人类基因组研究 .ppt
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1、揭开生命的奥秘揭开生命的奥秘拭揖慨钒她衅屋侣杆思驻准媒局眶卞取板贱主市爵侧杯五育瓦累菊楔污想人类基因组研究人类基因组研究人类基因组计划人类基因组计划HGP(Human Genome Projects)1、HGP简介简介2、HGP的主要任务的主要任务3、HGP对人类的重要意义对人类的重要意义4、HGP进展与未来进展与未来5、我国对人类基因组计划的贡献我国对人类基因组计划的贡献6、功能基因组学功能基因组学7、基因组相关的伦理学问题基因组相关的伦理学问题8、HGP对生物信息学提出挑战对生物信息学提出挑战兰粘辜泉拆柞讳挑倪恬癸铁舜愉窟兼讼氯笋常撼高恍芦烁罗拧炎驱膜矿膛人类基因组研究人类基因组研究1、H
2、GP简介简介人类基因组计划是由美国科学家于人类基因组计划是由美国科学家于1985年率先年率先提出、于提出、于1990年正式启动的。美国、英国、法年正式启动的。美国、英国、法国、德国、日本和我国科学家共同参与了这一国、德国、日本和我国科学家共同参与了这一价值达价值达30亿美元的人类基因组计划。这一计划亿美元的人类基因组计划。这一计划旨在为旨在为30多亿个碱基对构成的人类基因组精确多亿个碱基对构成的人类基因组精确测序,发现所有人类基因并搞清其在染色体上测序,发现所有人类基因并搞清其在染色体上的位置,破译人类全部遗传信息的位置,破译人类全部遗传信息。曼哈顿计划曼哈顿计划阿波罗计划阿波罗计划炸湘社焙瞄
3、赏霜诡悍限哎佐桥捐刁担椭正蛹模粟命冰蘸箭杏熏硝绸陡炕帝人类基因组研究人类基因组研究科学家的胆略科学家的胆略诺贝尔奖获得者诺贝尔奖获得者Renato Dulbecco于于1986年发表年发表短文短文肿瘤研究的转折点:人类基因组测序肿瘤研究的转折点:人类基因组测序(Science,231:10551056)。)。文中指出:如果我们想更多地了解肿瘤,我们从文中指出:如果我们想更多地了解肿瘤,我们从现在起必须关注细胞的基因组。现在起必须关注细胞的基因组。从哪个物从哪个物种着手努力?如果我们想理解人类肿瘤,那就应种着手努力?如果我们想理解人类肿瘤,那就应从人类开始。从人类开始。人类肿瘤研究将因对人类肿瘤
4、研究将因对 DNA 的的详细知识而得到巨大推动。详细知识而得到巨大推动。”证方四尊藏扼青种迹刮蜡席纲仔褒示猾窑搀浓钵起噎赡谋斯励踌攻畅克咬人类基因组研究人类基因组研究什么是基因组什么是基因组(Genome)基因组就是一个物种中所有基因的整体组成基因组就是一个物种中所有基因的整体组成人类基因组有两层意义:人类基因组有两层意义:遗传信息遗传信息 遗传物质遗传物质从整体水平研究基因的存在、基因的结构与从整体水平研究基因的存在、基因的结构与功能、基因之间的相互关系。功能、基因之间的相互关系。坊络身亭扰豫湘挨右驳营粗添邀隅杯隐鸥弦康蓄驰观汁亥亮树茅遏鳖诅凋人类基因组研究人类基因组研究人类染色体人类染色体
5、值盗劳肃篱推橙疮煎至讲瓶痘钳绢乔慧某娠昔饲窃腐忱庄碎境诫薯番佑甲人类基因组研究人类基因组研究为什么选择人类的基因组进行研究?为什么选择人类的基因组进行研究?人类是在人类是在“进化进化”历程上最高级的生物历程上最高级的生物 认识自身认识自身 掌握生老病死规律掌握生老病死规律 疾病的诊断和治疗疾病的诊断和治疗 了解生命的起源了解生命的起源在人类基因组计划中,在人类基因组计划中,包括对五种生物基因组的包括对五种生物基因组的研究:研究:大肠杆菌、酵母、线虫、果蝇和小鼠,称大肠杆菌、酵母、线虫、果蝇和小鼠,称之为人类的五种之为人类的五种“模式生物模式生物”。诫冯歌姑叼捆跋绩雁损尖鸣檬初谜耿舜惶帘匝效疙氖
6、策汽赘唇妻几婚寺迂人类基因组研究人类基因组研究HGP的诞生的诞生1984年年12月月Utah州的州的Alta,White R受美国能源部的委托,主持召开了一个受美国能源部的委托,主持召开了一个小型会议,讨论小型会议,讨论DNA重组技术的发展及测定人类整个基因组的重组技术的发展及测定人类整个基因组的DNA序列序列的意义。的意义。1985年年6月,在美国加州举行了一次会议,美国能源部提出了月,在美国加州举行了一次会议,美国能源部提出了“人类基因人类基因组计划组计划”的初步草案。的初步草案。1986年年6月,在新墨西哥州讨论了这一计划的可行性。随后美国能源部宣月,在新墨西哥州讨论了这一计划的可行性。
7、随后美国能源部宣布实施这一草案。布实施这一草案。1987年初,美国能源部与国家医学研究院(年初,美国能源部与国家医学研究院(NIH)为)为“人类基因组计划人类基因组计划”下拨了启动经费约下拨了启动经费约550万美元,万美元,1987年总额近年总额近1.66亿美元。同时,美国开亿美元。同时,美国开始筹建人类基因组计划实验室。始筹建人类基因组计划实验室。1989年美国成立年美国成立“国家人类基因组研究中心国家人类基因组研究中心”。诺贝尔奖金获得者。诺贝尔奖金获得者J.Waston出任第一任主任。出任第一任主任。1990年,历经年,历经5年辩论之后,美国国会批准美国的年辩论之后,美国国会批准美国的“
8、人类基因组计划人类基因组计划”于于10月月1日正式启动。美国的人类基因组计划总体规划是:拟在日正式启动。美国的人类基因组计划总体规划是:拟在15年内至少投年内至少投入入30亿美元,进行对人类全基因组的分析。亿美元,进行对人类全基因组的分析。婶抵哼仗视慕川敌告敷远手蹦黑铭砂缅晴式刹裸惩饱咀笺酝铁燎刚鹏烤咒人类基因组研究人类基因组研究1987年,年,意大利共和国意大利共和国国家研究委员会开始国家研究委员会开始HGP研究,其特点是技术研究,其特点是技术多样(多样(YAC,杂种细胞,杂种细胞,cDNA等)、区域集中(基本上限于等)、区域集中(基本上限于Xq24-qter区域)区域)1989年年2月英国
9、开始月英国开始HGP,特点是:帝国,特点是:帝国癌症癌症研究基金会与国家医学研究基金会与国家医学研究委员会研究委员会(ICRP-MRC)共同负责全国协调与资金调控,剑桥附近的共同负责全国协调与资金调控,剑桥附近的Sanger中心注重首先在线虫基因组上积累经验,改进大规模中心注重首先在线虫基因组上积累经验,改进大规模DNA测序技测序技术;同时建立了术;同时建立了YAC库的筛选与库的筛选与克克隆、特异细胞系、隆、特异细胞系、DNA探针探针、基因组、基因组DNA、cDNA文库文库、比较生物基因组、比较生物基因组DNA序列、信息分析等的序列、信息分析等的“英国人类英国人类基因组资源中心基因组资源中心”
10、。可谓。可谓“资源集中、全国协调资源集中、全国协调”。1990年年6月月法兰西共和国法兰西共和国的的HGP启动。科学研究部委托国家医学科学启动。科学研究部委托国家医学科学院制定院制定HGP,主要特点是注重整体基因组、,主要特点是注重整体基因组、cDNA和自动化。建立了人和自动化。建立了人类多态性研究中心(类多态性研究中心(CEPH),在全基因组),在全基因组YAC重叠群、重叠群、微卫星标记微卫星标记(遗传图遗传图)的构建以及驰名世界的用作基因组研究的经典材料)的构建以及驰名世界的用作基因组研究的经典材料CEPH家家系(系(80个个3代多个体家系)方面产生了巨大影响。代多个体家系)方面产生了巨大
11、影响。畅药葡坠籽可群遍溜幸伪缨钓哩茁析媚吻况绷家嗽冲福寅最巳迢鸽辙谗慧人类基因组研究人类基因组研究1995年德意志联邦共和国开始年德意志联邦共和国开始HGP,来势迅猛,先后成立了资源中心和,来势迅猛,先后成立了资源中心和基因扫描定位中心,并开始对基因扫描定位中心,并开始对21号染色体的大规模测序工作。号染色体的大规模测序工作。1990年年6月月欧共体欧共体通过了通过了“欧洲欧洲人类基因组研究计划人类基因组研究计划”,主要资助,主要资助23个实验个实验室重点用于室重点用于“资源中心资源中心”的建立和运转。还有的建立和运转。还有丹麦王国丹麦王国、俄罗斯联邦俄罗斯联邦、日、日本、本、大韩民国大韩民国
12、、澳大利亚澳大利亚等。等。1994年,我国年,我国HGP在在吴旻吴旻、强伯勤强伯勤、陈竺陈竺、杨焕明杨焕明的倡导下启动,最初的倡导下启动,最初由国家自然科学基金会和由国家自然科学基金会和863高科技计划的支持下,先后启动了高科技计划的支持下,先后启动了“中华民中华民族族基因组中若干位点基因结构的研究基因组中若干位点基因结构的研究”和和“重大疾病相关基因的定位、克重大疾病相关基因的定位、克隆、结构和功能研究隆、结构和功能研究”,1998年在国家科技部的领导和牵线下,年在国家科技部的领导和牵线下,1998年在年在上海上海成立了南方基因中心,成立了南方基因中心,1999年在年在北京北京成立了北方人类
13、基因组中心,成立了北方人类基因组中心,1998年,组建了中科院遗传所。年,组建了中科院遗传所。1999年年7月在国际人类基因组注册,得到月在国际人类基因组注册,得到完成人类完成人类3号染色体短臂上一个约号染色体短臂上一个约30Mb区域的测序任务,该区域约占人区域的测序任务,该区域约占人类整个基因组的类整个基因组的1。瓮斩妮恳贤阜美灼糖涪况功蜀肛峙慌恭馅淆拇扑泊竿硫弦州袒蛤刽戚另魄人类基因组研究人类基因组研究HGP诞生过程中的质疑诞生过程中的质疑计划的必要性问题计划的必要性问题计划的现实性问题计划的现实性问题为什么不选择基因组小的或有经济意义的生物为什么不选择基因组小的或有经济意义的生物 认为认
14、为“制图制图”是在沙漠里建公路,是在沙漠里建公路,“测序测序”是把是把“垃圾垃圾”分类,选择分类,选择“模式动物模式动物”是拼凑是拼凑“诺亚方舟诺亚方舟”。岳忻闷仰待莱党凝扳茧悲掠槐弄捂檄湍沏过出隐句鸥虎痹意氨疏一晨义得人类基因组研究人类基因组研究HGP的目的的目的 解码生命解码生命 了解生命的起源了解生命的起源 了解生命体生长发育的规律了解生命体生长发育的规律 认识种属之间和个体之间存在差异的起因认识种属之间和个体之间存在差异的起因认识疾病产生的机制以及长寿与衰老等生认识疾病产生的机制以及长寿与衰老等生命现象命现象为疾病的诊治提供科学依据。为疾病的诊治提供科学依据。甥瓜葛渊邻品蜘渠跺吭瘸缄哗
15、桑酣纵磁养测拆本车呻郁夷剁霸舅侍脯阁新人类基因组研究人类基因组研究2、HGP的主要任务的主要任务遗传图谱遗传图谱物理图谱物理图谱 序列图谱序列图谱转录图谱转录图谱鸥宏够忿轻钎去时完爆愤丰属唁饯膳妙丹贯仪岔柴狸钟剂毁沿蛤仓戳撂荚人类基因组研究人类基因组研究分子遗传图谱,即通过亲本的杂交,分分子遗传图谱,即通过亲本的杂交,分析后代的基因或其他特异分子标记之间析后代的基因或其他特异分子标记之间的重组率,并用重组率来表示两个基因的重组率,并用重组率来表示两个基因之间距离的线性连锁图谱。遗传图谱提之间距离的线性连锁图谱。遗传图谱提供了基因在染色体上的坐标,为基因的供了基因在染色体上的坐标,为基因的定位克
16、隆提供了较为精确的位置,它的定位克隆提供了较为精确的位置,它的分子坐标也为物理图谱中重叠群的定位分子坐标也为物理图谱中重叠群的定位提供了可能。遗传作图无论在理论上还提供了可能。遗传作图无论在理论上还是在实践中都有很重要的意义。是在实践中都有很重要的意义。奉扒颇摄英蛮眩页晾鲜凛塌姻爵馏午愚澳垄既臃吾泻钡泵釜艾籽郸妻扮弧人类基因组研究人类基因组研究遗传图谱(遗传图谱(genetic map)又称连锁图谱)又称连锁图谱(linkage map),它是以具有遗传多态性(在一个遗传位,它是以具有遗传多态性(在一个遗传位点上具有一个以上的等位基因,在群体中的出点上具有一个以上的等位基因,在群体中的出现频率
17、皆高于现频率皆高于1%)的遗传标记为)的遗传标记为“路标路标”,以遗,以遗传学距离(在减数分裂事件中两个位点之间进传学距离(在减数分裂事件中两个位点之间进行交换、重组的百分率,行交换、重组的百分率,1%的重组率称为的重组率称为1cM)为图距的基因组图。遗传图谱的建立为)为图距的基因组图。遗传图谱的建立为基因识别和完成基因定位创造了条件。基因识别和完成基因定位创造了条件。遗传图谱遗传图谱-孟德尔的孟德尔的“新生新生”沧篮销蒂盖妥啊窍墟揖孪棵昔瓷然妨柠扫做赚咏肤辆哇淤村溺抡伐聂砚佐人类基因组研究人类基因组研究n遗遗传传连连锁锁图图:通通过过计计算算连连锁锁的的遗遗传传标标志志之之间间的的重重组组频
18、频率率,确确定定它它们们的的相相对对距距离离,一一般般用用厘厘摩摩(cM,即即每每次次减减数数分分裂的重组裂的重组频率为频率为1%)表示。表示。振俏续氖冒缆曲花重梆黄粤饱稀鲜粟肺浴暖曝矢胃腻富巍奠粒斡址灵笛丧人类基因组研究人类基因组研究6000多个遗传标记已经能够把人的基因多个遗传标记已经能够把人的基因组分成组分成6000多个区域,使得连锁分析法多个区域,使得连锁分析法可以找到某一致病的或表现型的基因与可以找到某一致病的或表现型的基因与某一标记邻近(紧密连锁)的证据,这某一标记邻近(紧密连锁)的证据,这样可把这一基因定位于这一已知区域,样可把这一基因定位于这一已知区域,再对基因进行分离和研究。
19、对于疾病而再对基因进行分离和研究。对于疾病而言,找基因和分析基因是个关键。言,找基因和分析基因是个关键。逛脖巴颓泵瞥誉底盈咬蔬烷颂蛊螺垃宙联格刚褥厕脐十正向拥阶缀迷估张人类基因组研究人类基因组研究物理图谱物理图谱-路标与路轨路标与路轨物理图谱(物理图谱(physical map)是指有关构成)是指有关构成基因组的全部基因的排列和间距的信息,基因组的全部基因的排列和间距的信息,它是通过对构成基因组的它是通过对构成基因组的DNA分子进行分子进行测定而绘制的。绘制物理图谱的目的是测定而绘制的。绘制物理图谱的目的是把有关基因的遗传信息及其在每条染色把有关基因的遗传信息及其在每条染色体上的相对位置线性而
20、系统地排列出来。体上的相对位置线性而系统地排列出来。庙东被彭鄙伐赊呀研龟俭钒堂布剃庐蠕吴譬雇戮巍唁越喇攒或唾绳泪垢锤人类基因组研究人类基因组研究n1998 年年完完成成了了具具有有52,000个个序序列列标标签签位位点点(STS),并并覆覆盖人类基因组大部分区域的连续克隆系的物理图谱。盖人类基因组大部分区域的连续克隆系的物理图谱。敲碎基因组,分析研究内容所处的染色体位置敲碎基因组,分析研究内容所处的染色体位置敲碎基因组,分析研究内容所处的染色体位置敲碎基因组,分析研究内容所处的染色体位置概播拘鸟弯辣幌允段啤短验猫峪陋怀几甩衡耗掣诅郊衡掸吐谍乡萍呕蓉儡人类基因组研究人类基因组研究DNA物理图谱是
21、顺序测定的基础物理图谱是顺序测定的基础,也可理也可理解为指导解为指导DNA测序的蓝图。广义地说,测序的蓝图。广义地说,DNA测序从物理图谱制作开始,它是测测序从物理图谱制作开始,它是测序工作的第一步。序工作的第一步。质巩牛劲占硫千铬歇挛矣规荔殆据交厌双叛酋辱再咸昨操同姨纳感袜匀式人类基因组研究人类基因组研究基因转录图谱基因转录图谱-生命的乐谱生命的乐谱转录图谱是在识别基因组所包含的蛋白转录图谱是在识别基因组所包含的蛋白质编码序列的基础上绘制的结合有关基质编码序列的基础上绘制的结合有关基因序列、位置及表达模式等信息的图谱。因序列、位置及表达模式等信息的图谱。芝流赢丸鸿肌幢浸络诱翌益庄仓苏沟感标湖
22、拦腊狙佩锰是肝驹刊枫珍嘲层人类基因组研究人类基因组研究 对对基基因因转转录录表表达达产产物物mRNA互互补补的的cDNA(其其片片段段称称为为表表达达序序列列标标签签,EST)进进行行大大规规模模测测序序是是序序列列标标签签位位点点的的主主要来源,并以此构建人类基因组转录图(基因图)。要来源,并以此构建人类基因组转录图(基因图)。炼窑序诽赴增楼链胁心均笨螟狞谍蜗崖精炼庸踊迭豺恍伊氯希何吩启敬挤人类基因组研究人类基因组研究序列图谱序列图谱-重中之重重中之重随着遗传图谱和物理图谱的完成,测序随着遗传图谱和物理图谱的完成,测序就成为重中之重的工作。就成为重中之重的工作。DNA序列分析序列分析技术是一
23、个包括制备技术是一个包括制备DNA片段化及碱基片段化及碱基分析、分析、DNA信息翻译的多阶段的过程。信息翻译的多阶段的过程。通过测序得到基因组的序列图谱通过测序得到基因组的序列图谱 廊搏丝献荚茅效黑绳挫牧添丑阵数余拄栖习杏企捶挪双基姑囱挺谈表旷钥人类基因组研究人类基因组研究大规模基因组测序大规模基因组测序 Megabace 测序仪测序仪3700 测序仪测序仪莫馅翟烫杰垛侣犯速曰借疫大钦测贩尺兹阵棘髓靛库田泥蓖弘剧宫霉寨儡人类基因组研究人类基因组研究大规模测序基本策略大规模测序基本策略n逐逐个个克克隆隆法法:对对连连续续克克隆隆系系中中排排定定的的BAC克克隆隆逐逐个个进进行行亚亚克克隆隆测测序
24、序并并进进行行组组装装(公公共共领领域域测测序计划)序计划)n全全基基因因组组鸟鸟枪枪法法:在在一一定定作作图图信信息息基基础础上上,绕绕过过大大片片段段连连续续克克隆隆系系的的构构建建而而直直接接将将基基因因组组分分解解成成小小片片段段随随机机测测序序,利利用用超超级级计计算算机机进进行行组组装(美国装(美国Celera公司)公司)瘤入炬检浑亲犬磺疯蹦抒谆桓疙咖兑狙和出藐痉诽冯氮雪巢矗足战墨畔赖人类基因组研究人类基因组研究运用计算机软件进行序列拼接运用计算机软件进行序列拼接颧釜异己还叭难诚传缀坐揽乓烹烂贵悬循疲工戊域罢骨浮灼沫管术评阂姻人类基因组研究人类基因组研究通通过过对对进进化化不不同同
25、阶阶段段的的生生物物体体基基因因组组序序列列的的比比较较,发发现现基基因因组组结结构构组组成和功能调节的规律。成和功能调节的规律。模式生物体的研究模式生物体的研究n利利用用酵酵母母、线线虫虫、果果蝇蝇、大大肠肠杆杆菌菌斑斑马马鱼鱼、小小鼠鼠等等模模式式生生物物体体进进行行基基因因的的剔剔除除或或转转基基因因的的研研究究,从从而而在在整体水平认识基因的功能。整体水平认识基因的功能。泊齐在豫在裁抢货约傀停鹏晒纵且仲眯写副茹栏硕蓬哄坏怜部校梳掇筛屡人类基因组研究人类基因组研究酵母酵母大肠杆菌大肠杆菌果蝇果蝇线虫线虫小鼠小鼠伤药脓绥梳葡浇届追棵稠疟岁叛胞脖辖迁植返培媚慰寺矫誓要伙遭跨虐豌人类基因组研究
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