复旦大学附属中山医院分子病理检测报告.docx

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1、姓名：性别：年龄：标本类型:复旦大学附属中山医院分子病理检测报告出生地：申请医生:申请日期:病理号：21S71226门诊号：住院号：病理诊断：（4R组淋巴结）倾向转移性腺癌结果小结基因检测结果变异丰度/拷贝数变异分类检测结果EGFRexon19c.2239_2251delinsC40.46%I类检测结果PTENp.(L747_T751delinsP) exon3c.176CG35.57%II类检测结果PIK3CAp.(S59*) exon10c.1624GA13.39%II类p.(E542K)二检测结果基因基因变异结果变异丰度/拷贝数变异分类临床提示（敏感性，证据等级）exon19EGFR c

2、.2239 2251delinsC40.46%p.(L747_T751delinsP)奥希替尼（敏感,A级）厄洛替尼+雷莫芦单抗（敏感,A级） 厄洛替尼+贝伐珠单抗（敏感,A级） 阿法替尼（敏感,A级）达可替尼（敏感,A级）埃克替尼（敏感,A级） 吉非替尼（敏感,A级）厄洛替尼（敏感,A级）EGFR基因的c.2239_2251delinsC p.（L747_T751delinsP）为缺失插入突变，可导致基因编码蛋白第747位至 751位氨基酸缺失并插入一个脯氨酸,该突变属于EGFR基因的19号外显子上的缺失突变，为明确的致病性 变异解读 突变。19号外显子缺失突变在EGFR突变阳性的非小细胞肺

3、癌中发生概率约为48% （ PMID:）,是常见的驱 动突变，它可使EGFR持续激活,从而导致下游信号通路的持续活化。ClinVar数据库记录该突变为drug response （ ClinVarID=16610 ）, OncoKB数据库记录该突变为致病性突变。FDA/NMPA已经批准奥希替尼（Osimertinib 吉非替尼（Gefitinib ）、阿法替尼（Afatinib ）、厄洛替尼 （Erlotinib 达可替尼（Dacomitinib 埃克替尼（Icotinib ）等用于EGFR突变的肺癌患者的治疗。另外,对携带EGFR敏感突变的患者，NCCN指南优先推荐奥希替尼用于一线治疗,其他

4、推荐中用于一线治疗的药 物还包括：厄洛替尼、阿法替尼、吉非替尼、达可替尼及厄洛替尼+雷莫芦单抗；并认为在特定条件下的患者 可使用厄洛替尼+贝伐珠单抗进行治疗；其中对于出现脑转移的患者，不建议使用达可替尼。帕尼单抗(耐药,C级) 西妥昔单抗(耐药,C级) 依维莫司(耐药,C级) KU (敏感D级) PX-866 (敏感D级)雷帕霉素(西罗莫司)(敏感,D级)PTEN基因的c.176CG p.(S59*)为无义突变，可导致基因编码蛋白第59位氨基酸由丝氨酸变为终止密码子, 形成截短的蛋白。根据JAX CKB数据库记录，该突变可导致Pten蛋白在第59位氨基酸处过早截断()。虽然 变异解读 S59*

5、尚未被描述,然而，考虑到第S59位氨基酸下游其他截短突变的影响(PMID:),因此预测该突变会导致Pten蛋白功能缺失。ClinVar数据库记录该突变为Pathogenic(ClinVarID=404151) ,OncoKB数据库认为导 致该蛋白发生截短的突变为疑似致病性突变。PTENexon3c.176CGp.(S59*)35.57%II类帕尼单抗.西妥昔单抗：一项针对结直肠癌的临床实验中，研究者对27位经历西妥昔单抗(Cetuximab )联合化疗治疗的晚期患者进 行基因检测发现，PTEN缺失可能导致患者对EGFR抗体如西妥昔单抗(Cetuximab )或帕尼单抗 (Panitumumab

6、 )的治疗不敏感(PMID:)。依维莫司：在一项综合性的研究中，研究者对接受过依维莫司治疗的膀胱移行细胞癌患者进行PIK3CA基因的检测并分 析后，发现PTEN缺失或低表达的患者相对PTEN正常表达的患者具有更短的无进展生存期(61天vs 119 天)，提示PTEN缺失可能导致依维莫司(Everolimus )耐药(PMID:)。g KU ：研究证据有研究提示(PMID:) , PTEN基因功能失活突变(loss of function )常见于子宫内膜癌中,会导致同源重组修 复DNA双链断裂功能缺陷。研究中测定8个子宫内膜癌细胞系PTEN状态，并体外给予PARP抑制剂KU。 PTEN缺陷的细

7、胞对KU敏感性明显高于PTEN野生型子宫内膜癌细胞系。PX-866 :一项体外实验研究认为，某些PI3K抑制剂如PX-866等可能对PTEN缺失的肿瘤产生一定的治疗效果 (PMID:)。雷帕霉素(西罗莫司)：在一项体外临床前试验表明，PI3K-mT0R抑制剂如雷帕霉素(Rapamycin )对PTEN缺失的细胞具有抑制作 用(PMID:, PMID:)。PIK3CAexon10c.1624GAp.(E542K)13.39%Apitolisib (敏感 C 级)阿培利司+氟维司群(敏感,C级)阿司匹林(敏感,C级)依维莫司(敏感,C级)“dwPIK3cA基因的c.1624GA p.(E542K)

8、为错义突变,可导致基因编码蛋白第542位氨基酸由谷氨酸变为赖氨酸。根据JAX CKB数据库记录,E542K突变是一个热点突变，位于Pik3ca蛋白的PIK螺旋结构域内()。该突变可导致Akt的磷酸化增加，不依赖生长因子的细胞存活(PMID:, PMID:, PMID: )。ClinVar和OncoKB数 据库均记录该突变为致病性突变(ClinVarID=31944 XApitolisib :药物Apitolisib在临床试验中被证明对于PIK3CA突变阳性的头颈癌具有良好的效果(PMID: )o阿培利司+氟维司群：目前FDA已批准Alpelisib联合氟维司群(Fulvestrant)治疗携带

9、PIK3CA基因突变的HR+/HER2版期或 转移性乳腺癌患者。研究证据阿司匹林：一项回顾性研究发现(PMID: ), PIK3cA突变的结直肠癌患者，与未使用阿司匹林治疗的患者相比，在确诊 后常规使用阿司匹林作为辅助治疗的患者具有更长的生存期；但是在PIK3CA野生型的患者中未观察到这一 差别。依维莫司：一项III期试验回顾性分析中，带有PIK3CA H1047R/E545K/E542K突变的HR阳性、Her2受体阴性乳腺癌 患者在接受Everolimus的治疗后,取得了较好的无进展生存(PMID:)。附录1.检测内容及方法主要检测基因列表及突变类型基因名称突变类型基因名称突变类型基因名称突

10、变类型EGFRSNVZ InDeiKRASSNV, InDeiMETSNV, InDei, Exon 14 Skipping, CNAALKFusion, SNV, InDeiNRASSNVZ InDeiR0S1Fusion, SNV, InDeiBRAFSNVr InDeiERBB2SNV, InDei, CNARETFusion, SNV, InDeiPIK3CASNVZ InDeiMSI附录基因AKT1ESRIHRASMAP2K1NTRK1PTENCDK4FGFR1IDH1MYCNTRK2RBICTNNB1FGFR2IDH2NFE2L2NTRK3STK11DDR2FGFR3KEAP1NK

11、X2-1PDGFRATP53DPYDFGFR4KITNRG1POLEUGT1A1检测方法：扩增子测序（Amplicon-based NGS ）检测平台：Illumina Nextseq CN500检测内容：已获批靶向治疗药物及正在研发的相关靶向治疗药物的标志物的检测,及微卫星不稳定性（MSI）检测，检测突变类型 包括点突变、插入缺失、融合和拷贝数扩增（CNA ）附录2.检测质控参数质控参数样本质量评估恶性肿瘤细胞占比()/20%平均测序深度2959.921000平均白效测序深度1450.3400覆盖度100.00%98%测序质量评估均一性98.12%90%比对率93.69%85%碱基质量Q30

12、占比94.49%80%RNA Control132620数值质控标准总体质量评估合格肿瘤细胞含量低于30%可能影响MSI和CNA检测的准确性1 .平均深度：校正前目标区域每个碱基被覆盖到的次数的平均值.平均有效深度：校正后目标区域每个碱基被覆盖到的次数的平均值2 .覆盖度：检测到的区域占目标区域的比例.均一性：测序深度大于平均深度的20%的区域的占比3 .比对率：可以比对至参考序列上的reads的比例. Q30:测序的准确率大于99.9%的碱基的比例4 . RNA内参拷贝数(RNA Control ):该拷贝数低于20时，可能是RNA质量较差或RNA反转录投入量不足,或RNA中含有抑 制剂，一

13、般应重新提取RNA进行实验。附录3.声明告知.本检测项目中使用的参考基因组版本为hg19，报告中的变异命名遵从HGVS指南()中的相关规定进行命名。1 .变异分类:综合变异在治疗、诊断和预后方面相关研究证据，将变异分为4类：I类为强临床意义；II类为潜在临床意义；III类 为临床意义不明；IV类为良性何能良性。本报告中仅列出LIII类变异。2 .检测结果中仅列出与临床意义相关性的证据水平分为A级、B级的用药指导。A级：对应癌种中FDA/NMPA批准或指南推 荐的治疗、诊断和(或)预后的相关标志物;B级：专家共识或III/IV期临床试验研究表明对患者肿瘤治疗有敏感或耐药、或 具有诊断、预后意义的生物标志物。3 .对于组织样品，肿瘤存在异质性，即不同病灶甚至同一病灶内的组织的突变图谱可能也存在差异；另外，不同疾病发展或治 疗阶段取出的样本中的突变可能不同；因此，本检测报告仅对此次送检的样本负责。并且，样品的基因组中可能存在的一些 罕见或复杂突变，本项目不能完全检测。4 .本报告中对于突变位点的解读是基于当前已发表的文献、指南、公共数据库及临床研究结果，随着研究的发展，特定位点的 解读可能发生变更。本报告仅为临床治疗或诊断提供参考，具体的诊断结果及治疗决策应由临床医生综合患者的各种临床信 息和检测结果进行判断。报告医师:报告日期：