酶化学A省公共课一等奖全国赛课获奖课件.pptx
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1、第8章 酶学概论酶(enzyme)核酶(ribozyme)脱氧核酶(deoxyribozyme)(一)、酶的定义 酶是生物体活细胞产生的具有特殊催化活性和特定空间构象的生物大分子,包括蛋白质及核酸。酶是一类具有高效率、高度专一性、活性可调节的生物催化剂。一、酶的定义和认识过程enzyme是希腊文是希腊文 en=in,zyme=yeast二二.酶是催化剂酶是催化剂 1、与一般催化剂的共性与一般催化剂的共性催化效率高,用量少(细胞中含量低)。加快反应速度但不改变化学反应平衡点(不改变平衡常数)。只加快正反应速度吗?降低反应活化能。(只降低正反应活化能吗?)活化能:在一定的温度下,1mol分子全部进
2、入其活化态所需要的自由能。反应前后自身结构不变。Enzymes DO NOT Alter the Equilibrium Constant 自由能自由能变化变化(G)-非催化反应非催化反应活化能活化能 酶促反应酶促反应 活化能活化能 一般催化剂催一般催化剂催化反应的化反应的活化能活化能 自自由由能能反反 应应 过过 程程 底物 产物 正V 10 100逆V 5 50酶酶只加快正反应速度吗?G=-RTlnKeq 产物和底物由能差产物和底物由能差 思考题1.酶的催化效果是由于()A.增加反应底物和产物的自由能差 B.降低反应底物和产物的自由能差 C.减少反应所需的能量 D.增加反应所需的能量 2.
3、关于酶的陈述正确的是()A.酶的浓度必需和底物的浓度一致才有催化效果 B.增加了反应的平衡常数,因此有利于反应 C.酶加快了底物向产物转化的速率 D.酶确保把全部底物转化为产物 E.酶确保产物比底物更好的热稳定性 F.酶可以降低底物向产物转化的活化能 G.酶在反应过程中会被消耗。单选或多选2010浙江大学生物化学2009,2010浙江大学生物化学3.是非题 酶可以降低生化反应的活化能,因此可以改变反应的平衡常数。中山大学2008,2012年生物化学思考题O6-甲基鸟嘌呤甲基转移酶Removes the methyl group.The methyl group is transferred t
4、o the protein itself,inactivating the protein.下册下册P4292.酶作为生物催化剂的特性酶作为生物催化剂的特性 (1)酶易失活:酶的敏感性 常温、常压,中性pH环境。(2)、催化效率更高(高效性)酶催化反应速度是相应的无催化反应的108-1020倍,并且高出非酶催化反应速度至少几个数量级。转换数转换数(turnover number,TN,等于催化常数等于催化常数 kcat)一级反应速率常数一级反应速率常数,催化常数催化常数 酶被饱和时,每秒钟,每个酶分子转换底物的分子数(微摩尔数),或每秒钟每摩尔酶转换底物的摩尔数(微摩尔数)。Vmax=Kcat
5、 E思考题1.名词解释名词解释:催化常数(catalytic number)(Kcat)苏州大学苏州大学2007年生物化学年生物化学 酶催化剂的特点酶催化剂的特点(续续)(3)专一性高 是酶对底物的一种选择性 是酶和一般催化剂最重要的差别最重要的差别 决定于酶活性中心的结合部位或全酶的脱辅酶部分酶催化剂的特点酶催化剂的特点(续续)(4)活性可调节(调节活性或酶量)调节酶的浓度;激素调节酶活性;反馈调节;抑制剂和激活剂:一些蛋白质可作抑制剂:豆类中的胰蛋白酶抑制剂,鸡蛋里面的抗生物素蛋白;其它调节方式:别构调节、酶的共价修饰酶催化剂的特点(续)抗生物素抗生物素蛋白与生物素生物素 1)丙酮酸羧化酶
6、 2)乙酰CoA羧化酶 3)丙酰CoA羧化酶生物素生物素思 考常吃生鸡蛋有害身体健康,说明其中的原因?解析:因为生物素可作为羧化酶的辅酶。生鸡蛋的蛋清中含有抗生生物物素素蛋蛋白白质质(因子),它能抑制脂肪酸酸合成的限速酶,即乙酰辅酶A羧化酶的活性,因为该酶需要生物素作为辅助因子。如果细胞内脂肪酸合成受阻,会导致乙酰辅酶A积累,从而转而生成酮体,产生轻度酮酮体体症。当抗生物素因子被降解后或排出后,一切恢复正常。另外,在糖异生过程中,生物素是丙酮酸羧化酶的辅酶,丙酮酸羧化酶催化糖异生的第一个反应,即丙酮酸生成草酰乙酸的反应。由于抗生物素因子可与生物素特异性高效结合,从而会阻断糖异生的过程。三、酶的
7、化学本质及其组成三、酶的化学本质及其组成(一)酶的化学本质:(一)酶的化学本质:绝大多数酶是蛋白质证据 (1)酸水解的产物是氨基酸,能被蛋白酶水解失活;(2)具有蛋白质的一切共性,凡是能使蛋白质变性的因素都能使酶变性;(具有蛋白质的颜色反应)。少数酶是RNA(核酶:ribozyme)(1)80年代初,Thomas Cech 四膜虫L19RNA具有生物催化功能,催化rRNA前体的剪接(2)1983年 Altman和Pace E.Coli RNase P中的RNA具有加工tRNA前体的催化功能(二)酶的化学组成据酶分子组成分类单纯蛋白质酶类(simple enzyme):结合蛋白质酶类酶蛋白辅助因
8、子金属离子小分子有机物(脱辅酶))(1)单纯蛋白质酶:多肽链除了氨基酸不含任何其他化学 物质如胰脏的核糖核酸酶、淀粉酶等、脲酶、脂肪酶。(2)结合蛋白质酶:蛋白质部分和非蛋白质部分组成,结 合蛋白质酶的蛋白质部分称为脱辅酶,非蛋白质部分称 为辅因子。脱辅酶与辅因子结合后形成的复合物称为 “全酶”(conjugated enzyme):辅酶(coenzyme):与酶蛋白结合较松,可透析或超过 滤除去。(例如:NAD NADP)辅基(prosthetic group):与酶蛋白结合较紧。不可 透析或超过滤除去(FAD)辅助因子酶的化学组成酶蛋白酶蛋白:决定反应的专一性和催化机制:量多辅助因子辅助因
9、子:传递电子、原子或某些化学基团的作 用,决定酶促反应的类型和反应的性质:量少全酶 一种酶蛋白一般只与一种辅助因子结合同种辅助因子可与不同的酶蛋白结合为什么必须将丙酮酸还原为乳酸为什么必须将丙酮酸还原为乳酸?Why should NAD+be recycled?全酶才有催化活性v 酶蛋白或辅助因子单独存在时都不具有活性,只有两者结合 组成全酶才有催化活性。一种酶蛋白只能与一种辅助因子结合成一种特异的酶,而一种辅助因子可以与多种酶蛋白结合成不同的特异酶。辅助因子n 金属离子:金属酶:金属离子与酶结合紧密,提取过程中不易丢失。金属激活酶:金属离子与酶结合得疏松。金属离子的作用:a.传递电子;b.在
10、酶与底物之间起连接作用;c.维持酶分子的活性构象;d.中和阴离子。某些维生素与辅酶名称别名辅酶主要生理功能维生素B1硫胺素TPP参与-酮酸氧化脱羧维生素B2核黄素FMN、FAD氢载体泛酸遍多酸HSCoA酰基载体维生素PP尼克酸和尼克酰胺NAD+、NADP+氢载体维生素B6吡哆醛、吡哆胺 磷酸吡哆醛、磷酸吡哆胺参与AA转氨、脱羧生物素维生素H羧化酶的辅酶叶酸THFA一碳基团载体维生素C抗坏血酸氧化还原作用硫辛酸酰基载体、氢载体2009浙江大学生物化学名词解释:HS CoA1、单体酶:由一条或多条共价相连的肽链组成的酶分子 牛胰RNase 124 a.a 单链 鸡卵清溶菌酶 129 a.a 单链
11、胰凝乳蛋白酶 三条肽链单体酶寡聚酶多酶复合体多酶融合体按亚基组成(一)酶的分类四、酶的命名和分类2、寡聚酶:由多个相同或不同亚基以非共价键连接的酶 亚基之间以非共价键结合。含相同亚基的寡聚酶:苹果酸脱氢酶(鼠肝)2个 含不同亚基的寡聚酶:乳酸脱氢酶 4个亚基 大多数寡聚酶是胞内酶,而胞外酶一般是单体酶。酶的分类天冬氨酸转氨甲酰酶(ATCase)3.多酶复合体(multienzyme complex):若干个功能相关的酶缔合形成的结构和功能实体,催化细胞代谢中一个连续反应体系。其中每一个酶催化一个反应,所有反应依次进行,构成一个代谢途径或代谢途径的一部分。有利于化学反应的进行,以提高酶的催化效率
12、,同时便于机体对酶的调控。如:丙酮酸脱氢酶系 酶的分类-生物化学教程多酶复合体 所谓“多酶体系”是指一个代谢过程中几个酶形成一个反应链体系,多酶体系中的酶通常具有以下性质。()只是在功能上相互有联系,在结构上互不相关,不存在相互作用;不仅在功能上相互有联系,在结构上也有相互联系,形成复合体;上述两种情况都存在。中国科学院中国科学院2002年年 多酶体系(multienzymesystem)是:在完整细胞内的某一代谢过程中,由几个酶形成的反应体系。多酶体系与多酶复合体概念相同!(2版生化)多酶复合体1.多酶复合体具有自身调节的机制,第一步反应一般是限速步骤,可被其他反应产物。这种作用被称之为,催
13、化这步反应的酶往往是。中国科学院2003年生物化学 2.组成多酶复合体的各种酶都是同工酶。(判断题)2011青岛农业大学生物化学试题3.在细菌和植物中,脂肪酸合酶由多酶体系构成。而在动物中,脂肪酸合酶以多功能多肽链的形式存在(判断题)。中山大学中山大学20052005年年多酶复合体大肠杆菌丙酮酸脱氢酶复合体由三种酶组成:举例(两个或以上)说明多酶复合体中长的灵活的臂模式在催化中的作用 上海交通大学2000 丙酮酸羧化酶4、多酶融合体(多功能酶、串联酶)一条多肽链上含有两种或两种以上催化活性的酶,往往是基因融合的产物。生物进化中,外显子跳动产生的结果.有利于酶的协同作用,提高催化效率.例如:糖原
14、分解过程中的脱支酶Debranching Enzymea.大肠杆菌聚合酶b.哺乳动物脂肪酸合酶c.哺乳动物乙酰-辅酶A羧化酶d.嘧啶合成的个别酶:真核生物中,合成途径的前三个酶和后两个酶各为一个多功能酶,更有利于以均匀的速度合成UMP大肠杆菌的DNA聚合酶1.DNA聚合酶工、都属于多功能酶。(是非题)南京大学南京大学2002年年 2.何谓多酶复合体和多功能酶试举例阐明两种酶的结构特点及其在代谢中的作用.(10分)体内有些酶彼此聚合在一起,组成一个物理的结合体,此结合体称为多酶复合体.若把多酶复合体解体,则各酶的催化活性消失.(2分)。一个酶分子中存在多种催化活性部位的酶称为多功能酶.多功能酶在
15、分子结构上比多酶复合体更具有优越性,因为相关的化学反应在一个酶分子上进行,比多酶复合体更有效.(2分)上海交通大学医学院2007-2008学期大肠杆菌的DNA聚合酶 多酶复合体多酶复合体:丙酮酸脱氢酶复合体.催化丙酮酸生成乙酰CoA的反应.含3个酶,五个辅酶.包括丙酮酸脱氢酶,二氢硫辛酸乙酰转移酶及二氢硫辛酸脱氢酶.参与的辅酶有TPP,硫辛酸,FAD,NAD+,辅酶A.(3分)多功能酶多功能酶:DNA聚合酶为一条多肽链上具有三种酶的活性.其大片段称为Klenow片段,具有两种催化活性,一为53的DNA聚合功能,另一为35外切酶的活性,从3端水解DNA产生3单核苷酸,这种35外切酶活性对保证DN
16、A复制的真实性具有重要的意义.小片段则具53外切酶的活性,它能从53方向一个挨一个切除,产物为5单核苷酸,或跨过若干个核苷酸再进行酶解,从5末端释放一寡核苷酸.可除去冈崎片段5端的RNA引物和在DNA损伤修复中起重要的作用.(3分)四、酶的命名与编号1.依据底物来命名(绝大多数酶)蛋白酶、淀粉酶2.依据催化反应的性质命名:水解酶、转氨酶3.结合上述两个原则命名:琥珀酸脱氢酶。4.有时加上酶的来源胃蛋白酶、牛胰凝乳蛋白酶 习惯命名法不够系统,不够准确,难免会出现一酶多名或一名多酶的现象。为此1961年国际酶学委员会(Enzyme Commission,EC)提出了系统命名法。习惯命名系统命名 系
17、统名应包括底物名称,反应性质以及反应名称,最后加“酶”字。若作用的底物有两种,则须同时列出,并用:将其隔开;若作用物之一为水,则可略去.底物的名称必须确切,L,D型及a,b型均应列-酮戊二酸+丙氨酸谷氨酸+丙酮酸习惯名称:谷丙转氨酶系统名称:丙氨酸:-酮戊二酸氨基转移酶例如:底物底物产物产物产物产物底物底物酶的国际系统分类法及编号(EC编号)类 别占总酶比例%利用率%氧化还原酶oxidoreductases2765转移酶 transferases2425水解酶 hydrolases265裂合酶 lyases125异构酶 isomerases51连接酶 ligases611.氧化还原酶类:氧化还
18、原酶类:催化氧化还原反应(最大的一类酶)通式:AH2+BBH2+A 其中:A为质子供体,B为质子受体 如:乳酸脱氢酶催化的反应:乳酸NAD+丙酮酸NADH22.转移酶类:转移酶类:催化底物之间基团的转移反应.通式:AR+BBR+A 其中:R为转移基团,R不为2H 如:己糖激酶、转氨酶、脂酰转移酶、糖基转移酶等酶的国际分类酶的国际分类3.水解酶类:催化底物的水解反应 通式:AB+H2OAH+BOH 如:淀粉酶,脂肪酶,蛋白质酶等4.裂合酶类:催化底物裂解或缩合反应(可逆),通式:ABA+B 如:醛缩酶,水合酶,脱氨酶等。醛缩酶酶的国际分类5.异构酶类:催化同分异构体底物之间相互转换 通式:AB
19、其中:A、B为同分异构 如:磷酸甘油酸变位酶、6-磷酸葡萄糖异构酶等。磷酸甘油酸变位酶磷酸甘油酸变位酶酶的国际分类6.合成酶类:也称连接酶类,催化两种或两种以上化合物合成一种化合物的反应。反应需吸收能量,通常与ATP的分解相偶连,ATP分解产生能量用于合成反应。通式:A+B+ATPAB+ADP+Pi 或 A+B+ATPAB+AMP+PPi 如:乙酰辅酶A羧化酶催化的反应:CH3COC0A+CO2+ATPHOOCCH2COC0A+AMP+PPi 合成酶与裂合酶的差异就是前者的合成反应需要ATP(判断?)2009中山大学生物化学中山大学生物化学氨基酸+ATP+tRNA氨基酰-tRNA+AMP+pp
20、i氨基酰-tRNA合成酶酶的国际分类碳酸酐酶催化反应CO2+H2OH2CO3,则此酶属于:()A.水解酶 B.转移酶 C.裂合酶 D.合成酶 锌起催化作用的酶-碳酸酐酶和羧肽酶碳酸酐酶是已知转换数最高的酶之一酶的国际分类DNA聚合酶属于哪一类酶?己糖激酶属于哪一类酶?葡萄糖+ATP 6-磷酸-葡萄糖+ADP比较需氧和不需氧脱氢酶异同?1 氧化酶类举例:细胞色素氧化酶、酚氧化酶等特点:催化底物脱氢后,以O2为直接受氢体,生成H2O。组成:结合酶酶蛋白辅基:含Fe、Cu2 脱氢酶类(1)需氧脱氢酶(也可称为氧化酶)需氧脱氢酶(也可称为氧化酶)特点:催化底物脱氢后,以O2为直接受氢体,生成H2O2。
21、组成:结合酶酶蛋白辅基:FMN、FAD厦门大学2012生物化学举例:黄嘌呤氧化酶,氨基酸氧化酶(2).不需氧脱氢酶(最重要)特点特点:催化底物脱氢后,催化底物脱氢后,不能以不能以O2为直接受氢体为直接受氢体 组成组成:结合酶结合酶 酶蛋白酶蛋白 辅助因子辅助因子 辅酶:辅酶:NAD+、NADP+辅基辅基:FMN、FAD1、下列哪种酶属需氧脱氢酶?A、乳酸脱氢酶B、L-氨基酸氧化酶C、琥珀酸脱氢酶D、NADH脱氢酶E、苹果酸脱氢酶上海交通大学2004年生物化学试题思考题2.是非题:黄嘌呤氧化酶是可催化黄嘌呤氧化生成尿酸的需 氧脱氢酶。山东大学2003生物化学3、细胞色素aa3的重要特点是A、可使
22、电子直接传递给氧分子的细胞色素氧化酶B、以铁卟啉为辅基的递氢体C、是递电子的不需氧脱氢酶D、是分子中含铜的递氢体E、含有核黄素中山大学医学院硕士生物化学试题(2002)思考题酶的国际命名酶的系统编号:4位数字 第一位:代表六大类反应类型 第二位:亚类(作用的基团或键的特点)第三位:亚亚类(精确表示底物/产物的性质)第四位:在亚亚类中的序号乳酸脱氢酶 EC 1.1.1.27第1大类,氧化还原酶第1亚类,氧化基团CHOH第1亚亚类,H受体为NAD+该酶在亚亚类中的编号五、酶的专一性概念:酶只能催化某一化合物或某一类化合物,发生一定的 化学变化,生成一定的产物。(酶对底物的选择性)两种类型结构专一性
23、 1、绝对专一性:2、相对的专一性立体异构专一性 1、旋光异构专一性 2、几何异构专一性族专一性键专一性(一)、酶的专一性类型1、结构专一性 (1)绝对专一性绝对专一性 指酶对底物的要求非常严格,只作用于一种底物,而不作用于其它任何物质.指酶可作用于一类底物.如:脲酶只能催化尿素分解生成氨和二氧化碳,而对尿素的衍生物甲基尿素则不起作用.另外,DNA聚合酶(2)相对专一性相对专一性(relative specificity)结构专一性(续)族专一性族专一性or 基因专一性基因专一性 具相对专一性的酶作用于底物时,对底物键两端的基团要求的程度不同,对其中一个基团要求严格,对另一个则要求不严格,这种
24、专一性又称族专一性or 基因专一性。如-D-葡萄糖苷酶,胰蛋白酶。键的专一性键的专一性 有一些酶,只要求作用于一定的键,而对键两端的基团并无严格的要求。这种专一性称键的专一性。如脂肪酶A B 或 A BSpecific Peptide Cleavage ReactionsCleave polypeptide into smaller peptides 2.立体异构专一性 (1)旋光异构专一性 例如L氨基酸氧化酶只能催化L氨基酸氧化,而对D氨基酸无作用 (2)几何异构专一性 当底物具有几何异构体时,酶只能作用于其中的一种。例如,琥珀酸脱氢酶只能催化琥珀酸脱氢生成延胡索酸(反丁烯二酸)(二)酶作用
25、专一性假说认为整个酶分子的天然构象是具有刚性结构的,酶表面具有特定的形状。酶与底物的结合如同一把钥匙对一把锁一样Lock and key model Emil Fischer(1890)1.锁与钥匙学说锁与钥匙学说2、诱导契合学说(induced-fit hypothesis)酶作用专一性假说 (Koshland,1958):酶活性中心的结构有一定的灵活性,当底物(激活剂或抑制剂)与酶分子结合时,酶蛋白的构象发生了有利于与底物结合的变化,使反应所需的催化基团和结合基团正确地排列和定向,转入有效的作用位置。认为酶与底物的结合处至少有三个点,而且只有一种情况是完全结合的形式。只有这种情况下,不对称
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