室之间交流和比较。多态性或遗传多态现象多态性或遗传多态现象(Genetic Polymorphism
2、)是指在一个生物群体中,同时和经常存在两种或两种以上不连续的变异型或基因型,每种类型的比例较高,不能由重复突变来维持。遗传标记主要有四种类型:形态标记(morphological marker)细胞标记(cytological markers)生化标记(Biochemical marker)同工酶同工酶:酯酶和过氧化物酶酯酶和过氧化物酶 贮藏蛋白贮藏蛋白 分子标记(molecular marker)分子标记的优越性:直接以DNA形式出现,生物体的各个组织、各发育时期均可检测到,不受季节、环境的限制,不存在表达与否的问题;数量极多,遍及整个基因组;多态性高,利用大量引物、探针可完成覆盖基因组的分
3、析;表现为中性,即不影响目标性状的表达,与不良性状无必然的连锁;许多标记为共显性。Single base mutation Insertion/deletion RearrangementBased on variation in the DNA sequenceMolecular MarkerCAPACITY1985199019952000DNA ChipsISSRAFLPsSSRsRAPDsRFLPs?Advanced in Molecular Markers 第二节第二节 分子标记技术分子标记技术 几种常用的分子标记技术几种常用的分子标记技术l基于基于Southern杂交的分子标记杂交的
4、分子标记基于基于PCR技术的分子标记技术的分子标记一、一、基于基于Southern杂交的分子标记杂交的分子标记限制性片段长度多态性限制性片段长度多态性(Restriction Fragment Length Polymorphism)小卫星小卫星DNA(Minisatellite DNA)1 RFLP1 RFLP标记标记RFLPRFLPRFLPRFLP标记的原理标记的原理标记的原理标记的原理 植物基因组植物基因组植物基因组植物基因组DNADNADNADNA上的上的上的上的碱基替换、插入、缺失碱基替换、插入、缺失碱基替换、插入、缺失碱基替换、插入、缺失或重复等,造成某种限或重复等,造成某种限或重
5、复等,造成某种限或重复等,造成某种限制性内切酶酶切位点的制性内切酶酶切位点的制性内切酶酶切位点的制性内切酶酶切位点的增加或丧失,从而产生增加或丧失,从而产生增加或丧失,从而产生增加或丧失,从而产生限制性片断长度多态限制性片断长度多态限制性片断长度多态限制性片断长度多态性。性。性。性。RFLPRFLP标记的特点标记的特点 (1 1)遍布于整个基因组,)遍布于整个基因组,数量数量 几乎是无限的;几乎是无限的;(2 2)无表型效应,)无表型效应,不受发育阶段器官特异性限制;不受发育阶段器官特异性限制;(3 3)共显性,)共显性,可区分纯合子和可区分纯合子和 杂合子;杂合子;(4 4)结果稳定、可靠;
6、)结果稳定、可靠;(5 5)DNADNA需要量大,检测技术繁杂,需要量大,检测技术繁杂,难以用于大规模的育种实践中难以用于大规模的育种实践中二、二、基于基于PCR技术的分子标记技术的分子标记随机扩增片段长度多态性随机扩增片段长度多态性DNA(Random Amplified Polymorphic DNA)特异性扩增子多态性(特异性扩增子多态性(Specific Amplificon Polymorphism,SAP)简单重复序列(简单重复序列(Simple Sequence Repeat,SSR)扩增片段长度多态性(扩增片段长度多态性(Amplified Fragment Length Po
7、lymorphism,AFLP)1 RAPDsAnonymous markers-but can be convertedto SCARsDominant markers-homozygotes cannot be distinguished from heterozygotesFast,easy and cheap-commercial primer sets availablePCR-based markers2SSRmarker简单重复序列(SimpleSequenceRepeat,SSR)或称微卫星DNA(MicrosatelliteRepeat)、简单串联重复序列(ShortTand
8、emRepeatPolymorphism,STRP)。微卫星分子标记对微卫星分子标记对18份山羊草基因型的扩增结果份山羊草基因型的扩增结果基基基基本本本本步步步步骤骤骤骤设计探针,筛选重组克隆设计探针,筛选重组克隆根据根据SSRSSR两侧序列设计并合成引物两侧序列设计并合成引物 PCRPCR扩增反应扩增反应 建立基因组建立基因组DNADNA的质粒文库的质粒文库对阳性克隆对阳性克隆DNADNA插入序列测序插入序列测序凝胶电泳检测多态性凝胶电泳检测多态性Chromosome 1,Region 11(bin 1.11)Chromosome 1,Region 11(bin 1.11)ThispageT
9、hispagesummarizesthedataavailabledescribingfeaturesfoundsummarizesthedataavailabledescribingfeaturesfoundinbin1.11inmaize.inbin1.11inmaize.Whatisabin,andwhyisitWhatisabin,andwhyisitimportant?important?ThisregionishighlightedinredontheimageofmaizeThisregionishighlightedinredontheimageofmaizechromosom
10、estotheright.chromosomestotheright.YoucanclickonregionsofthatimagetomovetootherYoucanclickonregionsofthatimagetomovetootherportionsofthemaizegenome.portionsofthemaizegenome.GenesinBin1.11GenesinBin1.11OtherLociinBin1.11OtherLociinBin1.11Bin1.11High-DensityMapRegionsBin1.11High-DensityMapRegionsSeque
11、ncesinBin1.11SequencesinBin1.11ESTContigsinBin1.11ESTContigsinBin1.11SSRsinBin1.11SSRsinBin1.11BACsinBin1.11BACsinBin1.11Mappedlociw/accessionsinBin1.11Mappedlociw/accessionsinBin1.11Map Locations of Sequences in Bin 1.11Map Locations of Sequences in Bin 1.11 http:/www.agron.missouri.eduSSRs in Bin
12、1.11SSRs in Bin 1.11HerearetheHerearethe3838SSRsthathavebeenverifiedtobeinthisSSRsthathavebeenverifiedtobeinthischromosomalregion.chromosomalregion.(AC)20(AC)20 p-umc1797p-umc1797(ACAA)4(ACAA)4 p-umc1421p-umc1421(ACC)4(ACC)4 p-umc1500p-umc1500(ACC)5(ACC)5 p-umc1725p-umc1725(AG)10(AG)10 p-umc1538p-um
13、c1538(AG)6(AG)6 p-umc1220p-umc1220(AG)8(AG)8 p-p-umc1553umc1553(AGA)7(AGA)7 p-umc1737p-umc1737(ATGGG)4(ATGGG)4 p-umc1630p-umc1630(CA)10(CA)10 p-p-mmc0221mmc0221(CA)14(CA)14 p-mmc0031p-mmc0031(CA)15(CA)15 p-mmc0011p-mmc0011(CAAAA)4(CAAAA)4 p-p-umc1111umc1111(CCG)4(CCG)4 p-umc1681p-umc1681(CGT)5(CGT)5
14、 p-umc2241p-umc2241(CT)8(CT)8 p-p-umc1064umc1064(GA)8(GA)8 p-umc1862p-umc1862(GAGCA)4(GAGCA)4 p-umc1118p-umc1118(GCGCCG)4(GCGCCG)4 p-p-umc1744umc1744(GCT)4(GCT)4 p-umc2045p-umc2045(GGC)4(GGC)4 p-umc2244p-umc2244(GGT)10(GGT)10 p-p-umc1331umc1331(GT)7(GA)7(GT)7(GA)7 p-umc1009p-umc1009(TC)8(TC)8 p-umc1
15、129p-umc1129(TCTCC)4(TCTCC)4 p-p-umc2243umc2243(TGC)6(TGC)6 p-umc2242p-umc2242AAGAAG p-phi120p-phi120ACCACC p-p-phi227562phi227562AG(16)AG(16)p-bnlg2331p-bnlg2331AG(22)AG(22)p-bnlg1055p-bnlg1055AG(31)AG(31)p-p-bnlg2123bnlg2123AGGAGG p-phi265454p-phi265454ATCCATCC p-phi064p-phi064p-(GATA)2(GACA)2p-(G
16、ATA)2(GACA)2p-p-bnlg131bnlg131p-bnlg257p-bnlg257p-bnlg504p-bnlg504p-bnlg667p-bnlg667 3 AFLPmarker扩增片段长度多态性(AmplifiedFragmentLengthPolymorphism,AFLP),又称选择性限制片段扩增(SelectiveRestrictionFragmentAmplification)。双酶切连接节头预扩增选择性扩增The specific band in Xianyou 63 amplified withAFLP primer combination E-AAC/M-CAT
17、 CAP 标记Indica (1)CGGCATATGCTATTTTCTTTGCATCTTTTAACTCTTTATGGTTCTCTCATJaponica(1)CGGCATATGCTATTTTCTTTGCATCTTTTAACTCTTTATGGTTCTCTCATIndica (51)TACTTGTTTTGTAGGCTATTTGAAGTTTGGGATTAATACAGTTGATGGTGJaponica(51)TACTAGTTTTGTAGGCTATTTGAAGTTTGGGATTAATACAGTTGATGGTGIndica (101)CCACAATATATCGTGAATGGGCGCCTGCTGCACAGTA
18、AGTTCTAATGTAGJaponica(101)CCACAATATATCGTGAATGGGCGCCTGCTGCACAGTAAGTTCTAATGTAGIndica (151)TCATCCAGCTATTCGCTAATGTTTATGTGTTGTAGGAAATATGGATCACTJaponica(151)TCATCCAGCTATTCGCTAATGTTTATGTGTTGTAGGAAATATGGATCACTSBE1片段片段Left primerRight primerSNP标记Indica (1)CGGCATATGCTATTTTCTTTGCATCTTTTAACTCTTTATGGTTCTCTCATJap
19、onica(1)CGGCATATGCTATTTTCTTTGCATCTTTTAACTCTTTATGGTTCTCTCATIndica (51)TCCATGTTTTGTAGGCTATTTGAAGTTTGGGATTAATACAGTTGATGGTGJaponica(51)TCCATc TTTTGTAGGCTATTTGAAGTTTGGGATTAATACAGTTGATGGTGIndica (101)CCACAATATATCGTGAATGGGCGCCTGCTGCACAGTAAGTTCTAATGTAGJaponica(101)CCACAATATATCGTGAATGGGCGCCTGCTGCACAGTAAGTTCT
20、AATGTAGIndica (151)TCATCCAGCTATTCGCTAATGTTTATGTGTTGTAGGAAATATGGATCACTJaponica(151)TCATCCAGCTATTCGCTAATGTTTATGTGTTGTAGGAAATATGGATCACTSBE1片段片段Left primerRight primerGCATPCR变性,退火变性,退火GCATCEL I变性变性走胶,检测走胶,检测第三节分子标记在育种中的应用分子标记在育种中的应用分子图谱的构建分子图谱的构建品种、品系鉴定和杂交种纯度分析品种、品系鉴定和杂交种纯度分析亲缘关系分析亲缘关系分析基因标记及标记辅助育种(基因标记
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