pymol学习重点笔记专业资料.doc

《pymol学习重点笔记专业资料.doc》由会员分享，可在线阅读，更多相关《pymol学习重点笔记专业资料.doc（32页珍藏版）》请在淘文阁 - 分享文档赚钱的网站上搜索。

1、Pymol学习笔记（一）：简介&安装Pymol是一种开放源码，由使用者赞助分子三维构造显示软件，由Warren Lyford DeLano编写，并且由DeLano Scientific LLC负责商业发行。 Pymol被用来创作高品质分子（特别是生物大分子如蛋白质）三维构造。据软件作者宣称，在所有正式刊登科学论文中蛋白质构造图像中，有四分之一是使用Pymol来制作。 Pymol名字来源：“Py”表达该软件基于python这个计算机语言，“Mol”则是英文分子（molucule）缩写，表达该软件用来显示分子构造。 由于实验需要，本人正在学习该软件，在这里把学习过程记录下来，但愿对有需要朋友有所协

2、助。今天先来说说安装吧。 自8月1日起，DeLano Scientific 对事先编译好PyMOL执行程序（涉及beta版）采用限定下载办法。当前，只有付费顾客可以获得。但是源代码当前还是可以免费下载，供使用者编译。如果你和我同样，不想为此花钱话： 1. 如果你是Windows顾客，一方面下载Pymol源代码。然后安装CygWin，并且保证对的安装如下模块： C+ (gcc or g+ package name) Python OpenGL PNG然后在源代码目录里面依次运营： 2. 如果你是Linux顾客，一方面保证如下东东已安装： Python Pmw OpenGL driver（我用是N

3、Vdia） libpng Subversion client（下载源代码需要）然后下载Pymol源代码$ mkdir pymol-src$ svn co 然后进入源代码目录# cd pymol-src 开始依次编译# python setup.py install# python setup2.py install拷贝执行脚本到某个$PATH，安装就搞定了# cp ./pymol /usr/bin 如果运营时得到错误信息ImportError：No module named Pmw，那么你应当运营# python setup2.py install pmw 如果你在使用Gentoo，请保证编译

4、python时添加了tcl/tk支持，否则运营是会提示错误ImportError：No module named _tkinter# USE=tcl tk emerge python 好了，下面咱们就可以进入Pymol世界了。Pymol学习笔记（二）：基本鼠标操作这里重要简介一下Pymol基本操作，涉及窗口菜单、加载文献、图像基本鼠标操作等等。 当你打开Pymol后，你将会看到如下图所示界面：该界面分为2窗口，上面外部GUI窗口（External GUI）和下面Viewer Window。Viewer Window又分为左右两块，左边用来显示构造图像（Viewer），右边则是一种内部GUI窗口

5、（Internal GUI)。Viewer自身包括一种命令行（如图中左下方PyMOL提示符），可以用来输入Pymol命令；在Inernal GUI中则可以选定某些特定对象并完毕某些操作。External GUI则包括一种原则菜单、一种输出区、一种命令行输入区以及右边某些惯用命令按钮。请注意，原则“复制、剪切和粘贴”操作只能在External GUI中完毕，并且必要使用“CtrlC、CtrlX以及CtrlV”来完毕，这也是这个所谓外部GUI最重要长处。 加载文献，有二种办法：1. 在External GUI中选取File Open2. 使用命令行： load 例如咱们当前从.org上下载了一种离

6、子通道蛋白pdb文献（PENTAMERIC LIGAND GATED ION CHANNEL FROM ERWINIA CHRYSANTHEMI），名字为2vl0.pdb，然后用pymol打开它： load 2vl0该蛋白质构造就被显示出来啦，如下图：基本图像操作:是不是觉得上面那个三维构造图看起来乱七八糟阿，那是由于蛋白质分子都是由成千上万个原子构成，而Pymol打开pdb文献时是默认把所有原子都显示在那个小小Viewer窗口里面，固然看起来就很乱了。这时候就需要咱们对这个图像进行某些操作，来得到美丽清晰蛋白质三维构造图。先说说鼠标吧。 任意旋转图像： 对准图像任意处点住鼠标左键然后移动鼠标

7、。 放大/缩小图像： 对准图像任意处点住鼠标右键然后移动鼠标：向上是缩小，向下则是放大。 移动图像： 对准图像任意处点住鼠标中键或者滚轮，然后移动鼠标。 设定图像旋转中心： CtrlShift鼠标中键或滚轮。 移动剪切平面： Shift鼠标右键。鼠标上下移动：调节前剪切平面（离你近）；鼠标左右移动：调节后剪切平面（离你远）。 最后一项“移动剪切平面”有点不容易理解，需要多试几次。配合下面示意图你会发现Pymol这项设定其实很以便。今天没时间了，明天还要出远门，就学到这里吧，用下面这个图作为结束，其实就是用cartoon形式显示了上面那个蛋白质，但是还比较难看。Pymol学习笔记（三）：基本Py

8、mol命令这里重要简介一下Pymol某些基本命令操作。就像Linux同样，要想更好操作Pymol，掌握某些惯用命令是必不可少。 Pymol是区别大小写，但是当前为止Pymol还是只用小写，因此记住，所有命令都是使用小写字母。 当你开始用Pymol来完毕一种项目时，你也许想会让Pymol自动保存你所有输入过命令，以以便日后你再次读取并修改。这个可以通过创立一种log文献来达到，该文献后缀名应为.pml，记住，Pymol像Linux同样支持Tab键命令补全： Pymol log_open log-file-name.pml 如果你想终结记录，只需要键入： Pymol log_close 好了，当前

9、载入pdb文献（继续前用pdb文献）： Pymol load 2vlo.pdb 当前Pymol就创立了一种叫2vlo对象，你可以在内部GUI窗口里面看见这个项目名字。但是你也可以自己定义该项目名字（如test）： Pymol load 2vlo.pdb，test 下面说说如何来操作你新建对象。一方面： Pymol show representationPymol hide representation 其中representation可觉得：cartoon，ribbon，dots，spheres，surface和mesh。使用这2个命令可以让Pymol以不同方式显示蛋白质构造。例如当咱们键入：

10、 Pymol hide linesPymol show ribbon 咱们将得到如下成果：也许你已经注意到构造中有2个一模同样蛋白质分子，只是方向不同而已，那么如何让Pymol只显示当中一种分子呢？一方面输入如下命令： Pymol label all，chains 这个命令作用是让Pymol给蛋白质构造中“链”编号，你会发现，第一种分子由“链”AE构成，第二个则由FJ构成。好了，如果咱们想把一种蛋白质分子去掉，那么只要把“链”AE或者FJ去掉即可： Pymol hide ribbon，chain f+g+h+i+j 上面东东还可以这样完毕： Pymol select test，chain f+

11、g+h+i+jPymol hide ribbon，test 上面第一句命令作用是选取“链”FJ，并命名为test，然后在第二句命令中隐藏它。这样做好处是，一旦你选取并命名了某个目的，你可以在背面随时对它进行各种操作。并且你在右边控制面板里面也可以看到你选定目的，并可以对其进行操作。例如你可以： Pymol hide everything，testPymol show cartoon，test 这样你会得到：说到这里就提到了Pymol一种比较重要东东，就是选取并命名录标，它基本语法就是： Pymol select selection-name，selection-expression 其中名字可

12、以由字母A/aZ/z，数字09已经下划线_构成，但是要避免使用： ！ # $ % & * ( ) | ?/ 如果你要删除你选定目的或者整个对象，你可以： Pymol delete selection-namePymol delete object-name 下面讲讲如何给对象以及目的变化颜色。预定义颜色名字可以在外部GUI窗口Settings Colors中找到： Pymol color color-namePymol color color-name，selection-expression 例如咱们可以： Pymol color red，ss hPymol color yellow，ss

13、sPymol color green，ss l+ 其中“ss”代表secondary structure，“h”代表Helix，“s”代表Beta sheet，l+代表Loop和因此其她构造。这3句作用分别是把所有Helix变成红色；把所有Beta sheet变成黄色；把所有Loop以及其她某些变成绿色，于是咱们得到：Pymol可以同步打开各种pdb文献： Pymol load object-name-1.pdbPymol load object-name-2.pdb 如果你想暂时关闭/打开某个对象，可以这样： Pymol disable object-name-1Pymol enable o

14、bject-name-1 你也可以用disable命令去除最后一种选取目的上浮现粉红色小点，但是该命令并不会使你选定目的不可见。 Pymol disable selection-name 使用鼠标普通是变化图像视角最以便办法，但是命令如zoom，orient等等有时候使用起来也是很有用，它们提供了另一种变化图像视角办法。 放大选定目的： Pymol zoom selection-name 定向选定目的，可以使选定目的最大尺寸水平显示，次大尺寸竖直显示： Pymol orient selection-name 你也可以用view命令保存你当前视角，注意，该命令只保存视角，并不保存你对象显示方式：

15、 Pymol view key，action 其中“key”是你随便给当前视角定名字，“action”可觉得：store或者recall。如果不加任何“action”，则默以为recall： Pymol view v1，storePymol view v1，recallPymol view v1 说了这样多，最后说说如何保存文献吧。Pymol有3个层面保存方式，下面来分别说说。 1. 使用log_open命令把你所有使用过命令记录为一种文本文档： Pymol log_open script-file-name 这样后来当你再次调用该文档时，Pymol将执行上面所有命令： Pymol scrip

16、t-file-name 但是注意，如果你想记录当前视角，则必要使用get_view命令。你可以选取外部GUI窗口中File Append/Resume/Close Log来分别暂停记录/恢复记录/停止记录该文档。你可以随时编辑该文档。在linux下，该文档默认保存目录为当前顾客home目录。 2. 如果你想下次打开Pymol时直接回到当前所在状态，那么你可以选取外部GUI窗口里面File Save Session，创立一种会话文献（.pse）。 该会话文献和上面提到文档文献区别在于，一方面文档文献可以编辑，但会话文献不可以；记录文档文献前必要先运营log_open命令，而会话文献可以随时创立；

17、最后文档文献以文档形式运营（），而打开会话文献则必要选取外部GUI窗口中File Open。 什么时候需要创立会话文献呢？例如当你在某时有各种选取时，你可以保存当前状态，然后一一尝试这些选取，不满意时只需要重新打开该会话文献即可。也就是说创立会话文献起到了“undo”作用，这正是Pymol所缺少。但愿开发者能赶紧加入该功能，那么这个会话文献好像就没什么大用了，呵呵。 3. 如果你觉得当前显示窗口里面显示构造图像已经满足你规定了，你可以把它保存为图片。在这之前你可以使用ray命令来优化你图像，它可以使你图像具备三维反射及阴影特效： Pymol rayPymol pngyour_path/imag

18、e_name 最后就用该命令导出图片结束这次笔记吧。Pymol学习笔记（四）：Pymol命令语法与目的选取表达上次简介某些Pymol基本命令。当前来详细说说Pymol命令语法，尚有在选取操作目的应当如果表达。个人觉得这某些内容对学习Pymol来说是至关重要。 从上次讲某些例子中不难看出，Pymol命令都是由核心词（keyword）加上某些变量（argument）构成，格式如下： Pymol keyword argument 其中核心词（keyword）固然是必要，而变量则不是必要，例如退出命令quit就不需要附加变量： Pymol quit 固然更多命令普通是需要加变量，例如放大命令zoom，

19、但是你会发现虽然你不加任何变量该命令也可以被执行，这是由于Pymol许多命令有一种默认变量，下面两个命令作用是同样，其中目的选取all就是zoom默认变量： Pymol zoomPymol zoom all尚有些命令可以带各种参数，例如加色命令color，它用法如下： Pymol color color-namePymol color color-name，selection-expression 第一种color虽然只带一种变量color-name，但其实它包括了第二个默认变量all，因此它作用是把整个构造变成color-name颜色。第二个color带两个变量，和第一种区别就是把默认目的选

20、取变量all变成了selection-expression，也就是说只有被这个变量选中某些才会被变成color-name定义颜色。要注意是，如果一种命令带各种变量，则这些变量之间必要用逗号,隔开。通过这个例子，人们可以发现，有些变量自身是很简朴，例如color-name，就是一种颜色名字而已，没什么复杂。另某些则不同样，例如selection-expression，它可以很简朴，也可以非常复杂。这个东东，我称之为选取表达，对Pymol命令使用非常重要，所如下面要详细讲一下。 选取表达（selection-expression）表达实际就是某些被选中某些，它们可以是某些个原子，某些个Helix，

21、某些个Beta sheet，或者它们混合物。你可以给你选取表达起个名字，以便可以多次使用它们。名字可以由大小写字母，数字以及下划线_构成，但是因避免使用下列符号： ！ # $ % & * ( ) | ?/ 选取表达由所谓selector加上identifier构成，其中selector定义了某类属性，而identifier则在该类属性下需要被选取某些。如下例： Pymol select test，name c+o+n+ca 其中name就是一种selector，它表达在pdb文献中描述原子名字；c+o+n+ca则是相应indentifier，它表达咱们要选取pdb文献中名字叫ca+cb原子（c

22、a代表alphacarbon，cb代表betacarbon）。整个语句作用就是选取上诉原子并命名为test，这样咱们可以在背面继续使用它。 下表列出了大多数selector： Selector简写Identifier及例子symbole.chemical-symbol-list周期表中元素符号Pymol select polar，symbol o+nnamen.atom-name-listpdb文献中原子名字Pymol select carbons，name ca+cb+cg+cdresnr.residue-name-list氨基酸名字Pymol select aas，resn asp+glu

23、+asn+glnresii.residue-identifier-listpdb文献中基团编号Pymol select mults10，resi 1+10+100residue-identifier-rangePymol select nterm，resi 1-10altaltalternate-conformation-identifier-list某些单字母列表，选取具备2种构型氨基酸Pymol select altconf，alt a+bchainc.chain-identifier-list某些单字母或数字列表Pymol select firstch，chain asegis.segm

24、ent-identifier-list某些字母（最多位）列表Pymol select ligand，segi ligflagf.flag-nummer一种整数（）Pymol select f1，flag 0numeric_typent.type-nummer一种整数Pymol select type1，nt. 5text_typett.type-string某些字母（最多位）列表Pymol select subset，tt. HA+HCididexternal-index-number一种整数Pymol select idno，id 23indexidx.internal-index-numb

25、er一种整数Pymol select intid，index 23sssssecondary-structure-type代表该类构造单字母Pymol select allstrs，ss h+s+l+下表是另某些Selector，关于比较： Selector简写Identifier及例子bbcomparison-operator b-factor-value一种实数，用来比较b-factorPymol select fuzzy，b 12qqcomparison-operator occupancy-value一种实数，用来比较occupancyPymol select lowcharges，q

26、 0.5formal_parison-operator formal charge-value一种整数，用来比较formal chargePymol select doubles，fc. = -1partial_parison-operator partial charge-value一种实数，用来比较partial chargePymol select hicharges，pc. -1此外有某些Selector是不需要Identifier，它们被列在下表中： Selector简写描述all*所有当前被Pymol加载原子nonenone什么也不选hydroh.所有当前被Pymol加载氢原子he

27、tatmhet所有从蛋白质数据库HETATM记录中加载原子visiblev.所有在被“可见”显示对象中原子presentpr.所有具备定义坐标原子在Identifier中用到原子以及氨基酸命名规则可以在下面网址中找到： 在选取表达中，selector还可以配合逻辑操作子（logical operator）使用，这样咱们可以表达更加复杂选取。这些操作子被列于下表中： Operator简写效果与例子not s1！s1选取原子但不涉及s1中Pymol select sidechains，！bbs1 and s2s1 & s2选取既在s1又在s2中原子Pymol select far_bb，bb &

28、farfrm_tens1 or s2s1 | s2选取s1或者s2中原子（也就是包括所有s1和s2原子）Pymol select all_prot，bb | sidechains1 in s2s1 in s2选取s1中那些原子，其identifiers (name，resi，resn，chain，segi)所有符合s2中相应原子Pymol select same_atom，pept in prots1 like s2s1 l. s2选取s1中那些原子，其identifiers (name，resi)符合s2中相应原子Pymol select similar_atom，pept like pro

29、ts1 gap Xs1 gap X选取那些原子，其van der Waals半径至少和s1van der Waals半径相差XPymol select farfrm_ten，resi 10 gap 5s1 around Xs1 a. X选取以s1中任何原子为中心，X为半径，所涉及所有原子Pymol select near_ten，resi 10 around 5s1 expand Xs1 e. X选取以s1中任何原子为中心，X为半径，然后把s1扩展至该新范畴所包括所有原子Pymol select near_ten_x，near10 expand 3s1 within X of s2s1 w.

30、X of s2选取以s2为中心，X为半径，并包括在s1中原子Pymol select bbnearten，bb w. 4 of resi 10byres s1br. s1把选取扩展到所有residuePymol select complete_res，br. bbnear10byobject s1bo. s1把选取扩展到所有objectPymol select near_obj，bo. near_resneighbor s1nbr. s1选取直接和s1相连原子Pymol select vicinos，nbr. resi 10这些逻辑选取还可以组合使用。例如你想选取chain b，但是不选取其中

31、residue 88： Pymol select chain b and (not resi 88) 在使用多重逻辑选取时，为了让Pymol对的解决顺序，请使用括号，这样最里层括号里面内容将会被最先解决，以此类推。 好了，目的选取就先说到这里。其实关于目的选取尚有所谓“宏”可以用，可以简化表达式，准备下次说说。Pymol学习笔记（五）：Pymol选取宏上次详细讲了如何在Pymol中怎么用selection-expression选用目的，其实在某些状况下，还可以用Pymol提供宏来选取操作目的。使用这个选取宏往往可以是一种原本很复杂表达变得简朴紧凑。 例如咱们想选取2vlo这个pdb文献中cha

32、in a中第100个基团炭原子，如果用selection-expression来表达话是这样： Pymol select chain a and resi 100 and ca 如果用宏，可以这样： Pymol select a/100/ca 是不是觉得简朴了诸多。好了，下面就来详细讲讲这个宏吧。由于这个宏是用来选取目的，因此我称之为选取宏，它用斜杠/来定义Identifier，并且它使用上次简介过逻辑操作子and。一种完整，按顺序选取宏表达如下： /object-name/segi-identifier/chain-identifier/resi-identifier/name-identi

33、fier 之因此说选取宏是有顺序，是由于Pymol就是靠顺序判断每个斜杠背面东东都是什么东东。如果再细分一下话，其实这个选取宏有2种写法，一种是带开头斜杠，另一种是不带开头斜杠。区别是： 如果不以斜杠开头，那么Pymol则以为你表达式最后一项就是选取宏末尾最后一项，也就是name-identifier。例如： Pymol show lines，a/100/caPymol show lines，100/ca 如过以斜杠开头，那么Pymol就以为你是从选取宏表达式顶端开始，也就是从/object-name开始。例如： Pymol zoom /2vl0/a/100/caPymol zoom /2vl

34、0/a/100 细心读者必定发现了上面例子中有两道斜杠中间什么内容也没有，不会是写错了吧？固然不是，其实在这种状况下Pymol会默认选取这个两道斜杠中被省略Identifier列表中所有元素，也就是说被省略某些被Pymol当作了一种通配符。例如上例中我要选取所有segment，因此我就把它给省略不写了，呵呵，以便吧。在举些例子来阐明一下： Pymol color green，a/142/ 斜杠背面name-identifier被省略了，因此第142号基团素有原子都会变成绿色。 Pymol shwo cartoon，a/ a斜杠背面resi-identifier以及最后斜杠背面name-iden

35、tifier被省略了，因此整个a链将以cartoon方式被显示。 Pymol zoom /2vl0/b 2个斜杠间segi-identifier被省略，因此所有b链将被放大。 最后总结一下，Pymol选取宏必要至少包括一种斜杠/，以此来和Pymolselect-expression区别；并且不能包括空格，由于Pymol是把宏作为一种词来读取；尚有就是其实Pymol在执行宏时候一方面是把它翻译成正常select-expression，然后再执行。Pymol学习笔记（六）：关于cartooncartoon经常被用来显示一种蛋白质总体构造，看起来也很美丽。这次就来说说它详细用法。不久前本人刚搞定了一

36、种Glucosyltransferase构造，所如下面所有例子都用来它来阐明。 cartoon命令格式如下： Pymol cartoon type，(selection) 总结一下cartoon显示类型： automatic：默认显示方式looptube：比loop粗点putty：这个比较有趣，按照R-factor来显示，越高越粗ovalrectanglearrow：和rectangle几乎同样，就是多了个箭头dumbbell：在oval基本上，在helix边沿加上一种cylinderskip：隐藏，该图中隐藏了6120号氨基酸。下面说说如何设立cartoon某些详细细节。比较下面2幅图： 你

37、会发现第一张图中sheets是平，而当中那个氨基酸支链并没连接在sheet上，这是由于为了显示美丽，把sheet人为抹平了。而第二张图中sheets则表达了蛋白质真实走向，因此氨基酸支链也显示正常。也就是说，如果你想表达某个局部详细细节时候，最佳采用第二张图中显示方式。2张图相应命令分别是： Pymol set cartoon_flat_sheets，1Pymol set cartoon_flat_sheets，0 类似命令相应于loop，就不举例子了： Pymol set cartoon_smooth_loops，1Pymol set cartoon_smooth_loops，0 下面再说说

38、cartoon尺寸。Helix厚度和宽度： Pymol set cartoon_oval_width，0.2Pymol set cartoon_oval_length，1.5 sheet厚度和宽度： Pymol set cartoon_rect_width，0.5Pymol set cartoon_rect_length，1.5 loop半径： Pymol set cartoon_loop_radius，0.2 如果你设立了cartoon显示风格为fancy Pymol set cartoon_fancy_helices，1Pymol set cartoon_fancy_sheets，1 这样

39、你得到helix边上会带有一种很细cylinder，也就是上面几张图中显示方式。此时设立helix厚度，宽度，以及这个cylinder半径分别是： Pymol set cartoon_dumbbell_width，0.1Pymol set cartoon_dumbbell_length，2Pymol set cartoon_dumbbell，0.2 依此类推，还可以设立和putty，tube等等显示类型有关尺寸，就不一一类举了。 最后再加几种还用着命令吧： 上色： Pymol set cartoon_color，green 居然还可以refine，呵呵，逗号背面可以接数字，好像120都可以，数

40、字越大优化越大，感觉确能变美丽点： Pymol set cartoon_refine，20 设立透明： Pymol set cartoon_transparency，0.5 关于cartoon尚有些命令，感觉不怎么惯用，有些我也不懂得是干什么。有兴趣再研究吧。 Pymol学习笔记（七）：关于label在显示一种蛋白构造某个细节时候，经常会需要给某些重要氨基酸打上标签，这就需要用到label命令。 label命令格式如下： Pymol label selection，expression selection固然就是你要加标签对象，expression就是标签内容，可选有：name，resn，re

41、si，chain等等。你也可以组合使用它们。expression也可以是你自定义一段内容，这时候只要把内容用引号包括起来就行： Pymol label selection，user-defined expression 在下面这个例子中，我想把glucosyltransferase中UDP-Glucosebinding pocket标注出来：一方面阐明一下，该pdb文献中A链是蛋白质，B链是UDP-Glucose。 Pymol load glucosyltransferase.pdb，tmpPymol extract upg，chain bPymol extract pro，chain aPy

42、mol delete tmpPymol select near，pro within 4.5 of upgPymol hide allPymol show sticks，upgPymol show lines，nearPymol label near，(%s/%s) % (resn，resi)#(%s/%s)：设定显示格式。 上面图看起来有点乱，由于默认Pymol在每个原子上都打上了标签。要想看起来顺眼点，需要一点加工。在这之前，让咱们先看一下关于label其她设立： 投影模式，可选值0（无投影），1（object有投影到label上，但是label自身无投影），2（object有投影到lab

43、el上，label也有投影），3（object不投影到label上，label自身有投影）：Pymol set label_shadow_mode，3 文字颜色： Pymol set label_color，color-name，selection 标签文字轮廓颜色，这样就让在例如白色背景上加白色标签成为了也许： Pymol set label_outline_color，color-name，selection 字体，pymol内置了12种字体，编号从516。15号和16号字体是unicode： Pymol set label_font_id，5 字体大小，如果为正值，则单位就是正常px。你

44、也可以用负值，则单位是： Pymol set label_size，-0.5Pymol set label_size，4 设立label位置，用下列命令可以设立label离默认位置三维偏移值，在需要给spheres加标签时候有用： Pymol set label_position，(x,y,z)最后说说如何用单个字母标注氨基酸。一方面在$HOME/.pymolrc中加入： # start $HOME/.pymolrc modificationsingle =VAL:V，ILE:I，LEU:L，GLU:E，GLN:Q，ASP:D，ASN:N，HIS:H，TRP:W，PHE:F，TYR:Y，ARG

45、:R，LYS:K，SER:S，THR:T，MET:M，ALA:A，GLY:G，PRO:P，CYS:C# end modification 用法，用singleresn代替resn： Pymol label n. CG and i. 230+246，singleresn 下面是改进过图片： 是不是看起来好多了，下面是详细代码，其中关于电子密度图设立请见下一节： Pymol select near，resi 139+229+230+233+246+499+519+520Pymol as cartoon，proPymol 鼠标操作：显示nearsidechainPymol set_color grey1，224,224,224Pymol set cartoon_color，grey1Pymol set cartoon_transparency