药学第15章转录与基因表达调控.ppt
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1、转录与基因表达调控Transcription and gene expression®ulation第 十五 章2008 2008 年 年5 5 月 月 药学类专业生物化学讲稿 药学类专业生物化学讲稿转录(transcription)生物体以DNA为模板合成RNA的过程。转录RNADNA 2008 2008 年 年5 5 月 月 药学类专业生物化学讲稿 药学类专业生物化学讲稿复制和转录的区别 2008 2008 年 年5 5 月 月 药学类专业生物化学讲稿 药学类专业生物化学讲稿参与转录的物质原料:NTP(ATP,UTP,GTP,CTP)模板:DNA酶:RNA聚合酶(RNA polyme
2、rase,RNA-pol)其他蛋白质因子2008 2008 年 年5 5 月 月 药学类专业生物化学讲稿 药学类专业生物化学讲稿第一节 RNA的生物合成(转录)(一)转录模板(二)RNA聚合酶(三)酶与模板辨认结合(四)原核生物转录过程(五)真核生物转录过程(六)真核生物转录后的修饰(七)RNA的复制2008 2008 年 年5 5 月 月 药学类专业生物化学讲稿 药学类专业生物化学讲稿(一)转录模板 DNA分子上转录出RNA的区段,称为结构基因(structural gene)。DNA双链中按碱基配对规律能指引转录生成RNA的一股单链,称为模板链(template strand),也称作有意
3、义链或Watson链。相对的另一股单链是编码链(coding strand),也称为反义链或Crick链。2008 2008 年 年5 5 月 月 药学类专业生物化学讲稿 药学类专业生物化学讲稿5GCAGTACATGTC 33 c g t g a t g t a c a g 55GCAGUACAUGUC 3NAla Val His Val C编码链模板链mRNA蛋白质转录翻译2008 2008 年 年5 5 月 月 药学类专业生物化学讲稿 药学类专业生物化学讲稿5 3 35模板链 编码链编码链 模板链结构基因转录方向转录方向2008 2008 年 年5 5 月 月 药学类专业生物化学讲稿 药学
4、类专业生物化学讲稿不对称转录(asymmetric transcription)在DNA分子双链上某一区段,一股链用作模板指引转录,另一股链不转录;模板链并非永远在同一条单链上。2008 2008 年 年5 5 月 月 药学类专业生物化学讲稿 药学类专业生物化学讲稿(二)RNA聚合酶1、原核生物的RNA聚合酶2008 2008 年 年5 5 月 月 药学类专业生物化学讲稿 药学类专业生物化学讲稿核心酶(core enzyme)全酶(holoenzyme)2008 2008 年 年5 5 月 月 药学类专业生物化学讲稿 药学类专业生物化学讲稿RNA聚合酶全酶在转录起始区的结合 2008 2008
5、 年 年5 5 月 月 药学类专业生物化学讲稿 药学类专业生物化学讲稿2、真核生物的RNA聚合酶 2008 2008 年 年5 5 月 月 药学类专业生物化学讲稿 药学类专业生物化学讲稿(三)模板上酶的辨认、结合原核生物一个转录区段可视为一个转录单位,称为操纵子(operon),包括若干个结构基因及其上游(upstream)的调控序列。5335结构基因 调控序列RNA-polRNA聚合酶结合模板DNA的部位,称为启动子(promoter)。2008 2008 年 年5 5 月 月 药学类专业生物化学讲稿 药学类专业生物化学讲稿RNA聚合酶保护法2008 2008 年 年5 5 月 月 药学类专
6、业生物化学讲稿 药学类专业生物化学讲稿开始转录T T G A C AA A C T G T-35 区(Pribnow box)T A T A A T Pu A T A T T A Py-10 区1-30-50 10-10-40-205 3 3 5 原核生物启动子保守序列RNA-pol辨认位点(recognition site)55RNA聚合酶保护区 结构基因332008 2008 年 年5 5 月 月 药学类专业生物化学讲稿 药学类专业生物化学讲稿 TATA盒 CAAT盒 GC盒 增强子 顺式作用元件 结构基因-GCGC-CAAT-TATA转录起始真核生物启动子保守序列2008 2008 年
7、年5 5 月 月 药学类专业生物化学讲稿 药学类专业生物化学讲稿1、转录起始 转录起始需解决两个问题:RNA聚合酶必须准确地结合在转录模板的起始区域。DNA双链解开,使其中的一条链作为转录的模板。(四)原核生物的转录过程2008 2008 年 年5 5 月 月 药学类专业生物化学讲稿 药学类专业生物化学讲稿 DNA双链解开 RNA聚合酶全酶(2)与模板结合 在RNA聚合酶作用下发生第一次聚合反应,形成转录起始复合物RNApol(2)-DNA-pppGpN-OH 3 转录起始复合物:5-pppG-OH+NTP 5-pppGpN-OH 3+ppi转录起始过程2008 2008 年 年5 5 月 月
8、 药学类专业生物化学讲稿 药学类专业生物化学讲稿2、转录延长 亚基脱落,RNApol聚合酶核心酶变构,与模板结合松弛,沿着DNA模板前移;在核心酶作用下,NTP不断聚合,RNA链不断延长。(NMP)n+NTP(NMP)n+1+PPi2008 2008 年 年5 5 月 月 药学类专业生物化学讲稿 药学类专业生物化学讲稿转录空泡(transcription bubble):RNA-pol(核心酶)DNA RNA目 录2008 2008 年 年5 5 月 月 药学类专业生物化学讲稿 药学类专业生物化学讲稿2008 2008 年 年5 5 月 月 药学类专业生物化学讲稿 药学类专业生物化学讲稿53D
9、NA原核生物转录过程中的羽毛状现象核糖体RNARNA聚合酶2008 2008 年 年5 5 月 月 药学类专业生物化学讲稿 药学类专业生物化学讲稿 依赖Rho()因子的转录终止 非依赖Rho因子的转录终止3、转录终止指RNA聚合酶在DNA模板上停顿下来不再前进,转录产物RNA链从转录复合物上脱落下来。分类2008 2008 年 年5 5 月 月 药学类专业生物化学讲稿 药学类专业生物化学讲稿A T P依赖 Rho因子的转录终止2008 2008 年 年5 5 月 月 药学类专业生物化学讲稿 药学类专业生物化学讲稿非依赖 Rho因子的转录终止DNA模板上靠近终止处,有些特殊的碱基序列,转录出RN
10、A后,RNA产物形成特殊的结构来终止转录。2008 2008 年 年5 5 月 月 药学类专业生物化学讲稿 药学类专业生物化学讲稿5UUGCAGCCUGACAAAUCAGGCUGAUGGCUGGUGACUUUUUAGUCACCAGCCUUUUU.3 5UUGCAGCCUGACAAAUCAGGCUGAUGGCUGGUGACUUUUUAGUCACCAGCCUUUUU.3 RNA 5 TTGCAGCCTGACAAATCAGGCTGATGGCTGGTGACTTTTTAGTCACCAGCCTTTTT.3 DNA UUUU.UUUU.5UUGCAGCCUGACAAAUCAGGCUGAUGGCUGGUGAC
11、UUUUUAGUCACCAGCCUUUUU.3茎环(stem-loop)/发夹(hairpin)结构2008 2008 年 年5 5 月 月 药学类专业生物化学讲稿 药学类专业生物化学讲稿茎环结构使转录终止的机理 使RNA聚合酶变构,转录停顿;使转录复合物趋于解离,RNA产物释放。5pppG5 335RNA-pol2008 2008 年 年5 5 月 月 药学类专业生物化学讲稿 药学类专业生物化学讲稿(五)真核生物的转录起始1、转录起始真核生物的转录起始上游区段比原核生物多样化,转录起始时,RNA-pol不直接结合模板,其起始过程比原核生物复杂。2008 2008 年 年5 5 月 月 药学类
12、专业生物化学讲稿 药学类专业生物化学讲稿转录起始点TATA盒CAAT盒GC盒 增强子顺式作用元件(cis-acting element)转录起始前的上游区段 AATAAA切离加尾 转录终止点 修饰点 外显子 翻译起始点内含子 OCT-1 OCT-1:ATTTGCAT八聚体2008 2008 年 年5 5 月 月 药学类专业生物化学讲稿 药学类专业生物化学讲稿 转录因子 能直接、间接辨认和结合转录上游区段DNA的蛋白质,现已发现数百种,统称为反式作用因子(trans-acting factors)。反式作用因子中,直接或间接结合RNA聚合酶的,则称为转录因子(transcriptional fa
13、ctors,TF)。2008 2008 年 年5 5 月 月 药学类专业生物化学讲稿 药学类专业生物化学讲稿参与RNA-pol 转录的TF 2008 2008 年 年5 5 月 月 药学类专业生物化学讲稿 药学类专业生物化学讲稿 转录起始前复合物(pre-initiation complex,PIC)真核生物RNA-pol不与DNA分子直接结合,而需依靠众多的转录因子。2008 2008 年 年5 5 月 月 药学类专业生物化学讲稿 药学类专业生物化学讲稿POL-TF FAB由RNA-Pol 催化转录的PIC POL-TF FHETBPTAFTF D-A-B-DNA复合物TATAABTBPTA
14、FTATAHECTD-PPIC组装完成,TF H使CTD磷酸化2008 2008 年 年5 5 月 月 药学类专业生物化学讲稿 药学类专业生物化学讲稿 模板理论(piecing theory)一个真核生物基因的转录需要3至5个转录因子。转录因子之间互相结合,生成有活性,有专一性的复合物,再与RNA聚合酶搭配而有针对性地结合、转录相应的基因。2008 2008 年 年5 5 月 月 药学类专业生物化学讲稿 药学类专业生物化学讲稿2、转录延长真核生物转录延长过程与原核生物大致相似,但因有核膜相隔,没有转录与翻译同步的现象。RNA-pol前移处处都遇上核小体。转录延长过程中可以观察到核小体移位和解聚
15、现象。2008 2008 年 年5 5 月 月 药学类专业生物化学讲稿 药学类专业生物化学讲稿RNA-PolRNA-PolRNA-Pol核小体转录延长中的核小体移位转录方向2008 2008 年 年5 5 月 月 药学类专业生物化学讲稿 药学类专业生物化学讲稿5-AAUAAA-5-AAUAAA-核酸酶-GUGUGUGRNA-polAATAAA GTGTGTG转录终止的修饰点55333 加尾AAAAAAA 3 mRNA3、转录终止 和转录后修饰密切相关。2008 2008 年 年5 5 月 月 药学类专业生物化学讲稿 药学类专业生物化学讲稿几种主要的修饰方式 剪接(splicing)剪切(cle
16、avage)修饰(modification)添加(addition)(六)真核生物的转录后修饰2008 2008 年 年5 5 月 月 药学类专业生物化学讲稿 药学类专业生物化学讲稿1、真核生物mRNA的转录后加工加帽子 5端形成 帽子结构(m7GpppGp)2008 2008 年 年5 5 月 月 药学类专业生物化学讲稿 药学类专业生物化学讲稿帽子结构2008 2008 年 年5 5 月 月 药学类专业生物化学讲稿 药学类专业生物化学讲稿5 pppGp5 GpppGppppG ppi鸟苷酸转移酶5 m7GpppGp甲基转移酶SAM帽子结构的生成5 ppGp磷酸酶 Pi2008 2008 年
17、年5 5 月 月 药学类专业生物化学讲稿 药学类专业生物化学讲稿3 端加上多聚腺苷酸尾巴(poly A tail)加尾巴但多聚A尾形成并不是简单地加入A,而是 先要在mRNA前体的3末端切除一些多余的附加核苷酸,然后再加入多聚A。在mRNA前体3末端11-30核苷酸处有一段AAUAA保守序列,在U7-snRNP的协助下识别,由一种特异的核酸内切酶催化切除多余的核苷酸。随后,在多聚A聚合酶催化下,发生聚合反应形成了3末端多聚A尾。2008 2008 年 年5 5 月 月 药学类专业生物化学讲稿 药学类专业生物化学讲稿2008 2008 年 年5 5 月 月 药学类专业生物化学讲稿 药学类专业生物
18、化学讲稿mRNA的剪接hnRNA 和 snRNA l核内的初级mRNA称为杂化核RNA(hetero-nuclear RNA,hnRNA)lsnRNA(small nuclear RNA)核内的蛋白质小分子核糖核酸蛋白体(并接体,splicesome)snRNA2008 2008 年 年5 5 月 月 药学类专业生物化学讲稿 药学类专业生物化学讲稿真核生物结构基因,由若干个编码区和非编码区互相间隔开但又连续镶嵌而成,去除非编码区再连接后,可翻译出由连续氨基酸组成的完整蛋白质,这些基因称为断裂基因。断裂基因(splite gene)C A B D编码区 A、B、C、D非编码区2008 2008
19、年 年5 5 月 月 药学类专业生物化学讲稿 药学类专业生物化学讲稿外显子(exon)和内含子(intron)l外显子在断裂基因及其初级转录产物上出现,并表达为成熟RNA的核酸序列。l内含子隔断基因的线性表达而在剪接过程中被除去的核酸序列。2008 2008 年 年5 5 月 月 药学类专业生物化学讲稿 药学类专业生物化学讲稿鸡卵清蛋白基因hnRNA首、尾修饰hnRNA剪接成熟的mRNA鸡卵清蛋白基因及其转录、转录后修饰2008 2008 年 年5 5 月 月 药学类专业生物化学讲稿 药学类专业生物化学讲稿鸡卵清蛋白成熟mRNA与DNA杂交电镜图DNAmRNA2008 2008 年 年5 5
20、月 月 药学类专业生物化学讲稿 药学类专业生物化学讲稿内含子的分类 根据基因的类型和剪接的方式,通常把内含子分为4类。I:主要存在于线粒体、叶绿体及某些低等真核生物的 rRNA基因;II:也发现于线粒体、叶绿体,转录产物是mRNA;III:是常见的形成套索结构后剪接,大多数mRNA基因有此类内含子;IV:是tRNA基因及其初级转录产物中的内含子,剪接过程需酶及ATP。2008 2008 年 年5 5 月 月 药学类专业生物化学讲稿 药学类专业生物化学讲稿mRNA的剪接方式 除去hnRNA中的内含子,将外显子连接。snRNP与hnRNA结合成为并接体2008 2008 年 年5 5 月 月 药学
21、类专业生物化学讲稿 药学类专业生物化学讲稿UACUACA-AGUGU4U5U6E1E2U1 U2UACUACA-AGUG U6E1E2U1、U4、U52008 2008 年 年5 5 月 月 药学类专业生物化学讲稿 药学类专业生物化学讲稿pG-OH(ppG-OH,pppG-OH)U-OHGpU pGpA第一次转酯反应第二次转酯反应UpA GpU外显子1内含子外显子2G-OHUpUpGpA剪接过程的二次转酯反应 2008 2008 年 年5 5 月 月 药学类专业生物化学讲稿 药学类专业生物化学讲稿 RNA编辑作用说明,基因的编码序列经过转录后加工,是可有多用途分化的,因此也称为分化加工(dif
22、ferential RNA processing)。mRNA的编辑(mRNA editing)人类apo B基因 mRNA(14500个核苷酸)肝脏apo B100(分子量为500 000)肠道细胞apo B48(分子量为240 000)mRNA编辑6666位CU结果CAAUAA2008 2008 年 年5 5 月 月 药学类专业生物化学讲稿 药学类专业生物化学讲稿2、tRNA的转录后加工tRNA前体RNA pol TGGCNNAGTGC GGTTCGANNCCDNA2008 2008 年 年5 5 月 月 药学类专业生物化学讲稿 药学类专业生物化学讲稿RNAaseP、内切酶2008 2008
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