T_SHZSAQS 00228-2023 乳肉兼用牛Mass Array分型验证多基因聚合效应技术规范.docx

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1、学兔兔标准下载ICS65.020.30CCSB40团体标准T/SHZSAQS002282023乳肉兼用牛MassArray分型验证多基因聚合效应技术规范2023-11-27发布2023-11-27实施石河子市质量标准化协会发布学兔兔标准下载T/SHZSAQS002282023目次前言.II1范围.12规范性引用文件.13术语和定义.13.1多基因聚合效应.13.2MassARRY分型技术.13.3标记辅助选择.14主要仪器设备.15主要试剂和材料.26样本采集.27试验步骤.27.1血液基因组DNA提取和质检.27.2质谱检测引物.28试验结果.29废弃物处理.310安全防护.311注意事项.

2、3附录A(资料性）.4I学兔兔标准下载T/SHZSAQS002282023前言本文件参照GB/T1.1-2020标准化工作导则第1部分：标准化文件的结构和起草规则给出的规则起草。本文件起草单位：石河子大学动物科技学院、新疆生产建设兵团第八师畜牧兽医工作站、天津市武清大孟庄镇农业服务中心。本文件主要起草人：赵宗胜，郑炜，张勇，方晨辉，杨圣贤，叶翠芳，欧四海，李广，何开兵，王丹，武少军。II兔学兔标准下载T/SHZSAQS002282023乳肉兼用牛MassArray分型验证多基因聚合效应技术规范1范围本文件规定了乳肉兼用牛MassArray分型验证多基因聚合效应的术语与定义及主要仪器设备、主要试

3、剂和材料、样本采集、试验步骤、试验结果、废弃物处理、安全防护、注意事项等。适用于乳肉兼用牛MassArray分型验证多基因聚合效应。2规范性引用文件下列文件对于本文件的应用是必不可少的。凡是注日期的引用文件，仅注日期的版本适用于本文件。凡是不注日期的引用文件，其最新版本（包括所有的修改单）适用于本文件。GB/T6682分析实验室用水规格和试验方法GB/T19495.2转基因产品检测实验室技术要求DB11T150.1奶牛饲养管理技术规范第1部分：育种3术语和定义下列术语和定义适用于本文件。3.1多基因聚合效应是指控制数量性状的基因是由大量基因组成的，等位基因之间无显性隐性区分，各对基因对表现型的

4、作用是累加的，每个基因的作用是微小的。3.2MassARRY分型技术在单碱基延伸的基础上与质谱技术相结合从而进行分型。3.3标记辅助选择DNA分子的多态性是建立家畜遗传图谱、进行QTL定位和进行分子标记辅助育种的重要依据。其中的一项成果就是分子标记辅助选择，分子标记可以将家系、表型特征和遗传标记信息进行品种选育。4主要仪器设备1学兔兔标准下载T/SHZSAQS002282023点样仪、飞行质谱仪、配用软件电脑等。试验室用水、试验室质量管理应符合GB/T6682、GB/T19495.2、DB11T150.1相关要求。5主要试剂和材料OncoCarta扩增引物混合物，10PCRBuffer，20m

5、mol/LMg2+plus，25mmol/LMgCl2，25mmol/LdNTP混合物，5U/LPCREnzyme，PrimerMix，10SAP缓冲液，虾碱性磷酸酶SAP(1.7U/L)，10iPlexPro缓冲液，OncoCarta延伸引物混合物，iPlex终止混合物，Thermosequenase，CleanResin树脂，SpectroCHIP芯片，384孔微量反应板等。6样本采集使用含有EDTA抗凝剂的采血管，采集成年母牛尾根静脉血1-3mL，采集完毕后上下颠倒混匀，在采血管壁上清晰记录牛号。样本保存于-20环境下待用。7试验步骤7.1血液基因组DNA提取和质检参照血液基因组DNA提

6、取试剂盒说明书对试验样品血液提取DNA，用超微量紫外可见分光光度计（NanoDrop2000型）和1%的琼脂糖凝胶电泳检测DNA的浓度和质量。将质检合格的DNA样品浓度稀释至50ng/L，放置于-20储存备用。7.2质谱检测引物根据SNP位点序列信息，对筛选到的SNPs进行引物设计，引物设计完成经软件测试可以使用后交由天津康普森检验检测有限公司进行引物合成及基因分型检测。GHRg.31883049CA：上游引物ACGTTGGATGGGTAAGCACCAAAGGAAATG，下游引物ACGTTGGATGAGACTGCATAGCCCAGAAAG，延伸引物gggGAATAGTTTTCTATTCCATT

7、TC；DGAT1g.609870TC：上游引物ACGTTGGATGAAGCTCTGAGACTCCCCAC，下游引物ACGTTGGATGAGCAGGTTTCTTCTGCCAC，延伸引物CCCCACCCACGGCCT；FSHRg.31251002TC：上游引物ACGTTGGATGTTTCTGTTCCTTTTCCTTC，下游引物ACGTTGGATGCTTCCAGAATGGTGCTTCAG，延伸引物gggaTTTTCCTTCTTCCTCCC。8试验结果（1）MassARRAYPCR反应：见附表1；MassARRAYPCR反应循环数：见附表2-6。（2）试验效果：如图对SNP位点进行分型，GHR基因存在

8、CCCAAA三种基因型，DGAT1基因存在TTTCCC三种基因型，FSHR基因存在CCCTTT三种基因型。2学兔兔标准下载T/SHZSAQS002282023经验证，FSHR(CC)-DGAT1(CC)-GHR(CA)基因型在实验荷斯坦群体中为最优基因型组合，泌乳量最高，乳脂率和乳蛋白率也显著或极显著高于其他基因型组合。9废弃物处理废弃物处理应符合GB/T19495.2、DB11T150.1相关要求。10安全防护安全防护应符合GB/T19495.2、DB11T150.1相关要求。11注意事项实验室检测用的试剂和操作流程应建立完整有效的质量安全管理体系。3标兔学兔准下载T/SHZSAQS0022

9、82023附录A(资料性）附表1MassARRAYPCR反应体系ReagentConcentrationVolumeDNAtemplate10ng/l1/wellHotStarTaq5U/l106PrimerMix0.5M530dNTPMix25mM53MgCl225mM172.25PCRBufferwith10331.2515mMMgCl2Water，HPLCgradeNA927.5Total5/well附表2MassARRAYPCR反应循环数附表3SAP消化体系ReagentConcentrationVolume(l)WaterNA810.9SAPBuffer1090.1SAP1.7U/l159Total2/well4学兔兔标准下载T/SHZSAQS002282023附表4消化循环数附表5延伸反应体系附表6延伸循环参数5