2023年pymol使用教程.pdf

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1、pymol 使用教程 pymol使用教程 编辑整理：尊敬的读者朋友们：这里是精品文档编辑中心，本文档内容是由我和我的同事精心编辑整理后发布的，发布之前我们对文中内容进行仔细校对，但是难免会有疏漏的地方，但是任然希望（pymol使用教程）的内容能够给您的工作和学习带来便利。同时也真诚的希望收到您的建议和反馈，这将是我们进步的源泉，前进的动力。本文可编辑可修改，如果觉得对您有帮助请收藏以便随时查阅，最后祝您生活愉快 业绩进步，以下为 pymol使用教程的全部内容。pymol 使用教程 简介安装 Pymol 是一个开放源码，由使用者赞助的分子三维结构显示软件，由 Warren Lyford DeLa

2、no 编写,并且由 DeLano Scientific LLC负责商业发行。Pymol 被用来创作高品质的分子（特别是生物大分子如蛋白质)三维结构。据软件作者宣称，在所有正式发表的科学论文中的蛋白质结构图像中，有四分之一是使用Pymol 来制作的。Pymol 名字的来源:“Py”表示该软件基于 python 这个计算机语言，“Mol”则是英文分子（molucule）的缩写，表示该软件用来显示分子结构。由于实验需要,本人正在学习该软件，在这里把学习过程记录下来，希望对有需要的朋友有所帮助。今天先来说说安装吧。自 2006 年 8 月 1 日起，DeLano Scientific 对事先编译好的

3、PyMOL执行程序(包括beta 版)采取限定下载的措施。目前，只有付费用户可以取得。不过源代码目前还是可以免费下载，供使用者编译。如果你和我一样，不想为此花钱的话：1.如果你是 Windows用户，首先下载 Pymol 的源代码。然后安装 CygWin,并且确保正确安装以下模块：C+（gcc or g+package name)Python OpenGL PNG 然后在源代码目录里面依次运行:2.如果你是 Linux 用户，首先确保以下东东已安装：Python 的工作和学习带来便利同时也真诚的希望收到您的建议和反馈这将是我们进步的源泉前进的动力本文可编辑可修改如是一个开放源码由使用者赞助的分

4、子三维结构显示软件由编写并且由负责商业发行被用来创作高品质的分子特别是生来制作的名字的来源表示该软件基于这个计算机语言则是英文分子的缩写表示该软件用来显示分子结构由于实验需要pymol 使用教程 Pmw OpenGL driver(我用的是 NVdia）libpng Subversion client（下载源代码需要）然后下载 Pymol 的源代码$mkdir pymol-src$svn co https:/pymol。svn.sourceforge。net/svnroot/pymol/trunk/pymol pymolsrc 然后进入源代码目录 cd pymol src 开始依次编译 pyt

5、hon setup。py install python setup2.py install 拷贝执行脚本到某个PATH，安装就搞定了 cp。/pymol/usr/bin 如果运行时得到错误信息ImportError:No module named Pmw，那么你应该运行#python setup2.py install pmw 的工作和学习带来便利同时也真诚的希望收到您的建议和反馈这将是我们进步的源泉前进的动力本文可编辑可修改如是一个开放源码由使用者赞助的分子三维结构显示软件由编写并且由负责商业发行被用来创作高品质的分子特别是生来制作的名字的来源表示该软件基于这个计算机语言则是英文分子的缩写表

6、示该软件用来显示分子结构由于实验需要pymol 使用教程 如果你在使用 Gentoo，请确保编译 python 时添加了 tcl/tk支持,否则运行是会提示错误ImportError:No module named _tkinter#USE=”tcl tk emerge python 好了，下面我们就可以进入 Pymol 的世界了。基本的鼠标操作 里主要介绍一下 Pymol 的基本操作，包括窗口菜单、加载文件、图像的基本鼠标操作等等.当你打开 Pymol 后，你将会看到如下图所示的界面：的工作和学习带来便利同时也真诚的希望收到您的建议和反馈这将是我们进步的源泉前进的动力本文可编辑可修改如是一个

7、开放源码由使用者赞助的分子三维结构显示软件由编写并且由负责商业发行被用来创作高品质的分子特别是生来制作的名字的来源表示该软件基于这个计算机语言则是英文分子的缩写表示该软件用来显示分子结构由于实验需要pymol 使用教程 该界面分为 2 窗口,上面的外部 GUI窗口（External GUI)和下面的 Viewer Window。Viewer Window 又分为左右两块，左边用来显示结构图像的（Viewer)，右边则是一个内部 GUI 窗口（Internal GUI).Viewer自身包含一个命令行(如图中左下方的PyMOL 提示符）,可以用来输入 Pymol 命令；在 Inernal GUI

8、中则可以选定一些特定的对象并完成一些操作.External GUI则包含一个标准菜单、一个输出区、一个命令行输入区以及右边的一些常用命令按钮.请注意,标准的“复制、剪切和粘贴操作只能在 External GUI中完成，并且必须使用“Ctrl C、Ctrl X以及 Ctrl V”来完成，这也是这个所谓的外部 GUI的最重要的优点。加载文件，有二种方法：1.在 External GUI中选择 File Open 2.使用命令行:load load 2vlo。pdb 现在 Pymol 就创建了一个叫 2vlo 的对象,你可以在内部 GUI窗口里面看见这个项目的名字。但是你也可以自己定义该项目的名字（

9、如 test）：Pymol load 2vlo.pdb，test 下面说说如何来操作你新建的对象。首先:Pymol show representation Pymol hide representation 的工作和学习带来便利同时也真诚的希望收到您的建议和反馈这将是我们进步的源泉前进的动力本文可编辑可修改如是一个开放源码由使用者赞助的分子三维结构显示软件由编写并且由负责商业发行被用来创作高品质的分子特别是生来制作的名字的来源表示该软件基于这个计算机语言则是英文分子的缩写表示该软件用来显示分子结构由于实验需要pymol 使用教程 其中representation可以为：cartoon，ribb

10、on,dots,spheres,surface和 mesh。使用这 2 个命令可以让 Pymol 以不同的方式显示蛋白质结构.例如当我们键入：Pymol hide lines Pymol show ribbon 我们将得到如下结果：也许你已经注意到结构中有 2 个一模一样的蛋白质分子，只是方向不同而已，那么如何让 Pymol 只显示当中的一个分子呢?首先输入如下命令：Pymol label all,chains 这个命令的作用是让 Pymol 给蛋白质结构中的“链”编号,你会发现，第一个分子由“链”AE组成,第二个则由 FJ 组成。好了，如果我们想把一个蛋白质分子去掉，那么只要把“链AE或者

11、FJ 去掉即可：Pymol hide ribbon,chain f+g+h+i+j 的工作和学习带来便利同时也真诚的希望收到您的建议和反馈这将是我们进步的源泉前进的动力本文可编辑可修改如是一个开放源码由使用者赞助的分子三维结构显示软件由编写并且由负责商业发行被用来创作高品质的分子特别是生来制作的名字的来源表示该软件基于这个计算机语言则是英文分子的缩写表示该软件用来显示分子结构由于实验需要pymol 使用教程 上面的东东还可以这样完成:Pymol select test，chain f+g+h+i+j Pymol hide ribbon，test 上面的第一句命令的作用是选择“链”FJ，并命名为

12、 test，然后在第二句命令中隐藏它。这样做的好处是，一旦你选择并命名了某个目标，你可以在后面随时对它进行各种操作.并且你在右边的控制面板里面也可以看到你选定的目标,并可以对其进行操作。比如你可以:Pymol hide everything，test Pymol show cartoon,test 这样你会得到:说到这里就提到了 Pymol 的一个比较重要的东东，就是选择并命名目标，它的基本语法就是：Pymol select selectionname，selectionexpression 的工作和学习带来便利同时也真诚的希望收到您的建议和反馈这将是我们进步的源泉前进的动力本文可编辑可修改如

13、是一个开放源码由使用者赞助的分子三维结构显示软件由编写并且由负责商业发行被用来创作高品质的分子特别是生来制作的名字的来源表示该软件基于这个计算机语言则是英文分子的缩写表示该软件用来显示分子结构由于实验需要pymol 使用教程 其中名字可以由字母A/a Z/z，数字0 9 已经下划线_ 组成，但是要避免使用：!$&*()”?/如果你要删除你选定的目标或者整个对象，你可以:Pymol delete selection-name Pymol delete object-name 下面讲讲如何给对象以及目标改变颜色.预定义的颜色名字可以在外部 GUI窗口的Settings Colors中找到：Pymo

14、l color color-name Pymol color color-name,selection-expression 比如我们可以：Pymol color red,ss h Pymol color yellow,ss s Pymol color green,ss l+”其中“ss”代表 secondary structure，“h”代表 Helix，“s”代表 Beta sheet，l+”代表 Loop 和所以其他结构.这 3 句的作用分别是把所有的 Helix 变成红色；把所有的 Beta sheet变成黄色；把的工作和学习带来便利同时也真诚的希望收到您的建议和反馈这将是我们进步的源

15、泉前进的动力本文可编辑可修改如是一个开放源码由使用者赞助的分子三维结构显示软件由编写并且由负责商业发行被用来创作高品质的分子特别是生来制作的名字的来源表示该软件基于这个计算机语言则是英文分子的缩写表示该软件用来显示分子结构由于实验需要pymol 使用教程 所有的 Loop 以及其他部分变成绿色，于是我们得到：Pymol 可以同时打开多个 pdb 文件：Pymol load object-name-1。pdb Pymol load object name-2.pdb 如果你想暂时关闭/打开某个对象,可以这样：Pymol disable object-name-1 Pymol enable obj

16、ect name 1 你也可以用 disable命令去除最后一个选择的目标上出现的粉红色的小点，但是该命令并不会使你选定的目标不可见。Pymol disable selectionname 使用鼠标通常是改变图像视角的最方便的办法，不过命令如 zoom,orient等等有时候使用起来也是很有用的，它们提供了另一种改变图像视角的办法。放大选定目标:Pymol zoom selection-name 的工作和学习带来便利同时也真诚的希望收到您的建议和反馈这将是我们进步的源泉前进的动力本文可编辑可修改如是一个开放源码由使用者赞助的分子三维结构显示软件由编写并且由负责商业发行被用来创作高品质的分子特别

17、是生来制作的名字的来源表示该软件基于这个计算机语言则是英文分子的缩写表示该软件用来显示分子结构由于实验需要pymol 使用教程 定向选定目标，可以使选定目标最大的尺寸水平显示，次大的尺寸竖直显示:：Pymol orient selectionname 你也可以用 view 命令保存你目前的视角,注意，该命令只保存视角，并不保存你的对象显示方式：Pymol view key，action 其中“key”是你随便给当前视角定的名字，“action”可以为：store或者 recall。如果不加任何“action，则默认为recall：Pymol view v1，store Pymol view v

18、1，recall Pymol view v1 说了这么多，最后说说如何保存文件吧。Pymol 有 3 个层面的保存方式，下面来分别说说。1.使用 log_open 命令把你所有使用过的命令记录为一个文本文档：Pymol log_open script file name 这样以后当你再次调用该文档时，Pymol 将执行上面的所有命令:Pymol script file name 不过注意,如果你想记录当前视角，则必须使用 get_view命令。你可以选择外部 GUI窗口中的 File Append/Resume/Close Log来分别暂停记录/恢复记录/停止记录该文档。你可以随时编辑该文档。

19、在 linux 下，该文档的默认保存目录为当前用户的 home目录。的工作和学习带来便利同时也真诚的希望收到您的建议和反馈这将是我们进步的源泉前进的动力本文可编辑可修改如是一个开放源码由使用者赞助的分子三维结构显示软件由编写并且由负责商业发行被用来创作高品质的分子特别是生来制作的名字的来源表示该软件基于这个计算机语言则是英文分子的缩写表示该软件用来显示分子结构由于实验需要pymol 使用教程 2.如果你想下次打开Pymol时直接回到当前所在的状态，那么你可以选择外部GUI窗口里面的 File Save Session，创建一个会话文件（.pse）.该会话文件和上面提到的文档文件的区别在于，首先

20、文档文件可以编辑，但会话文件不可以；记录文档文件前必须先运行 log_open 命令，而会话文件可以随时创建；最后文档文件以文档形式运行（），而打开会话文件则必须选择外部 GUI窗口中的 File Open。什么时候需要创建会话文件呢？比如当你在某时有多个选择时，你可以保存当前状态，然后一一尝试这些选择，不满意时只需要重新打开该会话文件即可。也就是说创建会话文件起到了“undo的作用，这正是 Pymol 所缺少的。希望开发者能赶快加入该功能，那么这个会话文件好像就没什么大用了，呵呵。3.如果你觉得当前显示窗口里面显示的结构图像已经满足你的要求了，你可以把它保存为图片.在这之前你可以使用 ray

21、 命令来优化你的图像，它可以使你的图像具有三维的反射及阴影特效：Pymol ray Pymol pngyour_path/image_name 的工作和学习带来便利同时也真诚的希望收到您的建议和反馈这将是我们进步的源泉前进的动力本文可编辑可修改如是一个开放源码由使用者赞助的分子三维结构显示软件由编写并且由负责商业发行被用来创作高品质的分子特别是生来制作的名字的来源表示该软件基于这个计算机语言则是英文分子的缩写表示该软件用来显示分子结构由于实验需要pymol 使用教程 最后就用该命令导出的图片结束这次笔记吧。Pymol 命令的语法与目标选择的表达 上次介绍一些 Pymol 的基本命令.现在来具体

22、说说 Pymol 命令的语法，还有在选择操作目标应该如果表达。个人觉得这部分内容对学习 Pymol 来说是至关重要的。从上次讲的一些例子中不难看出，Pymol 的命令都是由关键词（keyword)加上一些变量(argument)组成，格式如下：Pymol keyword argument 其中关键词（keyword）当然是必须的，而变量则不是必须的，比如退出命令 quit 就不需要附加变量：Pymol quit 当然更多的命令通常是需要加变量的，比如放大命令 zoom，但是你会发现即使你不加任何变量该命令也可以被执行，这是因为 Pymol 的许多命令有一个的工作和学习带来便利同时也真诚的希望收

23、到您的建议和反馈这将是我们进步的源泉前进的动力本文可编辑可修改如是一个开放源码由使用者赞助的分子三维结构显示软件由编写并且由负责商业发行被用来创作高品质的分子特别是生来制作的名字的来源表示该软件基于这个计算机语言则是英文分子的缩写表示该软件用来显示分子结构由于实验需要pymol 使用教程 默认变量，下面两个命令的作用是一样的，其中的目标选择 all 就是 zoom的默认变量：Pymol zoom Pymol zoom all 还有些命令可以带多个参数，比如加色命令 color，它的用法如下：Pymol color color name Pymol color color name，select

24、ion-expression 第一个 color虽然只带一个变量”color name，但其实它包含了第二个默认变量 all，所以它的作用是把整个结构变成color-name”的颜色。第二个 color带两个变量，和第一个的区别就是把默认的目标选择变量 all变成了”selectionexpression，也就是说只有被这个变量选中的部分才会被变成color name定义的颜色。要注意的是，如果一个命令带多个变量，则这些变量之间必须用逗号”,”隔开。通过这个例子,大家可以发现，有些变量本身是很简单的，比如”color-name，就是一个颜色名字而已，没什么复杂的。另一些则不一样，比如”sele

25、ction-expression”，它可以很简单，也可以非常的复杂。这个东东,我称之为选择表达，对 Pymol 命令的使用非常重要,所以下面要详细的讲一下。选择表达（selectionexpression)表示的实际就是一些被选中的部分，它们可以是一些个原子,一些个 Helix,一些个 Beta sheet，或者它们的混合物。你可以给你的选择表达起个名字，以便可以多次使用它们。名字可以由大小写字母，数字以及下划线_ 组成，但是因避免使用下列符号：的工作和学习带来便利同时也真诚的希望收到您的建议和反馈这将是我们进步的源泉前进的动力本文可编辑可修改如是一个开放源码由使用者赞助的分子三维结构显示软件

26、由编写并且由负责商业发行被用来创作高品质的分子特别是生来制作的名字的来源表示该软件基于这个计算机语言则是英文分子的缩写表示该软件用来显示分子结构由于实验需要pymol 使用教程!%&*（）?/选择表达由所谓的”selector”加上”identifier”组成，其中selector定义了某类属性，而”identifier则在该类属性下需要被选择的部分。如下例:Pymol select test，name c+o+n+ca 其中”name就是一个 selector，它表示在 pdb 文件中描述的原子的名字；c+o+n+ca 则是对应的indentifier”，它表示我们要选择 pdb 文件中名字

27、叫”ca+cb的原子(ca 代表 alpha carbon,cb代表 beta carbon）.整个语句的作用就是选择上诉的原子并命名为”test，这样我们可以在后面继续使用它。下表列出了大多数的 selector:Selector 简写 Identifier及例子 symbol e。chemical symbol-list 周期表中的元素符号 Pymol select polar,symbol o+n name n。atomname-list pdb 文件中的原子名字 Pymol select carbons，name ca+cb+cg+cd resn r。residue-name-list

28、 氨基酸的名字 Pymol select aas，resn asp+glu+asn+gln resi i.residue-identifier-list pdb 文件中基团的编号 的工作和学习带来便利同时也真诚的希望收到您的建议和反馈这将是我们进步的源泉前进的动力本文可编辑可修改如是一个开放源码由使用者赞助的分子三维结构显示软件由编写并且由负责商业发行被用来创作高品质的分子特别是生来制作的名字的来源表示该软件基于这个计算机语言则是英文分子的缩写表示该软件用来显示分子结构由于实验需要pymol 使用教程 Pymol select mults10，resi 1+10+100 residue ide

29、ntifier-range Pymol select nterm,resi 110 alt alt alternateconformation-identifier-list 一些单字母的列表，选择具有 2 种构型的氨基酸 Pymol select altconf，alt a+b chain c.chain-identifierlist 一些单字母或数字的列表 Pymol select firstch,chain a segi s。segment identifierlist 一些字母(最多位）的列表 Pymol select ligand，segi lig flag f。flag numme

30、r 一个整数（）Pymol select f1,flag 0 numeric_type nt。type-nummer 一个整数 Pymol select type1，nt.5 text_type tt。type-string 一些字母(最多位）的列表 Pymol select subset，tt。HA+HC id id externalindex-number 的工作和学习带来便利同时也真诚的希望收到您的建议和反馈这将是我们进步的源泉前进的动力本文可编辑可修改如是一个开放源码由使用者赞助的分子三维结构显示软件由编写并且由负责商业发行被用来创作高品质的分子特别是生来制作的名字的来源表示该软件基于

31、这个计算机语言则是英文分子的缩写表示该软件用来显示分子结构由于实验需要pymol 使用教程 一个整数 Pymol select idno,id 23 index idx。internalindex-number 一个整数 Pymol select intid,index 23 ss ss secondary structure-type 代表该类结构的单字母 Pymol select allstrs，ss h+s+l+下表是另一些 Selector,有关比较的：Selector 简写 Identifier及例子 b b comparison operator bfactor value 一个实

32、数，用来比较 bfactor Pymol select fuzzy,b 12 q q comparison operator occupancy-value 一个实数，用来比较 occupancy Pymol select lowcharges,q 0。5 formal_charge fc。comparison operator formal chargevalue 一个整数，用来比较 formal charge Pymol select doubles，fc.=-1 partial_charge pc。comparison-operator partial chargevalue 一个实数，

33、用来比较 partial charge Pymol select hicharges,pc.-1 的工作和学习带来便利同时也真诚的希望收到您的建议和反馈这将是我们进步的源泉前进的动力本文可编辑可修改如是一个开放源码由使用者赞助的分子三维结构显示软件由编写并且由负责商业发行被用来创作高品质的分子特别是生来制作的名字的来源表示该软件基于这个计算机语言则是英文分子的缩写表示该软件用来显示分子结构由于实验需要pymol 使用教程 另外有一些 Selector是不需要 Identifier的,它们被列在下表中：Selector 简写 描述 all 所有当前被 Pymol 加载的原子 none none

34、什么也不选 hydro h.所有当前被 Pymol 加载的氢原子 hetatm het 所有从蛋白质数据库 HETATM 记录中加载的原子 visible v。所有在被“可见的显示的对象中的原子 present pr。所有的具有定义坐标的原子 在 Identifier中用到的原子以及氨基酸的命名规则可以在下面的网址中找到:http：/www。wwpdb。org/docs.html 在选择表达中,selector还可以配合逻辑操作子（logical operator）使用,这样我们可以表达更加复杂的选择.这些操作子被列于下表中：Operator 简写 效果与例子 not s1!s1 选择原子但不

35、包括 s1 中的 Pymol select sidechains，！bb s1 and s2 s1 s2 选择既在 s1 又在 s2 中的原子 Pymol select far_bb,bb farfrm_ten s1 or s2 s1|s2 选择s1 或者 s2 中的原子（也就是包含全部的 s1 和s2 原子）Pymol select all_prot，bb|sidechain s1 in s2 s1 in s2 选择 s1 中的那些原子，其 identifiers(name,resi,resn,的工作和学习带来便利同时也真诚的希望收到您的建议和反馈这将是我们进步的源泉前进的动力本文可编辑可修

36、改如是一个开放源码由使用者赞助的分子三维结构显示软件由编写并且由负责商业发行被用来创作高品质的分子特别是生来制作的名字的来源表示该软件基于这个计算机语言则是英文分子的缩写表示该软件用来显示分子结构由于实验需要pymol 使用教程 chain,segi）全部符合 s2 中对应的原子 Pymol select same_atom,pept in prot s1 like s2 s1 l。s2 选择 s1 中的那些原子，其 identifiers（name，resi）符合 s2 中对应的原子 Pymol select similar_atom,pept like prot s1 gap X s1 g

37、ap X 选择那些原子,其 van der Waals半径至少和 s1 的 van der Waals 半径相差 X Pymol select farfrm_ten,resi 10 gap 5 s1 around X s1 a。X 选择以 s1 中任何原子为中心，X为半径,所包括的所有原子 Pymol select near_ten，resi 10 around 5 s1 expand X s1 e。X 选择以 s1 中任何原子为中心，X为半径,然后把 s1 扩展至该新的范围所包含的所有原子 Pymol select near_ten_x，near10 expand 3 s1 within X

38、 of s2 s1 w.X of s2 选择以 s2 为中心，X为半径,并包含在 s1 中的原子 Pymol select bbnearten，bb w.4 of resi 10 byres s1 br.s1 把选择扩展到全部 residue Pymol select complete_res,br.bbnear10 byobject s1 bo.s1 把选择扩展到全部 object Pymol select near_obj，bo.near_res neighbor s1 nbr.s1 选择直接和 s1 相连的原子 Pymol select vicinos,nbr.resi 10 的工作和学

39、习带来便利同时也真诚的希望收到您的建议和反馈这将是我们进步的源泉前进的动力本文可编辑可修改如是一个开放源码由使用者赞助的分子三维结构显示软件由编写并且由负责商业发行被用来创作高品质的分子特别是生来制作的名字的来源表示该软件基于这个计算机语言则是英文分子的缩写表示该软件用来显示分子结构由于实验需要pymol 使用教程 这些逻辑选择还可以组合使用。比如你想选择 chain b，但是不选择其中的residue 88：Pymol select chain b and(not resi 88)在使用多重逻辑选择时，为了让 Pymol 正确处理顺序,请使用括号，这样最里层括号里面的内容将会被最先处理，以此

40、类推。好了，目标选择就先说到这里.其实关于目标选择还有所谓的“宏可以用，可以简化表达式，准备下次说说.by Wei L-www.donkeyhome.org PyMOL 用法（教程三）Pymol 的选择宏 上次具体讲了如何在 Pymol 中怎么用 selection-expression选取目标，其实在某些情况下，还可以用 Pymol 提供的宏来选择操作目标。使用这个选择宏往往可以是一个原本很复杂的表达变得简单紧凑。例如我们想选择 2vlo 这个 pdb 文件中的”chain a”中的第 100 个基团的 炭原子,如果用 selectionexpression来表达的话是这样：Pymol se

41、lect chain a and resi 100 and ca 如果用宏的，可以这样:的工作和学习带来便利同时也真诚的希望收到您的建议和反馈这将是我们进步的源泉前进的动力本文可编辑可修改如是一个开放源码由使用者赞助的分子三维结构显示软件由编写并且由负责商业发行被用来创作高品质的分子特别是生来制作的名字的来源表示该软件基于这个计算机语言则是英文分子的缩写表示该软件用来显示分子结构由于实验需要pymol 使用教程 Pymol select a/100/ca 是不是觉得简单了很多。好了，下面就来详细讲讲这个宏吧.因为这个宏是用来选择目标的，所以我称之为选择宏，它用斜杠”/来定义Identifier

42、，并且它使用上次介绍过的逻辑操作子and。一个完整的，按顺序的选择宏的表达如下:/objectname/segi identifier/chainidentifier/resi-identifier/nameidentifier 之所以说选择宏是有顺序的，是因为 Pymol 就是靠顺序判断每个斜杠后面的东东都是什么东东。如果再细分一下的话，其实这个选择宏有 2 种写法,一个是带开头的斜杠，另一个是不带开头斜杠。区别是：如果不以斜杠开头,那么 Pymol 则认为你的表达式的最后一项就是选择宏的末尾的最后一项,也就是 name-identifier.例如:Pymol show lines,a/10

43、0/ca Pymol show lines,100/ca 如过以斜杠开头，那么 Pymol 就认为你是从选择宏的表达式的顶端开始的,也就是从/object-name开始的。例如:Pymol zoom/2vl0/a/100/ca Pymol zoom/2vl0/a/100 细心的读者肯定发现了上面的例子中有两道斜杠中间什么内容也没有，不会是写错了吧？当然不是,其实在这种情况下 Pymol 会默认选择这个两道斜杠中被省略的Identifier列表中的全部元素,也就是说被省略的部分被 Pymol 当作了一个通配符.例如上例中我要选择全部的segment，所以我就把它给省略不写了，呵呵，方便吧。在举些

44、例子来说明一下：的工作和学习带来便利同时也真诚的希望收到您的建议和反馈这将是我们进步的源泉前进的动力本文可编辑可修改如是一个开放源码由使用者赞助的分子三维结构显示软件由编写并且由负责商业发行被用来创作高品质的分子特别是生来制作的名字的来源表示该软件基于这个计算机语言则是英文分子的缩写表示该软件用来显示分子结构由于实验需要pymol 使用教程 Pymol color green,a/142/斜杠后面的name-identifier被省略了，所以第 142 号基团的素有原子都会变成绿色.Pymol shwo cartoon，a/a 斜杠后面的resi-identifier以及最后斜杠后面的”nam

45、eidentifier”被省略了，所以整个 a 链将以 cartoon的方式被显示。Pymol zoom/2vl0/b 2 个斜杠间的segi-identifier被省略，所以所有的 b 链将被放大。最后总结一下，Pymol 的选择宏必须至少包含一个斜杠”/，以此来和 Pymol的”selectexpression”区分；并且不能包含空格，因为Pymol 是把宏作为一个词来读取的;还有就是其实 Pymol 在执行宏的时候首先是把它翻译成正常的”select-expression，然后再执行的。关于 cartoon cartoon经常被用来显示一个蛋白质的总体结构，看起来也很漂亮。这次就来说说它

46、的具体用法。不久前本人刚搞定了一个 Glucosyltransferase的结构,所以下面所有的例子都用来它来说明.cartoon的命令格式如下：Pymol cartoon type,（selection）总结一下 cartoon的显示类型：的工作和学习带来便利同时也真诚的希望收到您的建议和反馈这将是我们进步的源泉前进的动力本文可编辑可修改如是一个开放源码由使用者赞助的分子三维结构显示软件由编写并且由负责商业发行被用来创作高品质的分子特别是生来制作的名字的来源表示该软件基于这个计算机语言则是英文分子的缩写表示该软件用来显示分子结构由于实验需要pymol 使用教程 automatic：默认的显示

47、方式 loop tube：比 loop 粗点 的工作和学习带来便利同时也真诚的希望收到您的建议和反馈这将是我们进步的源泉前进的动力本文可编辑可修改如是一个开放源码由使用者赞助的分子三维结构显示软件由编写并且由负责商业发行被用来创作高品质的分子特别是生来制作的名字的来源表示该软件基于这个计算机语言则是英文分子的缩写表示该软件用来显示分子结构由于实验需要pymol 使用教程 putty:这个比较有趣，按照 Rfactor来显示，越高越粗 oval 的工作和学习带来便利同时也真诚的希望收到您的建议和反馈这将是我们进步的源泉前进的动力本文可编辑可修改如是一个开放源码由使用者赞助的分子三维结构显示软件由

48、编写并且由负责商业发行被用来创作高品质的分子特别是生来制作的名字的来源表示该软件基于这个计算机语言则是英文分子的缩写表示该软件用来显示分子结构由于实验需要pymol 使用教程 rectangle arrow:和 rectangle几乎一样，就是多了个箭头 的工作和学习带来便利同时也真诚的希望收到您的建议和反馈这将是我们进步的源泉前进的动力本文可编辑可修改如是一个开放源码由使用者赞助的分子三维结构显示软件由编写并且由负责商业发行被用来创作高品质的分子特别是生来制作的名字的来源表示该软件基于这个计算机语言则是英文分子的缩写表示该软件用来显示分子结构由于实验需要pymol 使用教程 dumbbell

49、：在 oval 的基础上，在 helix的边缘加上一个 cylinder 的工作和学习带来便利同时也真诚的希望收到您的建议和反馈这将是我们进步的源泉前进的动力本文可编辑可修改如是一个开放源码由使用者赞助的分子三维结构显示软件由编写并且由负责商业发行被用来创作高品质的分子特别是生来制作的名字的来源表示该软件基于这个计算机语言则是英文分子的缩写表示该软件用来显示分子结构由于实验需要pymol 使用教程 skip:隐藏,该图中隐藏了 6120 号氨基酸。下面说说如何设置 cartoon的一些具体细节。比较下面的 2 幅图：的工作和学习带来便利同时也真诚的希望收到您的建议和反馈这将是我们进步的源泉前进

50、的动力本文可编辑可修改如是一个开放源码由使用者赞助的分子三维结构显示软件由编写并且由负责商业发行被用来创作高品质的分子特别是生来制作的名字的来源表示该软件基于这个计算机语言则是英文分子的缩写表示该软件用来显示分子结构由于实验需要pymol 使用教程 你会发现第一张图中 sheets是平的，而当中的那个氨基酸的支链并没连接在 sheet上,这是因为为了显示的漂亮，把 sheet 人为的抹平了。而第二张图中的 sheets则表达了蛋白质的真实走向，所以氨基酸的支链也显示正常。也就是说，如果你想表达某个局部的具体细节的时候，最好采用第二张图中的显示方式.2 张图对应的命令分别是:的工作和学习带来便利