实验一二重组质粒DNA提取、双酶切鉴定、凝胶电泳、紫外分光法.ppt
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1、质粒质粒DNA的提取、纯化、酶切、的提取、纯化、酶切、电泳、电泳、紫外分光光度法定量测紫外分光光度法定量测定定朱文博朱文博中山医学院中山医学院v基因克隆示意图基因克隆示意图分、切分、切接接转转筛筛基因工程基因工程v定义:定义:实现基因克隆所采用的方法及相关的工实现基因克隆所采用的方法及相关的工作统称为重组作统称为重组DNA技术,又称重组技术,又称重组DNA技术。技术。基因载体基因载体基因工程中常用的载体基因工程中常用的载体(vector)vector)主要包括主要包括质粒质粒质粒质粒(plasmid)plasmid)、噬菌体噬菌体噬菌体噬菌体(phage)phage)和和病毒病毒病毒病毒(vi
2、rus)virus)柯斯质粒柯斯质粒柯斯质粒柯斯质粒。这些载体均需经人工构建,除去致。这些载体均需经人工构建,除去致病基因,并赋予一些新的功能,如有利于进行病基因,并赋予一些新的功能,如有利于进行筛选的标志基因、单一的限制酶切点等。筛选的标志基因、单一的限制酶切点等。实验内容2.2.限制性内切酶的酶切鉴定限制性内切酶的酶切鉴定(P83)(P83)3.3.定性鉴定定性鉴定:DNA:DNA的琼脂糖凝胶电的琼脂糖凝胶电泳泳(P28)(P28)4.4.定量检测:定量检测:DNADNA的紫外分光光度法的紫外分光光度法测定测定(P37)(P37)1.1.质粒质粒DNADNA的提取与纯化的提取与纯化(P70
3、(P70碱法碱法)实验目的实验目的掌握碱裂解法抽提质粒的原理、步骤及各试剂的掌握碱裂解法抽提质粒的原理、步骤及各试剂的作用作用;掌握掌握核酸内切酶切割核酸内切酶切割质粒的原理并质粒的原理并学会运用内切学会运用内切酶酶掌握掌握DNADNA的琼脂糖凝胶电泳的原理和步骤;的琼脂糖凝胶电泳的原理和步骤;掌握紫外分光光度计对掌握紫外分光光度计对DNADNA含量的测定方法含量的测定方法。一一.质粒质粒DNA的提取的提取1 1 关于质粒的概念关于质粒的概念a.a.什么是质粒(什么是质粒(plasmidplasmid)?)?b.b.质粒的本质是什么?质粒的本质是什么?c.c.质粒有哪些构型?质粒有哪些构型?c
4、.c.质粒有哪些特点?质粒有哪些特点?d.d.质粒的用途有哪些?质粒的用途有哪些?71.1 1.1 质粒的定义质粒的定义 质粒是细菌细胞内一种自我复制的质粒是细菌细胞内一种自我复制的环状双链环状双链DNADNA分分子子,能稳定地独立存在于染色体外,并传递到子代,一般,能稳定地独立存在于染色体外,并传递到子代,一般不整合到宿主染色体上。不整合到宿主染色体上。在细胞内它们常以共价闭环的超螺旋形式存在。在细胞内它们常以共价闭环的超螺旋形式存在。8(1)(1)超螺旋超螺旋DNA(supercoiledDNA,SCDNA)1.2 1.2 质粒的三种构型质粒的三种构型9(2)(2)开环开环DNA(open
5、circularDNA,OCDNA)如果两条链中有一条的一处或多处断裂,分子就能发如果两条链中有一条的一处或多处断裂,分子就能发生旋转而消除链的张力,形成松弛型的环状分子。生旋转而消除链的张力,形成松弛型的环状分子。10(3)线状线状DNA(linearDNA,LDNA):如果两条链均断开,即为线状如果两条链均断开,即为线状DNADNA。电泳时,三者泳动速度大小关系(?)电泳时,三者泳动速度大小关系(?)11最快中最慢1.3 1.3 质粒质粒DNADNA的一般特性:的一般特性:(1)质粒是细菌内的共生型遗传因子质粒是细菌内的共生型遗传因子,有有相对独立性相对独立性。(2)它能在细菌中垂直遗传并
6、赋予宿主细胞一些它能在细菌中垂直遗传并赋予宿主细胞一些表型表型:菌毛、抗药性等菌毛、抗药性等(3)它是它是双链闭合环状双链闭合环状DNA,分子量大小不等。,分子量大小不等。(4)质粒质粒DNA与宿主菌染色体与宿主菌染色体DNA的两点不同:的两点不同:宿主菌染色体宿主菌染色体DNA通常比质粒通常比质粒DNA要大得多要大得多纯化分离的宿主菌纯化分离的宿主菌DNA多为线性分子,而质粒多为线性分子,而质粒DNA呈闭合环的形式。呈闭合环的形式。131.4 1.4 提取质粒提取质粒DNADNA的目的与意义:的目的与意义:基因载体基因载体/基因克隆基因克隆/基因工程基因工程2.1 2.1 提取质粒提取质粒D
7、NADNA的常规方法的常规方法 (1)SDS (1)SDS碱裂解法碱裂解法 (2)(2)煮沸法煮沸法 (3)high pure plasmid isolation kit等。等。但原理相似,都是利用宿主染色体但原理相似,都是利用宿主染色体DNADNA和质粒和质粒DNADNA的差异来分离的。的差异来分离的。2 2 提取大肠杆菌质粒提取大肠杆菌质粒DNADNA的的方法和原则方法和原则2.2 2.2 分离纯化质粒分离纯化质粒DNADNA的主要步骤的主要步骤(1)(1)培养细菌使质粒扩增(培养细菌使质粒扩增(DNADNA的扩增与选择)的扩增与选择)(2)(2)细菌的收集与裂解细菌的收集与裂解 收集方法
8、:高速离心的方法收集方法:高速离心的方法 裂解细菌方法:去污剂法、有机溶剂法、裂解细菌方法:去污剂法、有机溶剂法、裂解细菌方法:去污剂法、有机溶剂法、裂解细菌方法:去污剂法、有机溶剂法、碱变性法碱变性法碱变性法碱变性法、沸水沸水沸水沸水 热裂法、溶菌酶法、超声处理法等。热裂法、溶菌酶法、超声处理法等。热裂法、溶菌酶法、超声处理法等。热裂法、溶菌酶法、超声处理法等。根据质粒的大小、宿主菌菌株及裂解后的根据质粒的大小、宿主菌菌株及裂解后的根据质粒的大小、宿主菌菌株及裂解后的根据质粒的大小、宿主菌菌株及裂解后的 纯化方法等因素综合后加以选择。纯化方法等因素综合后加以选择。纯化方法等因素综合后加以选择
9、。纯化方法等因素综合后加以选择。(3)(3)质粒质粒DNADNA的纯化的纯化 常用的方法有:超速离心、层析法、聚乙二醇沉淀法等常用的方法有:超速离心、层析法、聚乙二醇沉淀法等常用的方法有:超速离心、层析法、聚乙二醇沉淀法等常用的方法有:超速离心、层析法、聚乙二醇沉淀法等 所有纯化方法都是利用了质粒所有纯化方法都是利用了质粒所有纯化方法都是利用了质粒所有纯化方法都是利用了质粒DNADNADNADNA相对较相对较相对较相对较 小及共价闭合环状的性质。小及共价闭合环状的性质。小及共价闭合环状的性质。小及共价闭合环状的性质。2.3 2.3 核酸分离纯化的总原则:核酸分离纯化的总原则:v(1)(1)保证
10、核酸一级结构完整保证核酸一级结构完整v (2)(2)排除其他分子的污染(蛋白质、脂类、排除其他分子的污染(蛋白质、脂类、糖、糖、有机溶剂、金属离子、其他有机溶剂、金属离子、其他DNADNA、RNARNA等)等)3.SDS-3.SDS-碱裂解法提取碱裂解法提取Puc119-U6Puc119-U6重组质粒重组质粒DNADNA3.1 3.1 实验原理:实验原理:高碱高碱细菌的细胞壁破裂,内容物释放细菌的细胞壁破裂,内容物释放染色体染色体DNA断裂成不同长度的线性双链断裂成不同长度的线性双链DNA;线性双链线性双链DNA片段中的氢键断裂,双链解离变性。片段中的氢键断裂,双链解离变性。质粒质粒DNA不发
11、生断裂,保持双链闭合环状;不发生断裂,保持双链闭合环状;双链双链DNA并不完全分离。并不完全分离。高酸高酸中和中和至中至中性性变性的染色体变性的染色体DNA与变性的蛋白质以及细胞碎片凝聚与变性的蛋白质以及细胞碎片凝聚成网络状大分子不溶性沉淀物成网络状大分子不溶性沉淀物质粒质粒DNA又恢复天然构型,溶解在上清液中又恢复天然构型,溶解在上清液中纯化纯化RNA酶消化除去酶消化除去RNA,并用酚抽提法除去残留的蛋白质,并用酚抽提法除去残留的蛋白质3.2 3.2 主要试剂及作用主要试剂及作用溶液溶液:由葡萄糖、:由葡萄糖、EDTAEDTA、TrisTrisHClCl组成组成.(保护、缓冲保护、缓冲)葡萄
12、糖葡萄糖的作用是增加溶液的粘度的作用是增加溶液的粘度,减少抽提过程中的减少抽提过程中的机械机械剪切作用剪切作用,防止破坏质粒防止破坏质粒.(保护作用保护作用)EDTA的作用是络合掉镁等二价金属离子的作用是络合掉镁等二价金属离子,防止防止DNA酶对酶对质粒分子的降解作用。(保护作用)质粒分子的降解作用。(保护作用)TrisHCl能使溶菌液维持溶菌作用的最适能使溶菌液维持溶菌作用的最适PH范围(缓冲作范围(缓冲作用)用)19溶溶液液IIII:由由SDSSDS(十十二二烷烷基基硫硫酸酸钠钠)与与 NaOHNaOH 组组成成(裂裂解解、变变性性)SDSSDS的作用是解聚核蛋白并与蛋白质分子结合使之的作
13、用是解聚核蛋白并与蛋白质分子结合使之 变性(裂解细胞和蛋白质变性作用)变性(裂解细胞和蛋白质变性作用)NaOHNaOH(PH12PH12)的作用是破坏氢键,使)的作用是破坏氢键,使DNADNA分子变性(分子变性(DNADNA变变性作用)性作用)20溶液溶液IIIIII:HAC(HAC(乙酸乙酸)和和 KAC(KAC(乙酸钾乙酸钾)组成的高盐溶液组成的高盐溶液 (复性,分离复性,分离)HACHAC溶液溶液能中和溶液能中和溶液的碱性,使染色体的碱性,使染色体DNA DNA 变性而发生缠绕,并使质粒变性而发生缠绕,并使质粒DNADNA复性。复性。KACKAC会与会与SDSSDS形成溶解度很低的盐,并
14、与蛋白质形成形成溶解度很低的盐,并与蛋白质形成 沉淀而除去;溶液中的沉淀而除去;溶液中的DNADNA也会与蛋白质也会与蛋白质-SDS-SDS 复合物缠绕成大分子而与小分子质粒复合物缠绕成大分子而与小分子质粒DNADNA分离。分离。3 3.3 3 实实验验步步骤骤加加1.5ml1.5ml培养物于培养物于EPEP管,管,12000g12000g30S30S除去上清,加入冰的除去上清,加入冰的2 200 00 l l 溶液溶液I I,剧烈振荡,剧烈振荡EPEP管,室温管,室温3min3min加入加入200200l l 溶液溶液IIII,快速颠倒数次,冰浴,快速颠倒数次,冰浴3min3min加入加入1
15、50150l l 冰冰溶液溶液IIIIII,温和振荡,温和振荡10s10s,冰浴,冰浴5min5min,12000g12000g5min5min转移上清到新转移上清到新EPEP管,加入等体积管,加入等体积酚酚/氯仿氯仿(1:1)(1:1),温和振荡,冰浴,温和振荡,冰浴3min3min,12000g12000g5min5min上层水相转移到新上层水相转移到新EPEP管管,加入,加入2 2倍体积倍体积无水乙醇无水乙醇,颠倒混匀,颠倒混匀,-20-20 冰箱中放置冰箱中放置15min15min,12000g12000g 10min10min 弃上清,沉淀中加弃上清,沉淀中加1ml 1ml 70%7
16、0%乙醇乙醇,12000g12000g5min 5min 去上清,管平放室温静置去上清,管平放室温静置10min10min,20 20 l TE l TE 溶解溶解DNADNARCF=1.12r(rpm/1000)2RCF:离心力(离心力(g)r:离心半径(离心半径(mm)rpm:每分钟转速(每分钟转速(r/min)注意事项:注意事项:1、加样枪正确使用;2、标记自己所提取的质粒类型;3、废液倒在水池中,枪头扔到垃圾桶中;4、加不同溶液要换枪头;5、离心前把管擦干;6、转移上清时不要吸到沉淀;7、吸取酚时枪头伸到下层溶液中,注意不要沾到 皮肤;8、每人最终得到20ul质粒DNA,其中10ul用
17、于酶 切和电泳,其余10ul用于下次的转化实验,切 记!二、限制性内切酶切割重组质粒二、限制性内切酶切割重组质粒 1 1 关于限制性核酸内切酶关于限制性核酸内切酶 (restriction restriction endonucleaseendonuclease)1.1 1.1 定义定义 能在特异位点(酶切位点)上催化双链能在特异位点(酶切位点)上催化双链DNADNA分子分子的断裂的断裂,产生相应的限制性产生相应的限制性DNADNA片段。片段。主要存在于细菌体内。主要存在于细菌体内。切割不同来源的切割不同来源的DNADNA分子将产生特征性限制性酶分子将产生特征性限制性酶切图谱,具有重大应用价值
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- 关 键 词:
- 实验 一二 重组 质粒 DNA 提取 双酶切 鉴定 凝胶电泳 紫外 分光
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