云计算基础教程实验大纲.pdf
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1、 云 计 算 基 础 教 程 实 验 指 导 书目 录 云 计 算 基 础 教 程 实 验 指 导 书.1实 验 一 MPI的 搭 建 及 OpenMP的 配 置.3实 验 二 集 群 系 统 的 管 理 与 任 务.9实 验 三 PBS.17实 验 四 MAUI.25实 验 五 Ganglia.27实 验 六 Nagios.33实 验 七 VMware虚 拟 机.50实 验 八 VirtualBox的 安 装 与 配 置.63实 验 九 Xen的 安 装 与 配 置.66实 验 十 KVM与 QEMU.80实 验 十 一 GNBD环 境 下 的 冗 余 磁 盘 阵 列.89实 验 十 二 H
2、DFS的 安 装 与 配 置.92实 验 十 三 NFS的 安 装 与 配 置.97实 验 十 四 LVM的 安 装 与 创 建.98实 验 十 五 LVM环 境 下 的 RAID镜 像.102实 验 十 六 Proxmox的 使 用.106实 验 十 七 基 于 Hadoop大 数 据 平 台 的 搭 建 与 配 置.114实 验 M PI的 搭 建 及 OpenMP的 配 置 1.MPI简 介 消 息 传 递 接 口(Message Passing Interface,MPI)是 目 前 应 用 较 广 泛 的 一 种 并 行 计 算 软 件 环 境,是 在 集 群 系 统 上 实 现 并
3、 行 计 算 的 软 件 接 口。为 了 统 一 互 不 兼 容 的 的 用 户 界 面,1992年 成 立 了 MPI委 员 会,负 责 制 定 MPI的 新 标 准,支 持 最 佳 的 可 移 植 平 台。MPI不 是 一 门 新 的 语 言,确 切 地 说 它 是 一 个 C 和 Fortran的 函 数 库,用 户 通 过 调 用 这 些 函 数 接 口 并 采 用 并 行 编 译 器 编 译 源 代 码 就 可 以 生 成 可 并 行 运 行 的 代 码。MPI的 目 标 是 要 开 发 一 个 广 泛 用 于 编 写 消 息 传 递 程 序 的 标 准,要 求 用 户 界 面 实
4、用、可 移 植,并 且 高 效、灵 活,能 广 泛 应 用 于 各 类 并 行 机,特 别 是 分 布 式 存 储 的 计 算 机。每 个 计 算 机 厂 商 都 在 开 发 标 准 平 台 上 做 了 大 量 的 工 作,出 现 了 一 批 可 移 植 的 消 息 传 递 环 境。MPI吸 收 了 它 们 的 经 验,同 时 从 句 法 和 语 法 方 面 确 定 核 心 库 函 数,使 之 能 适 用 于 更 多 的 并 行 机。MPI在 标 准 化 过 程 中 吸 收 了 许 多 代 表 参 加,包 括 研 制 并 行 计 算 机 的 大 多 数 厂 商,以 及 来 自 大 学、实 验
5、室 与 工 业 界 的 研 究 人 员。1992年 开 始 正 式 标 准 化 MPI,1994年 发 布 了 MPI的 定 义 与 实 验 标 准 MPI 1,相 应 的 MPI 2 标 准 也 已 经 发 布。MPI吸 取 了 众 多 消 息 传 递 系 统 的 优 点,具 有 很 好 的 可 以 执 行、易 用 性 和 完 备 的 异 步 通 信 功 能 等。MPI事 实 上 只 是 一 个 消 息 传 递 标 准,并 不 是 软 件 实 现 并 行 执 行 的 具 体 实 现,目 前 比 较 著 名 的 MPI具 体 实 现 有 MPICH.LAMMPI等,其 中 MPICH是 目 前
6、 使 用 最 广 泛 的 免 费 MPI系 统,MPICH2是 MPI 2 标 准 的 一 个 具 体 实 现,它 具 有 较 好 的 兼 容 性 和 可 扩 展 性,目 前 在 高 性 能 计 算 集 群 上 使 用 非 常 广 泛。MPICH2的 使 用 也 非 常 简 单,用 户 只 需 在 并 行 程 序 中 包 含 MPICH的 头 文 件,然 后 调 用 一 些 MPICH2函 数 接 口 将 计 算 任 务 分 发 到 其 他 计 算 节 点 即 可,MPICH2为 并 行 计 算 用 户 提 供 了 100多 个 C 和 Fortran函 数 接 口,表 I T 列 出 了 一
7、 些 常 用 的 MPICH2的 C 语 言 函 数 接 口,用 户 可 以 像 调 用 普 通 函 数 一 样,只 需 要 做 少 量 的 代 码 改 动 就 可 以 实 现 程 序 的 并 行 运 行,MPICH并 行 代 码 结 构 如 图 1-1所 示。表 0 7 常 用 的 MPICH2函 数 接 口 编 号 函 数 名 称 功 能 描 述(1 include“mpi.h”/包 含 MPICH 的 头 文 件(2).:H 其 他 代 码(3)MPl.lnit();II 初 始 化 MP1(4)MP1 Comm rank(MPl COMM WORLD.&rank圈 前 进 程 标 识
8、号(5)MPI Cotnm size(MPl COMM W ORLD,&siz);修 加 运 算 的 进 程 的 个 数(6)MPl_Bcast();II 广 播 发 送 任 务(7)./发 送 的 计 并 任 务(8)MPl_Rcduce();聚 集 各 节 点 运 算 结 果(9)MP1 Finalize();U 结 束 MP101 MPIJnit 初 始 化 MPI接 口 02 M PICommsize 通 信 器 进 程 数 03 M PICom m ranl 当 前 进 程 的 进 程 号 04 MPIBcast 广 播 方 式 发 送 数 据 05 MPIReduce 组 合 数
9、据 到 主 进 程 06 MPIFinalize 终 止 M PI图 1-1 M P I CH并 行 代 码 结 构 在 Linux集 群 环 境 下,MPICH2运 行 并 行 程 序 需 要 借 助 于 网 络 文 件 系 统(Network File System,NFS)共 享 工 作 区 和 使 用 SSH(Secure SHELL)通 过 网 络 发 送 共 享 工 作 区 中 的 并 行 可 执 行 代 码,其 中 NFS需 要 编 译 内 核 使 Linux支 持 网 络 文 件 系 统。NFS的 内 核 选 项 在 File System-*Network File Syst
10、em下,服 务 器 端 要 变 异 NFS Server Support,客 户 端 编 译 NFS Client Support0 下 面 以 在 Red Hat Enterprise Linux 5 上 安 装 MPICH2为 例 简 述 在 IBM Blade集 群 环 境 下 搭 建 MPI并 行 运 行 环 境 的 过 程。2.M P I的 搭 建 1)服 务 器 的 配 置(1)编 译 安 装 MPICH2MPICH2的 安 装 可 以 使 用 根 用 户 root安 装 也 可 以 使 用 普 通 用 户 权 限 安 装,这 里 我 们 以 root用 户 安 装 为 例,首 先
11、 创 建 MPICH2的 安 装 目 录,如/user/local/mpich2-instalL 然 后 指 定 mpich2-l.1.Oal.tar.gz 安 装 包,切 换 到 该 目 录 下 运 行./conf igure-pref ix=/user/local/mpich2-instal 1 指 定 MPICH2安 装 目 录,执 行 命 令 make&make install将 MPICH2的 可 执 行 程 序 及库 文 件 安 装 到/user/local/mpich2-install目 录 下。(2)设 置 NFS服 务 器 端 修/etc/exports,在 文 件 中 加
12、A/user/local/mpich2-install*(rw,no_root_squash,sync)指 定 将 MPICH2的 安 装 目 录(这 里 我 么 将 MPICH2安 装 目 录 作 为 工 作 区)通 过 NFS服 务 器 共 享 给 所 有 客 户 机。(3)设 置 SSH更 改/etc/hosts文 件,添 加 主 机 名 IP地 址,例 如:127.0.0.1 localhost.Localdomain localhost192.168.0.1 bclnl192.168.0.2 bcln2192.168.0.3 bcln3配 置 host,conf文 件 完 成 后,为
13、 了 使 节 点 相 互 通 信 不 需 要 输 入 密 码,还 要 进 行 安 全 验 证 的 配 置,使 用 ssh-keygen-trsa命 令 生 成 SSH密 钥 对。切 换 到/root目 录 下,cp id_rsa.pub authorize_keys将 公 钥 拷 贝 为 授 权 钥 匙,并 将 在/root目 录 下 生 成 的.ssh文 件 夹 拷 贝 到 所 有 节 点。这 里 我 们 使 用 了 IBM集 群 管 理 软 件 XCAT 的 并 行 拷 贝 命 令 pscp-r/root/.ssh bclnl-bclnl4:/root/一 次 性 地 将.ssh目 录 并
14、 行 拷 贝 到 所 有 的 计 算 节 点 上,避 免 重 复 多 次 运 行 SCP命 令 的 麻 烦。(4)修 改 环 境 变 量 profile在/etc/profile中 加 入 MICH2可 执 行 文 件 的 环 境 变 量 export PATH=n$PATH:/user/MPICH-instal 1/b i n 用 命 令 source/etc/profile 是 新 增 加 的 环 境 变 量 生 效。(5)添 加 mpd.conf文 件#echo asecretword=myword/etc/mpd.conf#echo/etc/mpd.conf#echo 600/etc/
15、mpd.conf(6)添 加 主 机 名 称 集 合 文 件 mpd.hosts文 件 在 mpd.hosts文 件 中 加 入 如 下 主 机 名:bclnlbcln22)客 户 端 的 配 置(1)挂 载 网 络 文 件 系 统 在/user/local目 录 下 创 建 mpich2-install文 件 夹,然 后 在/etc/fstab中加 入 需 要 挂 载 的 网 络 文 件 系 统,将 服 务 器 端 共 享 的 工 作 区 挂 载 到 本 地,内 容 如 下。Server:/user/local/mpich2-instal 1/user/local/mpich2-instal
16、1 nfsdefaylts 0 0(2)添 加 环 境 变 量 类 似 于 服 务 器 端,在/etc/profile中 加 入 MPICH2可 执 行 文 件 的 环 境 变 量 ecport PATH=$PATH:/user/MPICH-install/bin”,使 用 命 令 source/etc/prof i le是 新 增 加 的 环 境 变 量 生 效。3)MPICH2 测 试 切 换 到 工 作 区,运 行 mpdboot-n-f mpd.conf 启 动 mpi的 守 护 程 序,该 守 护 程 序 通 知 所 有 参 加 并 行 计 算 的 计 算 节 点,接 下 来 运 行
17、 mpiexec-n cpi命 令 测 试 由 MPICH2提 供 的 计 算 圆 周 率 的 并 行 程 序,若 运 行 完 毕 未 出 现 错 误 提 示,则 表 示 MPICH2的 环 境 配 置 成 功。3.OpenMP 简 介 OpenMP是 一 种 针 对 共 享 内 存 的 多 线 程 编 程 技 术(SMP是 配 合 OpenMP进 行 多 线 程 编 程 的 最 佳 硬 件 架 构),是 由 一 些 具 有 国 际 影 响 力 的 大 规 模 软 件 和 硬 件 厂 商 共 同 定 义 的 的 标 准。它 是 一 种 编 程 指 导 语 句,指 导 多 线 程、共 享 内 存
18、 并 行 的 应 用 程 序 编 程 接 口,OpenMP是 一 种 能 被 用 于 显 示 指 导 多 线 程、共 享 内 存 并 行 的 应 用 程 序 编 程 接 口。其 规 范 由 SGI发 起。OpenMP具 有 良 好 的 可 移 植 性,支 持 多 种 编 程 语 言。OpenMP能 够 支 持 多 种 平 台,包 括 大 多 数 的 类 UNIX及 Windows NT系 统。OpenMP最 初 是 为 了 共 享 内 存 多 处 理 的 系 统 结 构 而 设 计 的 并 行 编 程 方 法,与 通 过 消 息 传 递 进 行 并 行 编 程 的 模 型 有 很 大 的 区
19、别。这 是 用 来 处 理 多 处 理 器 共 享 的 一 个 内 存 设 备 的 情 况。多 个 处 理 器 在 访 问 内 存 的 时 候 使 用 的 是 相 同 的 内 存 编 址 空 间。SMP是 一 种 共 享 内 存 的 体 系 结 构,分 布 式 共 享 内 存 将 多 及 的 内 存 资 源 通 过 虚 拟 化 的 方 式 形 成 一 个 统 一 的 内 存 空 间 提 供 给 多 个 机 器 上 的 处 理 器 使 用,OpenMP对 这 样 的 机 器 也 提 供 了 一 定 的 支 持。OpenMP的 编 程 模 型 以 线 程 为 基 础,通 过 编 译 指 导 语 句
20、 来 显 示 地 指 导 并 行 化,为 编 程 人 员 提 供 了 对 并 行 化 的 完 整 控 制。OpenMP使 用 Fork-Join(派 生 连 接,见 图 1-2)并 行 执 行 模 型。一 个 OpenMP程 序 从 一 个 单 个 线 程 开 始 执 行,在 程 序 某 点 需 要 并 行 时 程 序 派 生(Fork)出 一 些 额 外 的 线 程 组 成 线 程 组,被 派 生 出 来 的 线 程 称 为 组 的 从 属 线 程,并 行 区 域 中 的 代 码 在 不 同 的 线 程 中 并 行 执 行,程 序 执 行 到 并 行 区 域 末 尾,线 程 将 会 等 待
21、直 到 整 个 线 程 组 到 达,然 后 将 它 们 连 接(Join)在 一 起。在 该 点 处 线 程 组 中 的 从 属 线 程 终 止 而 初 始 主 线 程 继 续 执 行 直 到 下 一 个 并 行区 域 到 来。一 个 程 序 中 可 以 定 义 任 意 数 目 的 并 行 块,因 此,在 一 个 程 序 的 执 行 中 可 Foek-Join若 干 次。使 用 OpenMP在 编 译 器 编 译 程 序 时,会 识 别 特 定 的 注 释,而 这 些 特 定 的 注 释 就 包 含 着 OpenMP程 序 的 一 些 语 句。在 C/C+程 序 中,OpenMP是 以#pra
22、gma omp开 始,后 面 跟 具 体 的 功 能 指 令。在 OpenMP中 编 译 指 导 语 句 是 用 来 表 示 开 始 并 行 运 算 的 特 定 注 释,在 编 译 器 编 译 程 序 时,编 译 指 导 语 句 能 够 被 并 行 编 译 程 序 识 别,串 行 编 译 程 序 则 忽 略 这 些 语 句。并 行 编 译 程 序 根 据 这 些 指 导 语 句 将 相 关 代 码 转 换 成 在 并 行 计 算 机 中 运 行 的 代 码。一 条 编 译 指 导 语 句 由 directive(命 令/指 令)和 clause list(子 句 列 表)组 成。OpenMP的
23、 编 译 指 导 语 句 格 式 为:Spragma omp directive-name clause,ClausenewTineStructured-blockOpenMP的 所 有 编 译 指 导 语 句 由#pragma omp开 始,其 中 directive部 分 包 含 OpenMP 的 主 要 命 令,包 括 parallel、for、parallel for、section、sections、single,master,critical,flush、ordered、barrier 和 atomic。这 些 指 令 用 来 分 配 任 务 或 同 步。后 面 的 可 选 子 句
24、 Clause给 出 了 相 应 的 编 译 指 导 语 句 的 参 数,子 句 可 以 影 响 到 编 译 指 导 语 句 的 具 体 行 为,每 一 个 编 译 指 导 语 句 都 有 一 系 列 适 合 它 的 子 句,其 中 有 6 个 指 令(master、critical、flush、ordered、atomic、barrier)不 能 跟 相 应 的 子 句。new-line为 换 行 符,表 示 一 条 编 译 指 导 语 句 的 终 止。编 译 指 令 不 能 嵌 入 C、C+、Fortran语 句,C、C+、Fortran语 句 也 不 能 嵌 入 编 译 指 令。Open
25、MP运 行 时 库 函 数 用 来 设 置 和 获 取 执 行 环 境 相 关 的 信 息,其 中 也 包 含 一 系 列 用 一 同 步 的 API。要 使 用 运 行 时 库 函 数 所 包 含 的 函 数,应 该 在 相 应 的 源 文 件 中 包 含 OpenMP头 文 件,即 omp.h0 OpenMP运 行 时 库 函 数 的 使 用 类 似 与 相 应 编 程 语 言 内 部 的 函 数 调 用。有 编 译 指 导 语 句 和 运 行 时 库 函 数 可 见,OpenMP同 时 结 合 了 两 种 并 行 编 程 的 方 式,通 过 编 译 指 导 语 句,可 以 将 串 行 的
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