动物生物化学重点笔记.docx
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1、09 动物科学 王祖财生物化学重点笔记绪论一、生物化学的的概念:生物化学biochemistry)是利用化学的原理与方法去探讨生命的一门科学,它是介于化学、生物学及物理学之间的一 门边缘学科。二、生物化学的进展: 1表达生物化学阶段:是生物化学进展的萌芽阶段,其主要的工作是分析和争论生物体的组成成分以及生物体的分泌 物和排泄物。 2动态生物化学阶段:是生物化学蓬勃进展的时期。就在这一时期,人们根本上弄清了生物体内各种主要化学物质的 代谢途径。3分子生物学阶段:这一阶段的主要争论工作就是探讨各种生物大分子的构造与其功能之间的关系。三、生物化学争论的主要方面:1生物体的物质组成:高等生物体主要由蛋
2、白质、核酸、糖类、脂类以及水、无机盐等组成,此外还含有一些低分子 物质。 2物质代谢:物质代谢的根本过程主要包括三大步骤:消化、吸取中间代谢排泄。其中,中间代谢过程是在细胞 内进展的,最为简单的化学变化过程,它包括合成代谢,分解代谢,物质互变,代谢调控,能量代谢几方面的内容。 3细胞信号转导:细胞内存在多条信号转导途径,而这些途径之间通过肯定的方式方式相互交织在一起,从而构成了 格外简单的信号转导网络,调控细胞的代谢、生理活动及生长分化。 4生物分子的构造与功能:通过对生物大分子构造的理解,提醒构造与功能之间的关系。5遗传与生殖:对生物体遗传与生殖的分子机制的争论,也是现代生物化学与分子生物学
3、争论的一个重要内容。第一章 蛋白质的构造与功能一、氨基酸:1. 构造特点:氨基酸(amino acid)是蛋白质分子的根本组成单位。构成自然蛋白质分子的氨基酸约有20 种,除脯氨酸为-亚氨基酸、甘氨酸不含手性碳原子外,其余氨基酸均为L-氨基酸。2. 分类:依据氨基酸的R 基团的极性大小可将氨基酸分为四类: 非极性中性氨基酸(8 种); 极性中性氨基酸(7 种); 酸性氨基酸(Glu 和 Asp); 碱性氨基酸(Lys、Arg 和 His)二、 肽键与肽链:肽键(peptide bond)是指由一分子氨基酸的-羧基与另一分子氨基酸的-氨基经脱水而形成的共价键(-CO-NH-)。氨基酸分子在参与形
4、成肽键之后,由于脱水而构造不完整,称为氨基酸残基。每条多肽链都有两端:即自由氨基端(N 端) 与自由羧基端(C 端),肽链的方向是N 端C 端。三、肽键平面(肽单位):肽键具有局部双键的性质,不能自由旋转;组成肽键的四个原子及其相邻的两个碳原子处在同一个平面上,为刚性 平面构造,称为肽键平面。四、蛋白质的分子构造:蛋白质的分子构造可人为分为一级、二级、三级和四级构造等层次。一级构造为线状构造,二、三、四级构造为空间 构造。1. 一级构造:指多肽链中氨基酸的排列挨次,其维系键是肽键。蛋白质的一级构造打算其空间构造。2. 二级构造:指多肽链主链骨架盘绕折叠而形成的构象,借氢键维系。主要有以下几种类
5、型:-螺旋:其构造特征为:主链骨架围绕中心轴盘绕形成右手螺旋;螺旋每上升一圈是3.6 个氨基酸残基,螺距为 0.54nm; 相邻螺旋圈之间形成很多氢键; 侧链基团位于螺旋的外侧。影响-螺旋形成的因素主要是: 存在侧链基团较大的氨基酸残基; 连续存在带一样电荷的氨基酸残基; 存第- 1 -页/共17页09 动物科学 王祖财在脯氨酸残基。-折叠:其构造特征为: 假设干条肽链或肽段平行或反平行排列成片; 全部肽键的C=O 和 NH 形成链间氢键;侧链基团分别交替位于片层的上、下方。-转角:多肽链 180回折局部,通常由四个氨基酸残基构成,借1、4 残基之间形成氢键维系。无规卷曲:主链骨架无规律盘绕的
6、局部。 3三级构造:指多肽链全部原子的空间排布。其维系键主要是非共价键次级键:氢键、疏水键、范德华力、离子 键等,也可涉及二硫键。 4四级构造:指亚基之间的立体排布、接触部位的布局等,其维系键为非共价键。亚基是指参与构成蛋白质四级构造 的而又具有独立三级构造的多肽链。五、 蛋白质的理化性质: 1两性解离与等电点:蛋白质分子中仍旧存在游离的氨基和游离的羧基,因此蛋白质与氨基酸一样具有两性解离的性 质。蛋白质分子所带正、负电荷相等时溶液的pH 值称为蛋白质的等电点。2蛋白质的胶体性质:蛋白质具有亲水溶胶的性质。蛋白质分子外表的水化膜和外表电荷是稳定蛋白质亲水溶胶的两 个重要因素。3. 蛋白质的紫外
7、吸取:蛋白质分子中的色氨酸、酪氨酸和苯丙氨酸残基对紫外光有吸取,以色氨酸吸取最强,最大吸 收峰为 280nm。4. 蛋白质的变性:蛋白质在某些理化因素的作用下,其特定的空间构造被破坏而导致其理化性质转变及生物活性丧失 ,这种现象称为蛋白质的变性。引起蛋白质变性的因素有:高温、高压、电离辐射、超声波、紫外线及有机溶剂、重 金属盐、强酸强碱等。绝大多数蛋白质分子的变性是不行逆的。六、蛋白质的分别与纯化: 1盐析与有机溶剂沉淀:在蛋白质溶液中参加大量中性盐,以破坏蛋白质的胶体性质,使蛋白质从溶液中沉淀析出, 称为盐析。常用的中性盐有:硫酸铵、氯化钠、硫酸钠等。盐析时,溶液的pH 在蛋白质的等电点处效
8、果最好。凡能与水以任意比例混合的有机溶剂,如乙醇、甲醇、丙酮等,均可引起蛋白质沉淀。 2电泳:蛋白质分子在高于或低于其pI 的溶液中带净的负或正电荷,因此在电场中可以移动。电泳迁移率的大小主要取决于蛋白质分子所带电荷量以及分子大小。 3透析:利用透析袋膜的超滤性质,可将大分子物质与小分子物质分别开。4层析:利用混合物中各组分理化性质的差异,在相互接触的两相固定相与流淌相之间的分布不同而进展分别。 主要有离子交换层析,凝胶层析,吸附层析及亲和层析等,其中凝胶层析可用于测定蛋白质的分子量。 5超速离心:利用物质密度的不同,经超速离心后,分布于不同的液层而分别。超速离心也可用来测定蛋白质的分子 量,
9、蛋白质的分子量与其沉降系数S 成正比。七、氨基酸挨次分析:蛋白质多肽链的氨基酸挨次分析,即蛋白质一级构造的测定,主要有以下几个步骤:1. 分别纯化蛋白质,得到肯定量的蛋白质纯品;2. 取肯定量的样品进展完全水解,再测定蛋白质的氨基酸组成;3. 分析蛋白质的N-端和C-端氨基酸;4. 承受特异性的酶如胰凝乳蛋白酶或化学试剂如溴化氰将蛋白质处理为假设干条肽段;5. 分别纯化单一肽段;测定各条肽段的氨基酸挨次。一般承受Edman 降解法,用异硫氰酸苯酯进展反响,将氨基酸降解后,逐一进展测定;7. 至少用两种不同的方法处理蛋白质,分别得到其肽段的氨基酸挨次;8. 将两套不同肽段的氨基酸挨次进展比较,以
10、获得完整的蛋白质分子的氨基酸挨次。第- 10 -页/共17页第三章 核酸的构造与功能一、核酸的化学组成:1. 含氮碱:参与核酸和核苷酸构成的含氮碱主要分为嘌呤碱和嘧啶碱两大类。组成核苷酸的嘧啶碱主要有三种尿 嘧啶U、胞嘧啶C和胸腺嘧啶T,它们都是嘧啶的衍生物。组成核苷酸的嘌呤碱主要有两种腺嘌呤A 和鸟嘌呤G,它们都是嘌呤的衍生物。2. 戊糖:核苷酸中的戊糖主要有两种,即-D-核糖与-D-2-脱氧核糖,由此构成的核苷酸也分为核糖核苷酸与脱氧核糖核酸两大类。3. 核苷:核苷是由戊糖与含氮碱基经脱水缩合而生成的化合物。通常是由核糖或脱氧核糖的C1 -羟基与嘧啶碱N1 或嘌呤碱N9 进展缩合,故生成的
11、化学键称为,N 糖苷键。其中由D-核糖生成者称为核糖核苷,而由脱氧核糖生成者则称为脱氧核糖核苷。由“稀有碱基”所生成的核苷称为“稀有核苷”。假尿苷就是由D-核糖的C1 与尿嘧啶的C5 相连而生成的核苷。二、核苷酸的构造与命名:核苷酸是由核苷与磷酸经脱水缩合后生成的磷酸酯类化合物,包括核糖核苷酸和脱氧核糖核酸两大类。最常见 的核苷酸为 5-核苷酸5 常被省略。5-核苷酸又可按其在 5位缩合的磷酸基的多少,分为一磷酸核苷核苷酸、二磷酸核苷和三磷酸核苷。此外,生物体内还存在一些特别的环核苷酸,常见的为环一磷酸腺苷cAMP和环一磷酸鸟苷cGMP,它们通常是作为激素作用的其次信使。核苷酸通常使用缩写符号
12、进展命名。第一位符号用小写字母d 代表脱氧,其次位用大写字母代表碱基,第三位用大写字母代表磷酸基的数目,第四位用大写字母P 代表磷酸。三、核酸的一级构造:核苷酸通过 3,5-磷酸二酯键连接起来形成的不含侧链的多核苷酸长链化合物就称为核酸。核酸具有方向性, 5-位上具有自由磷酸基的末端称为5-端,3-位上具有自由羟基的末端称为 3-端。DNA 由 dAMP、dGMP、dCMP 和 dTMP 四种脱氧核糖核苷酸所组成。DNA 的一级构造就是指DNA 分子中脱氧核糖核苷酸的种类、数目、排列挨次及连接方式。RNA 由AMP,GMP,CMP,UMP 四种核糖核苷酸组成。RNA 的一级构造就是指RNA 分
13、子中核糖核苷酸的种类、数目、排列挨次及连接方式。四、DNA 的二级构造:DNA 双螺旋构造是DNA 二级构造的一种重要形式,它是Watson 和 Crick 两位科学家于 1953 年提出来的一种构造模型,其主要试验依据是Chargaff 争论小组对DNA 的化学组成进展的分析争论,即DNA 分子中四种碱基的摩尔百分比为 A=T、G=C、A+G=T+CChargaff 原则,以及由Wilkins 争论小组完成的DNA 晶体X 线衍射图谱分析。自然DNA 的二级构造以B 型为主,其构造特征为:为右手双螺旋,两条链以反平行方式排列;主链位于螺旋外侧,碱基位于内侧;两条链间存在碱基互补,通过氢键连系
14、,且A-T、G-C碱基互补原则; 螺旋的稳定因素为氢键和碱基堆砌力;螺旋的螺距为3.4nm,直径为 2nm。五、DNA 的超螺旋构造:双螺旋的DNA 分子进一步盘旋形成的超螺旋构造称为DNA 的三级构造。绝大多数原核生物的DNA 都是共价封闭的环状双螺旋,其三级构造呈麻花状。在真核生物中,双螺旋的DNA 分子围绕一蛋白质八聚体进展盘绕,从而形成特别的串珠状构造,称为核小体。核小体构造属于DNA 的三级构造。六、DNA 的功能:DNA 的根本功能是作为遗传信息的载体,为生物遗传信息复制以及基因信息的转录供给模板。DNA 分子中具有特定生物学功能的片段称为基因gene。一个生物体的全部 DNA 序
15、列称为基因组genome。基因组的大小与生物的简单性有关。七、RNA 的空间构造与功能:RNA 分子的种类较多,分子大小变化较大,功能多样化。RNA 通常以单链存在,但也可形成局部的双螺旋构造。1. mRNA 的构造与功能:mRNA 是单链核酸,其在真核生物中的初级产物称为HnRNA。大多数真核成熟的mRNA 分子具有典型的 5-端的 7-甲基鸟苷三磷酸m7GTP帽子构造和 3-端的多聚腺苷酸(polyA)尾巴构造。mRNA 的功能是为蛋白质的合成供给模板,分子中带有遗传密码。mRNA 分子中每三个相邻的核苷酸组成一组,在蛋白质翻译合成时代表一个特定的氨基酸,这种核苷酸三联体称为遗传密码cod
16、en。2. tRNA 的构造与功能:tRNA 是分子最小,但含有稀有碱基最多的RNA。tRNA 的二级构造由于局部双螺旋的形成而表现为“三叶草”形,故称为“三叶草”构造,可分为五个局部:氨基酸臂:由tRNA 的 5-端和 3-端构成的局部双螺旋,3-端都带有-CCA-OH 挨次,可与氨基酸结合而携带氨基酸。DHU 臂:含有二氢尿嘧啶核苷,与氨基酰tRNA 合成酶的结合有关。反密码臂:其反密码环中部的三个核苷酸组成三联体,在蛋白质生物合成中,可以用来识别 mRNA 上相应的密码,故称为反密码anticoden。 TC 臂:含保守的TC 挨次,可以识别核蛋白体上的rRNA,促使tRNA 与核蛋白体
17、结合。可变臂:位于TC 臂和反密码臂之间,功能不详。3. rRNA 的构造与功能:rRNA 是细胞中含量最多的RNA,可与蛋白质一起构成核蛋白体,作为蛋白质生物合成的场所。原核生物中的rRNA 有三种:5S,16S,23S。真核生物中的rRNA 有四种:5S,5.8S,18S,28S。八、核酶:具有自身催化作用的RNA 称为核酶ribozyme,核酶通常具有特别的分子构造,如锤头构造。九、核酸的一般理化性质:核酸具有酸性;粘度大;能吸取紫外光,最大吸取峰为260nm。十、DNA 的变性:在理化因素作用下,DNA 双螺旋的两条互补链松散而分开成为单链,从而导致DNA 的理化性质及生物学性质发生转
18、变,这种现象称为DNA 的变性。引起DNA 变性的因素主要有:高温,强酸强碱,有机溶剂等。DNA 变性后的性质转变:增色效应:指DNA 变性后对 260nm 紫外光的光吸取度增加的现象;旋光性下降;粘度降低;生物功能丧失或转变。加热DNA 溶液,使其对 260nm 紫外光的吸取度突然增加,到达其最大值一半时的温度,就是 DNA 的变性温度融解温度,Tm。Tm 的凹凸与DNA 分子中G+C 的含量有关,G+C 的含量越高,则Tm 越高。十一、DNA 的复性与分子杂交:将变性DNA 经退火处理,使其重形成双螺旋构造的过程,称为DNA 的复性。两条来源不同的单链核酸DNA 或 RNA,只要它们有大致
19、一样的互补碱基挨次,以退火处理即可复性,形成的杂种双螺旋,这一现象称为核酸的分子杂交。核酸杂交可以是DNA-DNA,也可以是DNA-RNA 杂交。不同来源的, 具有大致一样互补碱基挨次的核酸片段称为同源挨次。常用的核酸分子杂交技术有:原位杂交、斑点杂交、Southern 杂交及Northern 杂交等。在核酸杂交分析过程中,常将挨次的核酸片段用放射性同位素或生物素进展标记,这种带有肯定标记的 挨次的核酸片段称为探针。十二、核酸酶:但凡能水解核酸的酶都称为核酸酶。凡能从多核苷酸链的末端开头水解核酸的酶称为核酸外切酶,凡能从多核苷酸 链中间开头水解核酸的酶称为核酸内切酶。能识别特定的核苷酸挨次,并
20、从特定位点水解核酸的内切酶称为限制性核 酸内切酶限制酶第三章 酶一、酶的概念:酶enzyme是由活细胞产生的生物催化剂,这种催化剂具有极高的催化效率和高度的底物特异性,其化学本质是蛋 白质。酶依据其分子构造可分为单体酶、寡聚酶和多酶体系多酶复合体和多功能酶三大类。二、酶的分子组成:酶分子可依据其化学组成的不同,可分为单纯酶和结合酶全酶两类。结合酶则是由酶蛋白和关心因子两部 分构成,酶蛋白局部主要与酶的底物特异性有关,关心因子则与酶的催化活性有关。与酶蛋白疏松结合并与酶的催化活性有关的耐热低分子有机化合物称为辅酶。与酶蛋白结实结合并与酶的催化 活性有关的耐热低分子有机化合物称为辅基。三、辅酶与辅
21、基的来源及其生理功用:辅酶与辅基的生理功用主要是: 运载氢原子或电子,参与氧化复原反响。 运载反响基团,如酰基、氨基、烷基、羧基及一碳单位等,参与基团转移。大局部的辅酶与辅基衍生于维生素。维生素vitamin)是指一类维持细胞正常功能所必需的,但在很多生物体内不能自身合成而必需由食物供给的小分子有机化合物。维生素可按其溶解性的不同分为脂溶性维生素和水溶性维生素两大类。脂溶性维生素有VitA、VitD、VitE 和VitK 四种;水溶性维生素有VitB1,VitB2,VitPP,VitB6,VitB12,VitC,泛酸,生物素,叶酸等。1. TPP:即焦磷酸硫胺素,由硫胺素Vit B1焦磷酸化而
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